Координационным центром заокеанской испанской империи выступала Каса де Контратасьон — «торговый дом», учрежденный Изабеллой Кастильской в Севилье в 1503 году. Агентство занималось самыми разными делами, связанными с заокеанской торговлей и освоением Америки: регулировало потоки эмигрантов, собирало налоги и пошлины, выдавало лицензии лоцманам, отправляло торговое право в колониях и вело учет открываемым землям — отмечаемым на padron real, главной карте. Последняя находилась в ведении piloto mayor (главного кормчего), обязанностью которого было «создать образцовую королевскую лоцию всех открытых к данному времени земель под властью короны».[1176] Копии лоции выдавались «лишь по приказу монарха или Каса де Контратасьон». Среди тех, на кого приказ не распространялся, были англичане, голландцы, французы, португальцы, а также испанские евреи и необращенные мусульмане,[1177] выдворенные из Испании в 1492 и в 1502 годах соответственно.

Закрепившись на Эспаньоле и Кубе, испанские завоеватели совершали все более дерзкие вылазки вдоль побережья и в глубь Северной и Южной Америк. Среди самых громких побед — покоренная Эрнандо Кортесом ацтекская империя со столицей в Теночтитлане (Мехико) и завоеванная Франсиско Писарро империя инков, протянувшаяся на тысячу миль вдоль Анд от Эквадора до Чили. На месте поверженных держав были основаны вице-королевства — Новая Испания (от современной Мексики до границы Панамы) и Перу соответственно. Когда в 1540-х годах в Потоси (Боливия) и Сакатекасе (Мексика) начали добывать серебро, груженные драгоценным металлом испанские корабли оказались лакомым куском для французских, английских и голландских корсаров.

В 1564 году Каса де Контратасьон издала приказ всем трансатлантическим судам для укрепления безопасности ходить в составе одного или двух конвоев. Как правило, новоиспанская флотилия брала курс на Сан-Хуан-де-Улуа (остров в виду мексиканского города Веракрус) в июле,[1178] а флотилия Тьерра-Фирме — на колумбийскую Картахену и панамский Номбре-де-Диос в марте — мае. Обе флотилии шли через Канары и Карибы (обычно Доминику), переход занимал около месяца. Недели через две корабли Тьерра-Фирме уже швартовались в Картахене, тогда как идущим в Новую Испанию требовался еще месяц или больше с учетом захода в Пуэрто-Рико для пополнения припасов. На обратном пути флотилии иногда встречались в Гаване, однако в любом случае стремились войти в Багамский пролив к августу, до того как достигнет пика сезон ураганов.

Испанцам пришлось открывать в Новом Свете собственные порты, но из-за сезонного характера трансатлантической и тихоокеанской торговли, а также стремления конкистадоров в первую очередь освоить, объединить и подчинить материковые земли, порты строились наспех, были малонаселенными и почти не имели инфраструктуры. Статус главных на атлантической стороне принадлежал Гаване и Веракрусу. В стратегически выгодно расположенной на северном побережье Кубы Гаване, ставшей одним из основных испанских оплотов в Америке, встречались идущие в Испанию конвои. Веракрус считается основанным в 1519 году, однако год спустя, по свидетельству одного из торговцев, там не было «ни дома, ни хижины, ни воды, ни дров — голый песчаный берег»,[1179] и даже через восемьдесят лет в нем насчитывалось лишь четыреста испанских домов.[1180] Картахена, позаимствовавшая название у столицы древнефиникийского государства, располагалась на берегу крупного залива, прикрытого с моря островом Тьеррабомба, что (учитывая также относительно благоприятный климат и близость Панамского перешейка) делало ее идеальным портом приписки для флотилии Тьерра-Фирме.

Пути испанцев к Перу с его серебром упирались в кишащий болезнями Панамский перешеек с портами Номбре-де-Диос (в 1597 году его сменил Портобело) на карибском побережье и Панамой на тихоокеанском. Громкие названия принадлежали унылым захолустным городишкам, похожим на кладбища, которые оживали только на время погрузки и выгрузки бесценного содержимого корабельных трюмов (серебро везли на восток, европейские товары — на запад). Как писал в 1546 году один из побывавших там: «Эти два города настолько зачумлены, что из сотни прибывших не останется месяц спустя и двадцати избегнувших заразы, а большинство заболевших погибает».[1181] На обратном пути в Гавану в море были погребены двадцать шесть спутников автора этой цитаты. Грузы из Панамы принимал Кальяо, порт при столице вице-королевства Перу Лиме, куда приходили также суда из Вальпараисо. Главная верфь на тихоокеанском побережье находилась в эквадорском Гуаякиле, где легче было добывать дерево и смолу, тогда как расположенная к югу от Кальяо Арика (заложенная в 1545 году) обслуживала горные копи Потоси. Переправлять серебро тихоокеанским маршрутом через Панаму вынуждали политические соображения. Возить серебро из Потоси в Буэнос-Айрес, а оттуда через Атлантику было бы гораздо дешевле и быстрее,[1182] однако под нажимом вице-королевства Перу порт на Рио-да-ла-Плата был официально закрыт в 1594 году. Торговля в Буэнос-Айресе до 1776 года оставалась нелегальной, а модернизировать порт начали только в XIX веке.

Аналогичным образом севильские купцы не давали развернуться во всю мощь торговле между Мексикой и Перу на тихоокеанском побережье, а к северу от Панамы портов насчитывались единицы. Основными были Реалехо (Коринто) в Никарагуа,[1183] располагавший судоверфью и легким доступом к Карибам через озера Манаус и Никарагуа и реку Сан-Хуан, а также Уатулько — разграбленный в 1597 году Томасом Кавендишем, после чего конечным пунктом восточного маршрута манильских галеонов стал Акапулько. (По Тордесильясскому договору испанские суда не могли ходить из Испании на Филиппины через Индийский океан.) Как и Номбре-де-Диос и Портобело, Акапулько — удобная гавань на кишащем заразой побережье — оживал лишь во время захода кораблей. Морякам, которые после пяти-шести месяцев в море едва держались на ногах от недоедания и болезней, приходилось восстанавливать силы в хлипких хижинах и палатках, прежде чем пускаться в 450-километровый переход до Мехико.[1184] (Оставшийся путь на запад до Филиппин занимал всего три месяца.) Другой функции, кроме приема манильских галеонов, у Акапулько не было. Как и остальные испанские порты в Америке, он существовал только для сообщения между метрополией и вице-королевствами, а Филиппины, хоть и отделенные восемью тысячами миль Тихого океана, принадлежали Новой Испании. Прошло несколько столетий, прежде чем в американских портах закипела такая же бурная торговая жизнь, как в евразийских и африканских.