Несмотря на частую смену председателей КГБ органы госбезопасности вышли из кризиса, спровоцированного кадровыми и структурными реформами середины пятидесятых годов прошлого века, и начали активно влиять на ситуацию в сфере защиты государственных и военных секретов. Так, 1 октября 1965 года была утверждена новая «Инструкция по обеспечению сохранности государственной тайны и режима секретности проводимых работ».

В ней, дополнительно к мероприятиям по защите гостайны, описанным в одноименной инструкции 1959 года, были добавлены процедуры:

разработки, хранения и использования мобилизационных документов;

учета, хранения, использования и уничтожения материалов счета задач на вычислительных машинах;

порядок оформления и передачи «Сов. секретных» и «Секретных» документов, секретных изделий, товарно-сопроводительной и неревозочной документации за границу;

порядок приема руководителями учреждений и предприятий делегаций из иностранных государств.

Инструкция 1965 года оставила название «секретные отделы», или «секретные части», и добавила те, которые стали именоваться первыми отделами, или первыми частями.

Одновременно происходило совершенствование оперативно-розыскной деятельности. Например, в 1964 году была принята «Инструкция о порядке проведения оперативно-технических мероприятий в практике оперативно-агентурной и следственной работе КГБ». Это, в частности, позволило с помощью комплекса оперативных мероприятий «Пров» подтвердить связь офицера ГРУ Олега Пеньковского с британской и американской разведками.[46]

Совершенствовались и оперативно-розыскная деятельность. Если говорить о перлюстрации корреспонденции (ПК), то в 1965 году Коллегия КГБ обсудило состояние дел в этой сфере. Был подготовлен единый план службы ПК (операция «Алмаз»), согласно которому основное внимание уделялось потоку исходящий международной корреспонденции. А 28 ноября 1967 года вступила в силу «Инструкция по негласному контролю почтово-телеграфных отправлений органами Комитета государственной безопасности при Совете Министров СССР».

Для повышения уровня контрразведывательной работы среди иностранцев в 1965 году был разработан план агентурно-оперативных мероприятий «Операция 100». Вначале он охватывал европейскую часть страны и Закавказье, а потом распространился на Среднюю Азию. Смысл этого плана состоял в том, чтобы скоординировать действия контрразведывательных подразделений в масштабе почти всей страны.

Основываясь на опыте «Операции 100», в 1967 году был разработан перспективный план контрразведывательной работы под названием «Операция «Горизонт». В том же 1967 году среди иностранцев, приезжавших в СССР на короткое время, было выявлено более 250 сотрудников и агентов спецслужб иностранных государств. Более ста из них были изобличены и выдворены из СССР.

Все эти действия председателю КГБ Владимиру Семи-частному пришлось согласовывать с «могучей кучкой», так современники прозвали группу его заместителей и начальников управлений, которые пришли в начале пятидесятых годов прошлого века из партийных органов. При этом сам Владимир Семичастный входил в группу «комсомолят». А ведь еще были профессиональные чекисты, которые проработали в органах не один десяток лет. Решение о смещении Владимира Семичастного с поста председателя этого ведомства было объявлено на заседании Политбюро ЦК КПСС 18 мая 1967 года. Тогда же был назван новый руководитель — Секретарь ЦК КПСС и заведующий Отделом ЦК по связям с коммунистическими и рабочими партиями социалистических стран Юрий Андропов. На Пленуме ЦК КПСС 20 июня 1967 года он был освобожден от обязанностей Секретаря ЦК, однако тут же был избран кандидатом в члены Политбюро ЦК КПСС.

Существует две неофициальные версии объясняющие, почему Владимир Семичастный лишился поста председателя КГБ.

По одной из них, он планировал провести чекистский путч и занять место Леонида Брежнева. Выступление мятежников с Лубянки было подавлено отборными частями Московского военного округа. Сторонники этой версии, среди прочих, приводят такие аргументы. В 1967 году большой группе офицеров Кантемировской танковой дивизии были вручены ордена и медали. Тогда же якобы скоропостижно скончались пятнадцать высокопоставленных офицеров КГБ, среди них два генерала. Один из умерших — руководитель военной контрразведки.[47]Скорее всего, эта версия основывается на слухах. Достаточно сказать, что генерал-лейтенант Иван Фадейкин, который с 1961 по 1966 год руководил военной контрразведкой, умер в 1979 году. Тем более, не подходит на роль заговорщика сменивший его генерал армии Георгий Цинев, который в 1981 году занял пост первого заместителя Председателя КГБ.

Вторую версию придумали и распространили среди партийных чиновников в аппарате ЦК КПСС. Согласно ей, основная причина отставки Владимира Семичастного — побег на запад дочери Иосифа Сталина Светланы Аллилуевой. Председателю КГБ инкриминировалось два «греха»: якобы он дал разрешение на выезд беглянки в Индию и приказал похитить ее чекистам, которые так рьяно начали исполнять приказ своего руководителя, что оказались «засвеченными» перед западноевропейскими контрразведками.[48]

На самом деле разрешил поехать ей в Дели председатель Совмина СССР Александр Косыгин. Он честно признался в этом на заседании Политбюро. А «провалы» в странах Средиземноморья были не у КГБ, а у ГРУ. Весной 1967 года итальянские спецслужбы вышли на след нелегальной агентурной сети, которой руководила с 1964 по март 1967 года Анжела Ринальди («Царевна»). В результате проведенной операции была арестована «Царевна», ее муж Георгио и их шофер Армандо Гирардо. Так же из Италии был выслан советский атташе Юрий Павленко. По утверждению отдельных западных журналистов, эти люди якобы получили приказ похитить и вывезти в СССР Светлану Аллилуеву. На самом деле КГБ и ГРУ не получало приказа от Леонида Брежнева найти и похитить «беглянку».[49]

Леонид Брежнев, внесший на Пленуме предложение о включении Юрия Андропова в состав кандидатов в члены Политбюро, заявил, что это делается: «…Для повышения роли такого политического органа, каким является Комитет государственной безопасности…».

Таким образом, новый Председатель КГБ пользовался несоизмеримо большим политическим влиянием, нежели его предшественники Иван Серов, Александр Шелепин и Владимир Семичастный. Правда, в русле некоторой партийной традиции вновь избранный шеф Лубянки еще долгое время оставался в стенах КГБ штатским человеком. Воинское звание генерала-полковника ему присвоили только 17 декабря 1973 года (с 10 сентября 1976 года — генерал армии).