14 апреля операция была официально закончена.

В апреле в батальоне прошёл сбор зимних комплектов камуфляжа и сдача их на склад. Военнослужащие, каким-либо образом потерявшие часть своего зимнего обмундирования, были наказаны, так как партизаны часто для проникновения сквозь немецкие позиции использовали именно камуфляжные комплекты вермахта или СС.

11 апреля Дирлевангер также отправил письмо в медицинское управление Главного штаба СС и полиции в Минске с требованием направить в батальон на постоянной основе хотя бы двух человек медицинского персонала, так как количество раненых и больных в тяжёлых условиях лесных боёв постоянно возрастало, а при их транспортировке в ближайший госпиталь СС в Минске, находящийся на расстоянии около полусотни км от обычных районов действия зондеркоммандо, состояние многих сильно ухудшалось. Кроме того, далеко не всегда под рукой был и подходящий транспорт.

Контроль населения района

Следующая операция, проводимая при участии зондеркоммандо и начинавшаяся 17 апреля 1943 года, несла магическое название «Волшебная флейта» — кому-то в штабе СС, видимо, вспомнилась старинная немецкая сказка о маленьком крысолове из городка Хамельн, который выманивал своей дудочкой крыс из подвалов и нор: на этот раз целью была локализация и поимка антинемецких элементов на территории Минска, а также, по ходу проведения акции, и очередной набор людей для принудительных работ на территории. Хотя в аллегорической подобности немцам в этот раз отказать нельзя — 130-тысячная столица Белоруссии с огромным количеством зданий, руин, подвалов и промышленных предприятий, не говоря уже о большом еврейском гетто, буквально кишела различного рода шпионами, подпольщиками, саботажниками, дезертирами и просто криминальными элементами. Для проведения операции «Волшебная флейта» под общим командованием СД были привлечены следующие части: 141-я резервная дивизия вермахта, все части СД и охранной полиции, находившиеся на территории города, 2-й полк полиции СС, 13-й полк полиции СС, 1-й батальон 23-го полка полиции СС и зондеркоммандо «Дирлевангер».

Проверки в гетто

В задачу частей вермахта входило полное окружение города к утру 17 апреля. Затем весь город был разделён на шесть закрытых зон, каждая из которых должна была быть зачищена в течение одного дня.

2-й полк полиции численностью 558 чел. получил как зону своей ответственности сектор № 1 в периметре около 6,7 км и приказ провести зачистку своего сектора в течение первого дня операции. После окружения обозначенной части города СС установили два КПП для передвижения людей. Находящиеся на посту солдаты получили приказ немедленно открывать огонь на поражение по каждому, кто попытается проникнуть с окружённой территории вне организованного КПП. Потом сектор был досконально прочёсан.

То же самое 18 апреля провёл 13-й полицейский полк СС в секторе № 2, по периметру 4,5 км были на каждых 50 метрах расставлены всего 470 военнослужащих. Секцию 5 зачистил снова 13-й полк полиции 19-го числа, затем снова 2-й 21 — го прочесал секцию 3. Наконец, 22 апреля совместными усилиями 2-го полицейского полка, частей вермахта и СС общей численностью личного состава более 1100 чел. была проведена зачистка самой обширной, 6-й секции города. Также в процессе проведения всей операции около 600 чел. из состава сил СД проводили активную розыскную работу по всей территории столицы. Всё это время зондеркоммандо несло службу в оцеплении минского гетто и сопровождало людей СД при действиях на его территории.

При проведении зачисток в Минске всем членам командного состава участвующих подразделений, и особенно Дирлевангеру, было приказано пресекать грабежи и мародёрство под страхом жесточайших наказаний. По мнению командования СС, в Белоруссии это было несовместимо со статусом немецкого военнослужащего. Запрет проводить расстрелы без суда и следствия никто военнослужащим не давал.

30 апреля 1943 года СС-штурмбаннфюрер Оскар Дирлевангер подготовил для высшего командования отчёт о деятельности своей части, расквартированной в тот момент в Логойске, за последний календарный месяц. Отчёт содержал и боевое расписание личного состава к началу мая, в нем он снова сделал акцент на отсутствие в зондеркоммандо собственного врача. Общее количество людей в части 569 человек — 7 офицеров, 71 чел. сержантского состава и 481 чел. рядового состава, из которых 1 офицер, 44 унтер-офицера и 322 рядовых не являлись немцами. Командир части СС-штурмбаннфюрер Оскар Дирлевангер, СС-штурмбаннфюрер Карл Префке[36]и СС-оберштурмфюрер Эгид Ингрубер — члены штаба батальона и одновременно 1-й и 2-й заместители командира части. СС-гауптштурмфюрер Граматке командовал 1-й русской ротой, СС-гауптштурмфюрер Шрейер соответственно 2-й, интересным фактом было то, что в немецкой роте не было офицеров — командование осуществлял сержантский состав, а при проведении боевых действий рота также подчинялась одному из заместителей командира батальона. В течение апреля 1943 года 5 военнослужащим был присвоен знак «За ранения» 3-й степени (чёрный), одному 2-й степени (в серебре), 34 члена личного состава получили медаль Восточного фронта. О потерях батальона за прошедший месяц Дирлевангер сообщает следующее: 35 чел. убитых при боевых действиях, 48 больных и раненых, 6 пропали без вести, и ещё 3 умерли при различных обстоятельствах, включая болезни и ранее полученные ранения.

Лист военной книжки рядового сбора СС «Дружина» Николая М.

К началу мая 1943 года обшую силу немецких вооружённых сил в районе Минска составляли:

10 полицейских батальонов СС, 2 танковые роты полиции, 11 местных батальонов «Шума» + 2 латышских, 5 литовских и 1 польский, 11 отдельных моторизованных взводов полевой жандармерии, СС-зондербатальон «Дирлевангер» и отдельный сбор СС «Дружина».[37]