Следующей на очереди стала Хива, против которой действовала группа войск под командованием Шайдакова. Армия Джунаид-хана не была регулярной. В основном она состояла из туркменских джигитов-кочевников, имевших племенную и родовую организацию. Тяжелого оружия у них почти не было, да и не умели они взаимодействовать с артиллерией и пулеметами. Поэтому в литературе войска Джунаида нередко смешиваются, нарочно или случайно, с басмаческими формированиями. Правда, туркмены были получше, чем басмачи, вооружены, да и были воинами с детства, в отличие от восставших земледельцев. По Амударье жили и казаки, но они раскололись. С одной стороны, Джунаид воевал с большевиками. А с другой — он и сам не был для казаков другом. Его джигитов, среди которых испокон веков царило правило сильного, оседлые хозяева тоже опасались. Наконец, в красных войсках были «свои», русские, а против них — «чужие», мусульмане. Этим и пользовалась большевистская пропаганда, играя на национальных чувствах уже в обратную сторону. В поддержку хана выступила лишь небольшая часть казаков, обитавших в районе Чимбая.

У Джунаида хватало и внутренних врагов. Всего несколько месяцев назад он сел на трон, поэтому в самой Хиве было много недовольных, обиженных в результате переворота, обойденных при назначениях. Большевики учли и такую местную особенность, как межплеменная вражда, сохранившаяся в Каракумах до XX века. Для Джунаида одни племена были родственными или союзными с ними, а другие — враждебными. И ташкентская власть усердно снабжала его врагов оружием, настраивая на активные действия. Была там и «революционная» партия младохивинцев во главе с Моллоаразом Ходжамаммедовым. Существовала она в зачаточном состоянии и ничего общего с коммунизмом не имела, выступая за конституционное ограничение ханской власти, а в радикальном варианте — за исламскую республику. Но других революционеров в Хиве не нашлось, и Ташкент делал ставку на имеющихся, подкармливая деньгами, оружием, литературой. Партию всячески подталкивали к восстанию, обещая поддержку.

В декабре, когда стало возможно перебросить в этот район части с Закаспийского участка, младохивинцы подняли восстание, тут же обратившись за помощью к красному Туркестану. Куйбышев отдал войскам приказ перейти границы Хивинского ханства. Немедленно началось наступление с севера и с юга. Главный удар наносился Амударьинской группой Шайдакова, которая двинулась по реке на пароходах и баржах. Флотилия насчитывала 38 единиц, на бортах которых имелись 26 орудий. Обращение, распространяемое при вторжении, гласило:

"Народы Хивы! Мы знаем, что для многих из вас Джунаид стал врагом и насильником. Идя только против него одного и сохраняя добрый мир со всеми, кто не будет его поддерживать словом и оружием, мы надеемся, что будем встречены не как враги, а как друзья, и встретим искреннюю и добросердечную поддержку. Смерть разбойнику Джунаиду! Да здравствует свободная и независимая Хива!"

О каких-либо классовых, социальных и территориальных причинах войны умалчивалось и подчеркивался ее сугубо персональный характер — вполне понятный для населения этого глухого угла. Поэтому вне зависимости от взглядов и убеждений сторону красных заняли все, кому Джунаид чем-нибудь насолил. Присоединились с оружием племена кочевников — маширыпов и чайдаров, враждебные роду Джунаида. 28.12 под Ходжейли войска хана вступили в бой с соединенными силами его противников и потерпели поражение. 2 января красные заняли Куня-Ургенч, затем Новоургенч. После передышки, обработав как следует местное население и перетянув на свою сторону часть «нейтральных» амударьинских казаков, они возобновили наступление. 1 февраля пала Хива. Джунаид ушел в Каракумы.

Примерно в это же время началась операция по овладению Красноводском и окончательной ликвидации Закаспийского фронта. После поражений Литвинова под Казанджиком и Айдином здесь остались 4–5 тыс. защитников, часть из которых составляли эвакуированные сюда уральские казаки. Помощи ждать было неоткуда. Основные силы Деникина дрались уже на Маныче и в Ставрополье. Красноводск оказался в изоляции. Каспийское побережье в основном контролировали красные, за морем лежал недружественный Азербайджан. Белогвардейцы оборонялись отчаянно. Стояли насмерть, отбиваясь контратаками. Обе Стороны понесли огромные потери. Но преимущество, и численное, и в артиллерии, было на стороне красных. 6 февраля Красноводск был взят. Из его защитников кто смог эвакуировались пароходами в Персию, значительная часть погибла, 1600 чел. попали в плен.

А Джунаид еще долго водил по пустыням преследующие его большевистские войска. Сначала он, уйдя далеко на юг, засел в крепости Тахта-Базар, почти на границе с Афганистаном. Ее осадили, взяли штурмом, но хан сумел вырваться. Обосновался в районе Батыр-Кен-та, стал собирать здесь новые силы. И здесь его настигли, снова он был разбит. Ушел в район Курганчик. Но и сюда пришли красные.

Опять он потерпел поражение, и опять его не сумели поймать. Отсюда он направился в самое сердце Каракумов, где собрал отряд кочевников и начал набеги на большевиков, ускользая от их ударов в глубины песков. Красные обратились к враждебным ему племенам. С их помощью разыскали в пустынях отряд Джунаида и разгромили. Взять неуловимого хана большевикам так и не удалось, но после этого поражения он ушел окончательно — за границу.

Разгромив уральцев Толстова, в Туркестан прибыл Фрунзе, облеченный властью не только командующего фронтом, но и полномочного представителя ВЦИК и Совнаркома. Когда он принял у Куйбышева военное руководство, активными здесь оставались Ферганский и Семиреченский участки. После взятия Новониколаевска (Новосибирска) одна из красных дивизий повернула в Казахстан против группировки атамана Анненкова. В Семипалатинской области шли бои. Войска Анненкова с отрядами казахской Алаш-Ордынской милиции, теснимые на юг, и Семиреченское казачество ген. Щербакова оказались в положении двух бойцов, отбивающихся спина к спине. В середине января казаки Щербакова перешли в наступление. Оно не удалось. Красные войска здесь из отдельных партизанских отрядов были уже организованы в 3-ю Туркестанскую дивизию, усилены вооружением, сцементированы переброшенными через Ташкент подкреплениями. Потерпев поражение, казаки отступили и укрылись в горной крепости Копал.

А на Ферганском участке установилась довольно своеобразная война. Советские войска беспрепятственно занимали города и кишлаки, при их приближении басмачи уходили. Среди них действовал как бы негласный запрет — не вступать в бой с регулярными частями. Впрочем, объяснить это легко — в повстанческих отрядах лишь третья или четвертая часть бойцов была вооружена, да и то чем попало, вплоть до старинных охотничьих ружей. Куда им было идти против артиллерии и пулеметов? Зато басмачи громили местную милицию, нападали на организуемые советские органы. Их предводители — курбаши постоянно враждовали между собой. Ссорились из-за ориентации, из-за сфер влияния и контролируемых районов. Учитывая их междоусобицы, большевики взяли курс на дальнейшее разобщение повстанческого движения и принялись переманивать его вождей на свою сторону. Их замысел удался. Из-за раздоров и взаимных обид к красным переходил то один, то другой курбаши. Перешел отряд Парпи численностью 3 тыс. чел., за ним отряды Махкам-Ходжи и Акбар-Али в 2600 чел. (из них лишь 600 вооруженных, откуда хорошо видна боеспособность басмачей).