Чистки также создали огромную текучесть в среде командного состава, что неизбежно оказало негативное действие на военное планирование и боеготовность войск. Например, в ВВС командарм 2-го ранга Я.И. Алкснис был в 1937 году казнен, а сменивший его генерал-полковник А.Д. Локтионов арестован в 1939 году[32]. Сменивший его генерал-лейтенант П.В. Рычагов тоже был арестован; оба они были расстреляны без суда в октябре 1941 года[33]. В самый канун войны была арестована (и расстреляна в октябре) группа выдающихся старших офицеров.

Вдобавок к Локтионову, командующему Прибалтийским особым военным округом, и Рычагову в эту группу также входили генерал-лейтенант Я.В. Смушкевич — заместитель начальника Генерального Штаба Красной Армии, генерал-полковник Г.М. Штерн, начальник Управления Противовоздушной Обороны Красной Армии, генерал-майор Г.К. Савченко — заместитель начальника Артиллерийского Управления Красной Армии, генерал-лейтенант Ф.К. Арженухин, начальник Академии ВВС, генерал-майор И.Ф. Сакриер — заместитель начальника главного управления ВВС по вооружениям, а также генерал-майор И.И. Проскуров — бывший начальник Главного разведывательного управления Красной Армии (ГРУ).

В список подвергшихся чистке командиров входили два заместителя народных комиссаров обороны (Тухачевский и Егоров) начальники подготовки Красной Армии, противовоздушной обороны, разведки, артиллерии, войск связи, мобилизационного, образовательного и медицинского управлений; все 16 командующих военными округами; 90 процентов заместителей командующих военными округами помощников командиров, начальники штабов и командующие родов войск; 80 процентов командующих корпусами и командующих дивизиями; 91 процент командиров полков, их заместителей и начальников штабов. Эти ужасные потери унесли 3 из 5 маршалов Советского Союза, 2 из 4 командармов 1-го ранга, 12 из 12 командармов 2-го ранга, 60 из 67 командиров корпусов, 136 из 199 командиров дивизий и 221 из 397 командующих дивизиями[34]. Даже НКВД не избежал сталинского гнева — более 20 000 сотрудников этого ведомства попали под чистку, в том числе 10 000 человек из внутренних и пограничных войск[35].

Некоторые командующие чудом спаслись только для того, чтобы сразу оказаться в горниле советско-германской войны. 17 августа 1937 года был арестован командующий Ленинградским военным округом К.К. Рокоссовский — предположительно за связь с подвергшимся чистке маршалом Блюхером[36], первоначально обвиненный в саботаже и ослаблении боеготовности. Позже Рокоссовского обвинили в работе на польскую и японскую разведку, но нелепость данных обвинений была на его процессе настолько очевидной, что он избежал смерти. Тем не менее Рокоссовский почти три года просидел в тюрьме НКВД и был освобожден только 22 марта 1940 года. Затем НКО, сделав поразительный, но характерный поворот, назначил Рокоссовского командующим 5-м кавалерийским корпусом, а в 1941 году — новообразованным 9-м механизированным корпусом. Везение Рокоссовского разделили будущий генерал армии А.В. Горбатов, комкор Л.Г. Петровский и еще несколько командиров, избежавших мрачной сталинской косилки.

Когда в 1941 году началась война, чистки все еще продолжались. Это хорошо иллюстрирует причудливое и ныне хорошо известное дело генерала Мерецкова. К.А. Мерецков, ветеран гражданской войны в Испании, начальник штаба многих военных округов, осенью 1940 года занимавший пост начальника Генерального штаба Красной Армии, был арестован в июле 1941 года за былую дружбу с дискредитированным и расстрелянным командующим Западным фронтом генералом Д.Г. Павловым. Мерецкову повезло больше, чем подавляющему большинству других. Хотя в тюрьме НКВД с ним обращались весьма жестоко, Мерецкову, как и Рокоссовскому, улыбнулась судьба, и он избежал расстрела. Более того, в сентябре 1941 года он был реабилитирован и вернулся на фронт. Мерецков пережил и Сталина, и войну, в 1945 году закончив войну командующим фронтом в звании маршала Советского Союза.

Продолжающаяся чистка поглощала также офицеров из аннексированных Советским Союзом государств (например, Латвии, Литвы и Эстонии). После захвата Советами этих прибалтийских государств местные офицеры получили офицерские звания Красной Армии. В их число входили генерал-майор А.Н. Крустыньш, командующий 183-й стрелковой дивизии 24-го территориального стрелкового корпуса, генерал-майор И.К. Черниус еще один командир дивизии, и генерал-лейтенант Р.И. Клявиньш, командующий корпусом. Многих командиров из других прибалтийских государств чистка поглотила уже во время войны[37].

Окончательная цифра той дани, которую взяли чистки с офицерского корпуса Красной Армии, все еще неизвестна. На заседании НКО 29 ноября 1938 года протокол зафиксировал слова Ворошилова: «В ходе очищения Красной Армии в 1937–1938 годах мы подвергли чистке более 40 000 человек»[38]. Эта цифра конечно включала в себя все виды наказания — от расстрела до устного порицания. Более свежий анализ основанный на архивах Верховного Суда СССР и связанных с ним военных трибуналов дает общее число репрессированных с 1937 по 1941 год в 54 417[39].