В конце февраля 1917 года началась затеянная кучкой изменников великая смута, которая уже в начале марта привела к отречению Государя от Российского Престола.

Подвергнутые домашнему аресту и содержавшиеся под стражей в Царскосельском Александровском Дворце, Государь и Его Семья оказались заложниками грядущих событий. Ограниченные в свободе и изолированные от внешнего мира, Они пребывали в нём лишь с самыми близкими людьми, в числе которых был и Е. С. Боткин, не пожелавший покинуть Царскую Семью, ставшую ему ещё более родной с началом выпавших на Её долю испытаний. (Лишь на самое короткое время он оставляет Августейшую Семью, чтобы оказать помощь больной тифом вдове его погибшего сына Дмитрия, а когда её состояние не стало более вызывать у него опасений, Евгений Сергеевич без каких-либо просьб и принуждения возвратился назад к Августейшим Узникам.)

Незадолго до возвращения Государя после отречения в Царское Село, все Его Дети друг за другом стали заболевать корью, разносчиком которой явился один из товарищей по детским играм Наследника Цесаревича. И в этот тяжёлый для Августейшей Семьи момент Евгений Сергеевич вместе с Государыней практически сутками не отходил от постелей больных Детей, а когда Их болезнь пошла на спад, Е. С. Боткин проявил себя в новом качестве, став заниматься с Алексеем Николаевичем чтением русской литературы. И надо сказать, что занятия эти доставляли обоим огромное удовольствие, поскольку доктор сумел увлечь ещё совсем юного подростка красотой лирики М. Ю. Лермонтова, стихи которого Наследник Цесаревич заучивал наизусть…

12 (25) апреля 1917 года Александровский Дворец посещает Министр Юстиции А. Ф. Керенский. В ожидании аудиенции у Государыни, он имел разговор с доктором Е. С. Боткиным, который, ссылаясь на нездоровье всех Членов Царской Семьи, на правах домашнего врача настоятельно рекомендует для своих Августейших Пациентов перемены климата и отправки Их в более спокойное место, ещё не охваченное вихрем революционных событий. А. Ф. Керенский даёт понять, что бояться нечего, и что уже совсем скоро все Романовы будут доставлены в Крым.

Но, как показали дальнейшие события, этого не случилось…

В конце июля 1917 года Министр-Председатель Временного Правительства А. Ф. Керенский объявил Государю и Его Семье, что все Они вместо поездки в Крым будут отправлены в один из сибирских городов.

Верный своему долгу, Е. С. Боткин, ни минуты не колеблясь, принимает решение разделить Их участь и выехать в эту сибирскую ссылку вместе со своими детьми. А на вопрос Государя, на кого он оставит своих самых младших детей Татьяну и Глеба, он ответил, что для него нет ничего выше, чем забота об Их Величествах.

Прибыв в Тобольск, Е. С. Боткин, вместе с частью слуг экс-Императора, пожелавших добровольно отправиться в изгнание, проживал в доме купца-рыбопромышленника И. Н. Корнилова, расположенном почти напротив Губернаторского дома, где была размещена Царская Семья.

В доме Корнилова Е. С. Боткин занимал две комнаты, где он в соответствии с полученным разрешением мог принимать солдат Сводного Гвардейского Отряда по охране бывшего царя и местное население. И куда 14 сентября 1917 года прибыла его дочь Татьяна, а ещё через несколько дней – и сын Глеб.

Об этих последних в своей жизни днях врачебной практики, об отношении солдат, тобольчан и просто приезжавшего к нему издалека местного населения, Е. С. Боткин написал в последнем письме, адресованному «другу Саше»:

Жизнь семьи доктора Е. С. Боткина в Тобольске подробно описана в книге воспоминаний его дочери Татьяны «Воспоминания о Царской Семье и Её жизни до и после революции». Так, в частности, она упоминает, что её отец, в отличие от других узников, мог свободно передвигаться по городу, квартира его никогда не подвергалась досмотру, а записаться к нему на приём мог любой, кто пожелает. Но при этом его личная переписка подвергалась цензуре…

Относительно безмятежная жизнь в Тобольске закончилась с прибытием 22 (9) апреля 1918 года Чрезвычайного Комиссара ВЦИК В. В. Яковлева вместе с отрядом сопровождавших его красногвардейцев в 35 человек под командой бывшего уфимского боевика П. В. Гузакова.

Встретившись через день с Государем и Государыней, В. В. Яковлев в присутствии Полковника Е. С. Кобылинского довёл до Их сведения, что согласно распоряжению центральной власти на него возложена миссия по вывозу Государя из города в течение ближайших суток. После чего он будет должен доставить Его в конечный пункт назначения, известный только лишь ему одному.

А вот о том, что происходило накануне этих событий и какой именно разговор об отъезде Августейшей Четы происходил в действительности, до нас донесли воспоминания дочери Е. С. Боткина Татьяны: