После 1630 г. Нидерландская Республика стала более свободным и открытым обществом, по меньшей мере в том, что касалось религии и философской мысли, если не образа жизни. Ремонстранты, лютеране, меннониты, коллегианты, евреи и католики, — все они выиграли от этой перемены. В Амстердаме католики впервые получили возможность в конце 1640-х гг. крестить своих детей не в храмах официальной Церкви, а у католических священников. Та же самая перемена чуть раньше, в 1630-х гг., произошла в Роттердаме, и, несколько позже, в 1650-х гг., — в Лейдене. В 1650-х гг. во всех крупных городах в Голландии, бывших ранее центрами контрремонстрантизма — Лейдене, Харлеме, Гауде и Энкхёйзене, — разгон тайных молитвенных собраний католиков и преследование католических священников окончательно прекратились. Реформатская консистория в Харлеме жаловалась бургомистрам в июне 1665 г. на большие изменения, которые произошли в городе за последние десять лет, в результате которых целые улицы и кварталы города приобрели католический облик, а священники больше не скрывали своей деятельности.

Но, как показывают жалобы консисторий, даже в Голландии, не говоря уже о меньших провинциях, все еще сохранялось значительное сопротивление росту религиозной терпимости. Было бы ошибкой предполагать, что нидерландское общество отныне в целом усвоило терпимое отношение к представителям других конфессий. С 1630-х гг. большинство регентов в Голландии склонялись к терпимой политике, но далеко не все. Проповедник в Утрехте в памфлете в 1650 г. замечал, что, тогда как большинство голландских регентов были «испанизированными, свободомыслящими арминианами, безбожниками в душе», и, формально являясь членами официальной Церкви, сознательно не допускали ревностных приверженцев реформатского вероисповедания на руководящие должности, в то же время среди них было и некоторое количество «благонамеренных». Он не приходил в отчаяние от изменения соотношения сил, скорее, был убежден в необходимости продолжать борьбу за контроль над общественной сферой, как непрестанную «Kulturkampf» («культурную борьбу» (нем.)), охватывавшую политику, систему образования и образ жизни, а также официальную Церковь.

Республика представляла собой общество, в котором теологически обоснованная и ставшая результатом политического компромисса терпимость осталась могущественной силой. Приверженцы веротерпимости были вынуждены несколько отступить от позиции Саравиа, Гомара или Арнольди, но никоим образом не собирались прекращать борьбу. Гисберт Воэций, глава идеологической кампании, направленной против картезианцев, декан Утрехтского университета и главный глашатай ортодоксального кальвинизма, к 1640-м гг. отошел к доктрине ограниченной терпимости под давлением тенденции, которую невозможно был обратить вспять, а скорее, следовало попытаться задержать. Католические богослужения по-прежнему должны были подвергаться жестким ограничениям, папистские «суеверия» следовало пресекать; что же касается тех, кто подвергал сомнению божественную природу Христа и Троицу, к ним не только не следовало терпимо относиться, но безжалостно искоренять. Более того, по мнению Боэция, не только государство, но и официальная Церковь должны были преследовать как явных социниан и деистов, так и скрытых «социниан», затесавшихся в ряды меннонитов и ремонстрантов. Реформатская Церковь должна была оказывать помощь второстепенным Церквям в укреплении и очищении их веры в божественную природу Христа и доктрину Троицы.

Ограничения католического культа, разрешение служить мессы только в неприметных, так называемых «скрытых часовнях» были не только пережитком прошлого, простой формальностью, скрывавшей растущую реальность терпимости. Скорее, такой полуподпольный характер католической обрядности и разделение населения по религиозному признаку были фундаментальными чертами нидерландской жизни. До сих пор среди больших слоев населения сохранялось широко распространенное сопротивление католическому богослужению, и «арминианским» регентам приходилось с осторожностью проводить в жизнь политику послаблений католицизму. В 1650-х гг. католический апостольский викарий в Утрехте по-прежнему проводил разграничение между «свободомыслящими» городами в Голландии, в первую очередь Амстердамом и Роттердамом, и такими городами, как Лейден и Харлем, где отношение властей и населения к католикам оставалось враждебным. До сих пор сохранялась возможность того, что свобода, которой добились католики, снова будет ограничена, как это происходило в Утрехте в 1630-х и 1640-х гг., когда взгляды Воэция возобладали и произошел всплеск антикатолических настроений.

Более того, хотя ортодоксальные кальвинисты считали большинство голландских регентов «неблагонадежными», практически все они утверждали, что являются членами официальной Церкви и ее защитниками.

Принадлежность к официальной Церкви была обязательным условием, без которого никто не мог рассчитывать на участие в городском управлении. Даже Адриану Ретсу, самому решительному поборнику религиозной терпимости среди «арминианских» регентов Роттердама в третьей четверти XVII в., человеку, известному своими симпатиями к ремонстрантизму, приходилось посещать богослужения в реформатской Церкви — практика, граничившая с лицемерием, но необходимая для его политической карьеры. Даже самый либеральный из всех идеологов партии Штатов, лейденский мануфактурщик Питер де ла Кур, человек, не принимавший никакого участия в политике, и отстаивавший необходимость свободы вероисповедания в Республике, убежденный в необходимости терпимо относиться к католикам и открыть свободный доступ в голландские города для иммигрантов, вне зависимости от их религиозной принадлежности, с целью стимулирования торговли и промышленности, — даже он признавал, что благо Республики требовало некоторых ограничений терпимости. Де ла Кур утверждал, что Республика нуждается в государственной Церкви, обладающей более высоким статусом по сравнению с другими Церквями, к которой должны были принадлежать все лица, занимавшие правительственные и административные должности. Он не видел иной альтернативы, кроме отстранения от государственных постов тех, кто придерживался иных вероисповеданий. Более того, он считал, что Церкви, пользующиеся терпимостью, должны находиться под бдительным надзором магистрата; что же касается католиков, то им следовало разрешить собираться лишь небольшими группами в домах уважаемых горожан, а отправление церковных обрядов их священниками должно осуществляться под надзором городских властей.

Учитывая особый статус официальной Церкви, ее ресурсы и политическую поддержку, монополию на проповедь среди крупных общин верующих и владение практически всеми зданиями, похожими на церкви, неудивительно, что (за исключением Генералитетских земель, округа Твенте в Оверэйсселе и восточной части графства Зютфен) реформатская Церковь наиболее преуспела в борьбе за конфессионализацию населения. Среди других Церквей только католической удалось добиться некоторых успехов, да и то в весьма скромном масштабе. Другие Церкви и религиозные движения в Соединенных Провинциях во второй половине века либо утратили свое влияние, как ремонстранты и меннониты, либо смогли увеличить число своих сторонников только в отдельных местностях за счет иммигрантов из-за границы, как лютеране, иудеи и квакеры.