Дезе отправился во Францию сразу же после заключения соглашения в Эль-Арише. Его сопровождал английский офицер, который должен был наблюдать за соблюдением оговоренных в договоре условий. Разрыв договора произошел в то время, когда Дезе уже находился в пути. По прибытии в итальянский порт Ливорно (область Тоскана) он по распоряжению английского адмирала Д. Кейта был задержан и объявлен военнопленным. Арестованному и доставленному к нему французскому генералу адмирал заявил, что выделяет на его содержание в тюрьме по 1 франку в день и с издевкой добавил: «Я полагаю, что вы, объявившие у себя принцип всеобщего равенства, будете вполне довольны, если я буду кормить вас наравне с солдатами?» — «Я всем доволен адмирал, — ответил Дезе. — Но я имел в Египте дело с турками, мамлюками, арабами и неграми, и все они держали свое слово, которое не сдержали вы. Единственное, о чем я прошу, это чтобы вы избавили меня от своего присутствия». Пробыв месяц в плену, Дезе был освобожден по обмену и прибыл во Францию как раз в то время, когда Наполеон Бонапарт завершал подготовку к Итальянскому походу 1800 года. В армию Наполеона он явился за 2 дня до сражения при Маренго. Наполеон был несказанно обрадован прибытием своего боевого сподвижника, сразу же, отложив все дела, принял его и имел с ним продолжительную беседу. Дезе был назначен командиром корпуса, состоявшего из двух дивизий. На следующий день он получил приказ выдвинуться с одной дивизией своего корпуса (дивизия генерала Ж.Буде) к городу Нови (Нови-Лигуре), перерезать там дорогу Генуя — Алессандрия и воспретить переброску австрийских войск, только что овладевших Генуей, в район Алессандрии, где сосредоточивались главные силы австрийской армии генерала М. Меласа. 14 июня 1800 года Дезе был на марше, когда до него долетели звуки отдаленной артиллерийской канонады, доносившейся со стороны Маренго. Он сразу же понял, откуда грозит опасность, немедленно повернул обратно и форсированным маршем двинулся на выстрелы. Проявленная им инициатива оказалась как нельзя кстати. К 15 часам развернувшееся в районе Маренго генеральное сражение Наполеоном было полностью проиграно. Поле боя осталось за австрийцами. Теснимые противником французы повсюду отступали. Огонь уже затихал с обеих сторон. Мелас разослал курьеров во все концы с известием о решающей победе, одержанной над Бонапартом. Считая дело практически законченным, легко раненый австрийский главнокомандующий уехал в Алессандрию, передав командование своему начальнику штаба генералу А. Цаху. Ему была поставлена задача преследовать разбитую и отступавшую французскую армию. И вот в этот последний миг, когда, казалось, уже опустился занавес за завершающим актом постигшей французов трагедии, перед обескураженным поражением Наполеоном на взмыленном коне и весь забрызганный грязью (перед этим в районе Алессандрии в течение нескольких дней шли сильные дожди) предстал Дезе. За ним показались передовые подразделения подходившей дивизии Буде. Ответив на приветствие подъехавшего генерала, Наполеон сокрушенно произнес: «Сражение проиграно». Окинув взором печальную картину проигранной битвы, Дезе вынул из кармана часы и, взглянув на них, хладнокровно возразил своему главнокомандующему: «Первое сражение проиграно, но теперь всего лишь 3 часа и у нас есть еще время выиграть второе». Через полчаса, когда подошли основные силы дивизии, Дезе отдал приказ о переходе в атаку. Дивизия Буде атаковала противника сходу, после тяжелого и изнурительного форсированного марша по раскисшим от дождей и разбитым конницей, артиллерией и тысячами солдатских ног дорогам. Отступавшие до этого французские войска воспрянули духом, остановились, а затем дружно поддержали атаку Дезе, перейдя в контрнаступление по всему фронту. Сражение возобновилось с новой силой. Австрийцы, менее всего ожидавшие такого поворота событий, после упорного, но недолгого сопротивления дрогнули, а затем смешались и в панике обратились в бегство. К исходу дня австрийская армия была полностью разгромлена. В результате 12-часового сражения она потеряла около 8 тыс. человек убитыми и ранеными, 4 тыс. человек во главе с генералом Цахом пленными и 30 орудий. Но победа французской армии при Маренго была куплена дорогой ценой, ее потери составили 7 тыс. человек. В числе погибших был и генерал Дезе. Лично возглавивший атаку дивизии Буде, он был сражен первым же залпом противника. Вражеская пуля пробила ему грудь. Ранение оказалось смертельным. Его последними словами были: «Скройте от солдат мою смерть, это может помешать успеху». Но он ошибся. Солдаты, узнав о гибели любимого командира, пришли в такую ярость, что ни о какой пощаде врага в дальнейшем не могло быть и речи. Несмотря на радость победы, Наполеон был глубоко огорчен смертью Дезе. В донесении консулам в Париж он писал: «Я в глубочайшей скорби по поводу смерти человека, которого я любил и уважал больше всех». По распоряжению Наполеона похороны Дезе были обставлены небывалой торжественностью. Он приказал похоронить своего боевого соратника на вершине Альп, в монастыре Сен-Бернар. «Пусть Альпы, — сказал Первый консул, — служат пьедесталом его памятника и святые отцы — хранителями его могилы». В честь Дезе была выбита специальная медаль. Ему поставлены два памятника в Париже, памятник на поле сражения у Маренго, на том месте, где он погиб (австрийцы впоследствии уничтожили его), на одном из островов Рейна (близ Келя), на его родине и в монастыре, где герой нашел последнее пристанище.

Дезе был убежденным республиканцем, горячим патриотом своей родины, искренним сторонником кардинальных преобразований в общественно-политическом устройстве страны. С первых же дней революции, несмотря на то, что был офицером «старого режима», и по происхождению, и по воспитанию принадлежал к первому (дворянскому), правящему в стране сословию, он безоговорочно принял ее идеалы и всю свою недолгую, но яркую жизнь посвятил делу защиты революционных завоеваний французского народа. По определению одного из французских историков, Дезе вошел в историю как «одна из самых ярких звезд революционной армии». По своим политическим взглядам он, скорее всего, принадлежал к умеренным республиканцам, хотя своих политических пристрастий старался открыто не высказывать и вообще стремился всегда держаться подальше от политики. Вместе с тем известны его крайне отрицательное отношение ко всякого рода радикальным элементам в революционном движении, выступления против массовых репрессий, захлестнувших страну в период якобинской диктатуры. Отличился храбростью, мужеством и военным талантом в боях с интервентами и довольно быстро снискал славу одного из лучших генералов революционной армии. Боевые заслуги Дезе, его преданность делу революции и военный талант получили широкую известность, вследствие чего во время чистки армии от офицеров-дворян, организованной якобинцами, для него было сделано исключение. В рядах революционной армии Дезе сделал блестящую военную карьеру, в 25 лет став генералом. Проявил себя как талантливый военачальник, обладавший незаурядными полководческими дарованиями, что он убедительно доказал в ходе боевых операций на Рейне, в Египте и Италии. По свидетельству современников, лишь очень немногие из генералов французской революционной армии обещали так много, как Дезе. Его имя и боевая слава облетели все фронты Французской республики, получили широкую известность в стране. Наряду с Гошем, Клебером, Марсо и некоторыми другими военачальниками Дезе представлял собой необыкновенно привлекательный тип генерала революции, безумно храброго, совершенно бескорыстного, проникнутого горячей любовью к родине. Подобно легендарному рыцарю Баярду, это был в полном смысле слова «рыцарь без страха и упрека». По мнению многих исследователей эпохи Революционных войн, Дезе был, пожалуй, самым блистательным из молодых полководцев Республики. Его ранняя гибель (Дезе пал в расцвете сил на поле брани, когда ему было всего 32 года) явилась тяжелой утратой для французской армии того времени. Даже весьма скупой на похвалы Наполеон считал из всех своих генералов наиболее даровитыми Дезе и Клебера. Кстати, поразительный парадокс истории: оба этих генерала погибли в один и тот же день — 14 июня 1800 года — один от вражеской пули на поле битвы при Маренго, другой — в Каире от кинжала убийцы, подосланного врагами Франции. Свой самый блистательный военный подвиг Дезе совершил в последний день своей короткой, но славной жизни — в день сражения при Маренго. Подоспев на помощь разбитой армии Наполеона в последний, самый решающий момент, он обеспечил перелом в ходе сражения и в буквальном смысле слова вырвал победу из рук врага, заплатив за это собственной жизнью. Именно Дезе являлся истинным победителем при Маренго, главным героем этого знаменитого сражения, ставшего одним из классических примеров военной истории. Он спас Наполеона от позора первого бы в его жизни крупного поражения. Но со временем, как это нередко бывает в истории, победа при Маренго стала безоговорочно преподноситься исключительно как великая победа Наполеона, а имя Дезе — истинного победителя — стало упоминаться все реже и реже, память о нем постепенно тускнела и стиралась в сознании последующих поколений, пока окончательно не исчезла. Такова несправедливость истории! Но Дезе только одна из многих и далеко не последних жертв исторического забвения. Уцелей он в той злосчастной для него битве при Маренго — и нет никакого сомнения, что через 4 года его имя засверкало бы среди других славных имен первых маршалов Первой империи. Причем именно бы Дезе возглавил этот список. Но… судьбе было угодно, чтобы этого не случилось.