Хотя Блейк усидел в своем кресле во время чистки Долгого парламента, устроенной полковником Томасом Прайдом, он проявил откровенное нежелание участвовать в политической жизни. Учитывая консервативные взгляды Блейка, можно предположить, что его возмущали события в Лондоне. Если это так, то те, кто оставался у власти бурной зимой 1648 — 49 годов, сохранили полную веру в надежность Блейка, так как назначили его одним из трех командующих флотом. Пройдя через бури гражданской войны, Блейк, судя по всему, решил просто сохранять верность Англии, какой бы режим не правил страной. До самого конца своей жизни он оставался в стороне от политики, заботясь лишь о том, чтобы обезопасить страну от вражеского вторжения. Усилиями Блейка его флот приобретал все большее значение в международных делах.

В феврале 1649 года, через несколько дней после казни Карла I и создания единой республики, «охвостье» Долгого парламента занялось важнейшим вопросом формирования флота, чтобы обеспечить себе контроль над морями, омывающими Англию. Для совместного командования флотом были назначены 3 морских генерала — полковники Эдвард Попхэм, Роберт Блейк и Ричард Дин (перечислены в порядке старшинства). Они отвечали за безопасность берегов Англии, защиту ее морской торговли. Также они должны были уничтожить остатки флота, находившиеся в распоряжении роялистов, и поддержать «господство республики на морях».

Разумеется, свою роль в назначении Блейка морским генералом сыграла его связь с Попхэмами. Однако он и двое его коллег были назначены не только из политических соображений, но и по вполне практическим причинам. Каждый успел отличиться, командуя войсками парламента во время Гражданской войны, каждый имел какой-никакой морской опыт. 28 апреля 1649 года в возрасте почти 50 лет Роберт Блейк впервые поднялся на борт военного корабля в качестве командира. Так началась морская служба одного из самых великих английских адмиралов.

Первой задачей флота в 1649 году стало уничтожение остатков сил роялистов на море. Корабли, оказавшиеся под командованием грозного принца Руперта, воспользовались политическим хаосом и ослаблением английского флота, чтобы начать охоту за британскими торговыми судами. Так как Попхэм остался в Лондоне, а Дин занялся перевозкой армии Кромвеля в Ирландию, задача очистить Ла-Манш и Ирландское море от роялистов легла на Блейка. Весь конец весны и все лето Блейк и его 10 кораблей блокировали эскадру Руперта в Кинсейле (Ирландия).

Хотя Блейк стал флотоводцем достаточно поздно, он обнаружил, что новая служба ему нравится. Летом 1649 года Кромвель предложил Блейку вернуться в армию, предложив ему командование полком и звание генерал-майора. Узнав о предложении Кромвеля, Дин написал Попхэму, что если Блейк уйдет, «я пожелал бы, чтобы его каюту занял такой же честный человек». К счастью для Англии, парламент оставил выбор за Блейком, который заявил, что готов служить в любом качестве, но предпочел бы остаться на флоте. Это решение поставить крест на армейской карьере и посвятить себя флоту принесло Блейку любовь всех моряков.

В октябре ухудшившаяся погода вынудила Блейка искать убежища в гаванях южного Уэльса, и Руперт воспользовался его уходом, чтобы сбежать. Хотя блокада Блейка не привела к уничтожению маленького флота Руперта, она в значительной мере помогла войскам Английской республики покорить Ирландию, так как отдала море в их распоряжение. Она же спровоцировала восстания в пользу парламента в Корке и Югале. В течение следующих нескольких недель намерения коварного принца оставались неизвестны. Эскадра под командованием Блейка и Дина крейсировала возле мыса Лендз Энд, полагая, что Руперт направится к островам Силли, все еще находившимся под контролем роялистов. Однако наконец пришло сообщение, что Руперт находится в Португалии, и в начале 1650 года парламент отправил Блейка в погоню за ним.

Блейк отплыл в Португалию, имея около дюжины кораблей и несколько мелких судов. С большой радостью он обнаружил Руперта в устье реки Тахо. Решив, что «король Португалии не станет возражать против уничтожения пирата», Блейк начал готовиться сделать это. Однако очень скоро он узнал, что ошибался в своих предположениях. Король взял роялистскую эскадру под свою защиту. После долгой заминки парламент разрешил блокадной эскадре перейти к более действенным мерам, чем дипломатические переговоры, и начать захваты португальских кораблей. Блейк и Попхэм, который привел из Англии подкрепления, проделали прекрасную работу. Они захватили 14 из 23 торговых судов конвоя, идущего из Бразилии. Их успех поставил Англию и Португалию на грань войны, однако король Иоанн сдался и приказал роялистам уходить. В начале осени, когда блокирующая эскадра временно покинула свое место, Руперт выскользнул из устья Тахо и проскочил в Средиземное море.

Блейк бросился в погоню. Он загнал часть кораблей Руперта в Картахену и там сжег. 3 уцелевших корабля принца добрались аж до Тулона. Необходимость пополнить запас продовольствия вынудила Блейка вернуться в Картахену, где он получил приказ возвращаться домой. Прибыв в Англию 20 февраля 1651 года, Блейк был встречен как герой. Он получил благодарность парламента и награду в 1000 фунтов за услуги, оказанные государству. Но Блейк прославился не только дома. Его действия у берегов Иберийского полуострова прославили его и за границей.

Единственными британскими территориями, оставшимися в распоряжении роялистов, были острова Силли и Джерси. Задача захватить их была поручена Блейку. Весной 1651 года он начал операцию против Силли, и столица архипелага капитулировала 13 июня. Захват Джерси был отложен, так как в сентябре пришлось отражать высадку молодого короля Карла II в Вустере. Однако к концу года сдались и эти острова. Ликвидация последних сил роялистов на английской земле стала важным этапом морской карьеры Блейка.

Когда в мае 1651 года Дин вернулся на армейскую службу, а в августе умер Попхэм, парламент не сразу стал искать им замену. Вероятно, он полагал, что иметь 3 морских генералов больше не нужно. Несколькими эскадрами, которые были созданы для отражения угроз роялистов и контроля за водами вокруг Англии, вполне могли командовать вице- и контр-адмиралы. В результате Блейк остался единственным генералом и верховным командующим на море. Он оставался им до самой своей смерти.

Положение и репутация Блейка были очень высоки как в Англии, так и за рубежом. Впервые он был избран в Государственный Совет, исполнительный орган парламента, хотя он предпочел остаться довольно пассивным политиком, что было выражением его отношения к политике в целом. Впрочем, обострение отношений между Англией и Соединенными Провинциями сделало пребывание Блейка на суше недолгим. В марте 1652 года правительство поручило Блейку подготовку кораблей для летней кампании «в случае возникновения чрезвычайной ситуации».

Очистив Британские острова от роялистов, парламент не стал тратить время попусту и вознамерился вырвать прибыльную европейскую морскую торговлю из рук Голландской республики. В 1651 году был принят первый Навигационный Акт, нацеленный против голландского господства в торговле. Он запрещал импорт товаров на кораблях любых иностранных держав. Вдобавок парламент вытащил на свет уже подзабытые претензии на господство в Дуврском проливе и Ла-Манше. Командиры английских военных кораблей должны были требовать от иностранных судов спускать флаг при встрече с англичанами. Это требование оказалось искрой в пороховой бочке. Началась война между двумя протестантскими республиками.