Отход из Вентспилса начался также 27 июня. Транспорты были загружены боеприпасами и снаряжением и выведены в Кихельконну и Курессааре. Последним с южного берега Ирбенского пролива переправился на остров Сарема личный состав береговых батарей, взорвав орудия и маяк Михайловский. Таким образом, уже к 29 июня корабли КБФ оставили Прибалтийскую ВМБ (Ригу и Либаву) и сосредоточились в Моонзунде.

С 28 июня немецкая авиация усилила воздушную разведку района Рижского залива и Моонзунда. Обнаружив сосредоточение кораблей на рейде Куйвасту и транспортов в порту Пярну, противник начал наносить по ним систематические удары авиацией и ставить в Моонзунде мины. У северного выхода из пролива Муху-Вяйн была обнаружена немецкая подводная лодка. Не сумев помешать переходу наших кораблей из Риги в архипелаг, противник стремился уничтожить их в самом Моонзунде. Корабли ОЛС и 1-й БПЛ стояли на рейде Куйвасту в ожидании проводки через пролив до 30 июня.

Однако глубина его была меньше осадки крейсера, кроме того, еще в 1917 г. на фарватере были затоплены линкор «Слава» и старые транспорты, чтобы преградить путь кайзеровскому флоту. Глубина пролива Муху-Вяйн — 6 м, а осадка Кирова — 6,91. Для углубления фарватера из Палдиски прибыл землечерпательный отряд Трос суток непрерывно работали земснаряды, баржи и буксиры, углубляя канал до 7 м. В это же время моряки разгружали корабль, чтобы уменьшить осадку. На баржи выгрузили часть боезапаса, топлива, воды и другие грузы — всего 300 т, уменьшив осадку до 6,5 м

30 июня БТЩ «Фугас» протралил северную часть канала пролива Муху-Вяйн, а утром 1 июля начал траление в проливе Хари-Курк, сюда же пришли из Таллина БТЩ «Шпиль», «Кнехт»,БТЩ-216.

30 июня в 23.03 «Киров» (капитан 2-го ранга M.Г. Сухоруков) снялся с якоря и, ведомый двумя буксирами, с носа и с кормы, двинулся по фарватеру. В 13.40 1 июля крейсер подошел к поворотному бую, завершив проход через углубленный канал пролива Муху-Вяйн. В голову вступили БТЩ, шедшие в строю уступа. Крейсер отдал буксиры и пошел 14-уз. ходом (скорость отряда ограничивалась скоростью тральщиков, идущих с тралами).

Сопровождавшие крейсер эсминцы «Грозящий», «Стойкий», «Сметливый» держались в охранении впереди и по сторонам крейсера. За «Кировым» в кильватерной колонне шли плавбазы «Смольный», «Иртыш» и подводные лодки М-81, С-8, «Калев», «Лембит», М-77, М-79. Ни один из кораблей, не исключая и тральщиков, не был размагничен. В 16.36 шедшая в кильватер плавбазе «Иртыш» подводная лодка М-81 подорвалась на магнитной мине и спустя две минуты затонула. Так корабли КБФ впервые столкнулись с магнитными минами.

Оставление Либавы, Вентспилса, Риги и Усть-Двинска вынудили наши части 29 июня уйти с южного берега Ирбенского пролива и взорвать при этом недавно установленные береговые батареи, ирбенская минно-артиллерийская позиция потеряла свое значение.

В тот же день, 29 июня, народный комиссар ВМФ приказал Военному совету флота острова Сарема и Хиума оборонять независимо от обстановки на сухопутном фронте. Он предлагал сосредоточить в районе архипелага четыре эскадренных миноносца, дивизион малых подводных лодок, два тральщика, отряд торпедных катеров и сторожевые катера ОВР, объединить эти силы под общим командованием и возложить на них оборону входа в Рижский залив. Действия кораблей по обороне должны были поддерживать авиация и береговая артиллерия. Этим приказанием нарком ставил КБФ задачу оборонять вход в Рижский залив и в случае отхода наших войск из Риги. Для успешного выполнения этой задачи необходимо было организовать военно-морскую базу в Моонзундском архипелаге.

После ухода ОЛС в Моонзунде были оставлены эсминцы «Сердитый», «Смелый» и «Энгельс». В период борьбы за Рижский залив количество эсминцев и сторожевых кораблей менялось.

2 июля в Моонзунде была организована Прибалтийская военно-морская база, командир контр-адмирал П.А. Трайнин. В нее вошли: Береговая оборона Балтийского района (БОБР), отряд торпедных катеров, вновь организованная Охрана водного района Моонзунда (ОВР) и военный порт Рохукюля. Командиру базы была также подчинена авиация, базировавшаяся на островах, и оперативно подчинена эскадрилья бомбардировщиков 73-го полка, находившаяся в Пярну. Корабли отряда легких сил, участвовавшие в обороне островов и Рижского залива, были оперативно подчинены командиру базы; подводные лодки — командиру бригады подводных лодок, который должен был копии приказаний лодкам сообщать командиру Прибалтийской базы.

Таким образом, единый командир обороны всего намеченного района, вопреки указаниям наркома, так и не был определен. Это явилось одним из основных недостатков в обороне Рижского залива.

В состав ОВРа Моонзунда входили четыре малых охотника за подводными лодками, дивизион катеров-тральщиков типа «Р» (шесть катеров), отряд сторожевых катеров типа КМ (шесть катеров), ТЩ-297 («Вирсайтис»), два буксира, транспорт «Космос», и Охраны рейдов Рохукюля, Триги, Кярда и Куйвасту.

Условия базирования в Моонзунде оказались значительно хуже, чем в Усть-Двинске: не было складов, запаса топлива, мастерских даже для элементарного ремонта кораблей и катеров, рейды не были защищены ни с моря, ни с воздуха.

4 июля начальник штаба флота приказал командиру Прибалтийской ВМБ в случае отхода 8-й армии на восток перенести базу на остров Сарема. В тот же день из Пярну на восточные аэродромы перелетел 73-й авиационный полк.

Около 4 часов 5 июля контр-адмирал П.Л. Трайнин получил от командующего флотом приказание немедленно приступить к вывозу на Сарема и Хиума всего имущества, которое может быть использовано для усиления обороны островов. Все остальное, что не удастся вывезти, предписывалось уничтожить в последний момент, сообразуясь с обстановкой. Командир Прибалтийской базы, не имея связи с армейским командованием и не уточнив обстановки, решил отойти на острова. К 9 июля из Рохукюля было вывезено все имущество и снаряжение, а 30 т бензина и четыре вагона мин при отходе были уничтожены.

Был оставлен и полуостров Виртсу, имевший важное значение для обороны Моонзундских островов. На Виртсу проходила железная дорога, по которой шло снабжение Моонзундских островов и кораблей. Между Виртсу и островом Муху расположен рейд Куйвасту и проходит фарватер пролива Вире-Курк, связывающий Моонзунд с Рижским заливом Командующий Прибалтийской ВМБ ПА Трайнин со своим штабом перешел на эсминец «Грозящий».

8 июля ценное имущество с Виртсу было эвакуировано на Муху, а железнодорожные линии и подвижной состав были уничтожены. В тот же день основные силы 217-й пехотной дивизии противника, захватив Пярну, продолжали наступление вдоль железной дороги Пярну — Таллин. Отдельные отряды моторизованной пехоты противника вели наступление вдоль побережья в направлении Виртсу и Хапсалу. 10 июля немцам удалось прорваться в район Виртсу и обстрелять остров Муху и наши катера и буксиры, стоявшие на рейде.

После оставления Рохукюля Прибалтийская военно-морская база решением Военного совета от 10 июля, просуществовав на новом месте всего 8 суток, была расформирована.

Военный совет флота приказал коменданту БОБР генералу Л.Б. Елисееву и командиру ОЛС В.П. Дрозду организовать высадку десанта, поддержать его артиллерией с берега и кораблей, авиацией, выбить противника с Виртсу и удерживать пристань. На рассвете 18 июля после небольшой артиллерийской подготовки с эсминцев и береговой батареи № 43 десант был высажен, разбил противника и отбросил его на 50 км к Пярну.