Церемония спуска ледокола на воду состоялась 17 октября 1898 г., его «крестной матерью» стала М. Н. Васильева. Достройка и испытания «Ермака» заняли немного времени, и уже 4 марта 1898 г. он пришел в Кронштадт. Работа для ледокола нашлась сразу же: не заходя в Санкт-Петербург, где ему готовилась торжественная встреча, «Ермак» отправился к Ревелю, у которого освободил затертые льдами пароходы.

В 1899–1900 гг. ледокол принадлежал Министерству финансов и ходил под флагом коммерческого флота, а его команда состояла из гражданских моряков, нанятых по вольному найму – за исключением командира и нескольких флотских офицеров. Такое положение дел предопределило дальнейшие дискуссии об использовании «Ермака» и, в конечном итоге, его судьбу на три с лишним десятилетия. Минфин прежде всего хотел получать прибыль, Макаров же стремился заниматься научными исследованиями. И на первом этапе добился своего – в 1899 г. «Ермак» отправился в Арктику.

Адмирал С. О. Макаров на палубе «Ермака» во время первого арктического плавания, 1899 г.

Первое плавание продолжалось с 29 мая по 14 июня. В районе южной оконечности Шпицбергена в корпусе обнаружилась течь, пришлось возвращаться обратно в Ньюкасл для ремонта. К счастью, повреждения корпуса оказались незначительными, и в целом экспедицию признали достаточно успешной.

Второе плавание началось 14 июля, а закончилось 16 августа. Маршрут его также проходил в районе Шпицбергена. Были проведены научные исследования, установлены бетонные знаки-«марки» на приметных местах побережья. Во время похода ледокол получил пробоину в носовой части, но, несмотря на это, Макаров планы менять не стал, и некоторое время «Ермак» шел с затопленным носовым отсеком.

Обложка первого издания книги С. О. Макарова «"Ермак" во льдах» (СПб., 1901)

По итогам двух плаваний Макаров написал книгу «“Ермак” во льдах», вышедшую в 1901 г. Большую ценность представляли результаты научных наблюдений, причем некоторые из них являлись своего рода новинками. Например, Макаров изобрел способ счисления пути корабля во время ледового плавания. Было отснято немало киноматериала. Опыт летней экспедиции показал, что хотя льды и не являются непреодолимым препятствием для ледокола, все же прочность корпуса обеспечена недостаточно.

Причиной повреждений признали слабость носовой части – там по образцу ледоколов «американского» типа был установлен носовой винт. Если для работы на Балтике или на Великих Озерах, где и родилась такая конструкция, она подходила как нельзя лучше, то для плавания в полярных морях обводы носовой части требовалось изменить, а винт убрать.

После длительных и острых дискуссий между Макаровым и членами межведомственной комиссии 18 ноября 1899 г. последовало решение о перестройке носовой части на заводе Армстронга. Британцы успешно выполнили работы и в сентябре 1900 г. на воду спустили переделанную носовую часть. Изменение ее формы ничуть не повлияло на качество работы ледокола на Балтике, но при этом значительно увеличились возможности полярного плавания. Однако в этот период Макаров уже не мог уделять много времени своему детищу. «6 декабря состоялось мое назначение Главным Командиром Кронштадтского порта. На этой должности я не был так свободен, как прежде, когда был старшим флагманом, и с этого времени я уже никогда не мог лично плавать на ледоколе. Все последовавшие рейсы он совершал со своим командиром М. П. Васильевым, который мастерски управлялся с этим своеобразным кораблем», – писал адмирал.

М. П. Васильев во время первого плавания «Ермака» в Арктику

Важную роль сыграл «Ермак» в спасении броненосца береговой обороны «Генерал-адмирал Апраксин», который 13 ноября 1899 г. в результате навигационной ошибки выскочил на отмель у юго-восточного берега острова Гогланд. Сразу же снять с мели броненосец не удалось, и спасательные работы пришлось отложить до весны. При этом возникла опасность того, что льды раздавят корпус броненосца. Тут-то и понадобился «Ермак». Кроме того, на ледоколе к «Апраксину» доставлялись различные материалы и уголь. В апреле 1900 г. «Ермаку» удалось стащить броненосец с каменной гряды и благополучно привести его в Аспе.

«“Ермаку” и его доблестному командиру капитану 2-го ранга Васильеву “Апраксин” обязан спасением. В непроглядную снежную метель броненосец, обмотанный вытянутыми в струну цепями, стальными и пеньковыми тросами, прикреплявшими тысячу пятьсот квадратных футов пластырей, шел семь часов в струе “Ермака” ледяными полями между отдельными глыбами торосистого образования и каналом, пробитым в сплошном льде, и ни одна цепь, ни один трос не были перерезаны льдом», – писал Макарову контр-адмирал З. П. Рожественский, командир Учебно-артиллерийского отряда Балтийского флота.

В марте 1901 г. Макаров предложил министру финансов С. Ю. Витте проект новой полярной экспедиции, в задачи которой входило исследование находящихся к северу от Шпицбергена земель, северной и западной частей Карского моря. Идею рассматривал председатель Департамента промышленности, наук и торговли Государственного совета адмирал Н. М. Чихачев, который выдал отрицательное заключение. Не поддержал предложение и Витте. Экспедиция все-таки состоялась, но район исследований ограничивался северным и западным побережьем Новой Земли.

Карта плаваний «Ермака» в 1899 и 1901 гг.

Поход длился с 16 мая по 1 сентября 1901 г. Льды у северной части Новой Земли оказались непроходимыми для «Ермака». Тем не менее удалось достигнуть немалых успехов: были сделаны два рейса к Земле Франца-Иосифа, составлена карта Новой Земли от Сухого Носа до полуострова Адмиралтейства, собрано большое количество материалов по гляциологии, проведены глубоководные и магнитные исследования. Практически все ученые, принимавшие участие в плавании, оставили записки и отчеты, в которых высоко оценивали полученные результаты.

Опыт первых лет эксплуатации «Ермака» оказался просто бесценным. Ледокол был, по сути, «экспериментальным стендом», на котором отрабатывались конструкторские решения, способы ледового плавания и т. д. Новую информацию давали не только успехи, но и буквально каждая поломка, каждая пробоина. Огромна заслуга командира судна – М. П. Васильева. 1 февраля 1900 г. Макаров писал ему: «Ваша работа с “Ермаком” составляет добрую славу, и мне крайне радостно слышать от всех самые лучшие отзывы».

Вскоре после плавания к Новой Земле М. П. Васильев вернулся на военный флот. 8 октября 1901 г. «по соглашению Отдела торгового мореплавания и личному приказанию главного командира Кронштадтского порта адмирала Макарова» лейтенант А. К. Цвингман принял ледокол «Ермак» от капитана 2 ранга Васильева и вступил в командование. Некоторое время Михаил Петрович командовал мореходной канонерской лодкой «Отважный», а в 1903 г. он занимал должность заведующего миноносцами и их командами 20-го флотского экипажа.