Все просчеты и упущения, закономерные при освоении передовой техники, в своем «заявлении» Костиков выдал за умышленное «вредительство», что по тем временам приравнивалось к обвинению в государственной измене.

Впрочем, тучи над ракетчиками начали сгущаться несколько позже. В том апреле Георгий Лангемак, Сергей Королёв и Валентин Глушко вели лекционный курс по основам ракетной техники в Московском планетарии. Летом в Наркомате оборонной промышленности готовились наградные листы: к примеру, Клеймёнов и Лангемак должны были получить ордена Ленина за «реактивные снаряды». Видя, что его «заявление» не принесло результата, Андрей Костиков удвоил усилия по дискредитации собственного руководства, привлекая к своей деятельности других «обиженных». 21 июня он устроил склоку на техническом совещании, собранном в целях оценки результативности работ.

Для изучения деятельности ракетчиков в НИИ-3 направили комиссию из Отдела науки, научно-технических изобретений и открытий ЦК ВКП(б). Результаты проверки этой комиссии 16 июля 1937 года были направлены наркому оборонной промышленности:

6 августа состоялось заседание бюро Октябрьского РК ВКП(б), на котором Клеймёнову был объявлен выговор с занесением в личное дело и сформулирована просьба в адрес Наркомата обороны об освобождении его от должности директора института. На этом бюро Ивану Терентьевичу не дали даже выступить, его сообщение было сорвано грубыми выкриками из зала.

На директора НИИ-3 и ракетчиков продолжали поступать «заявления». Иван Клеймёнов не оставался в долгу: он трижды обращался в Экономическое контрольное управление НКВД. Вот текст одного из писем:

Как видите, к обвинениям во «вредительстве» прибегали обе стороны конфликта. Сергей Королёв отдалился от этой «подковерной» схватки, ушел в работу, надеясь, что все разрешится само собой. Однако машина репрессий требовала новых жертв, и опасность угрожала всем, кто так или иначе был связан с Тухачевским. По воспоминаниям членов семьи, настроение конструктора в те дни практически всегда было подавленным.

Неприязнь Клеймёнова к Королёву, возникшая еще в первые месяцы работы РНИИ, переросла в прямое давление – очевидно, директор полагал, что конструктор в силу своей принадлежности к «гирдовцам» поддержит группу Костикова в борьбе за власть. В июле 1937 года Клеймёнов отозвал данную ранее конструктору рекомендацию в партию, а 20 августа Сергея Павловича исключили из рядов «сочувствующих», что закрывало Королёву путь к какому-либо карьерному росту.

В конце лета обстановка еще более осложнилась. 30 августа Иван Клеймёнов, почувствовав недобрые предзнаменования, ушел в отпуск, накопившийся за несколько лет. В октябре он договорился с начальником ЦАГИ о том, что до 7 ноября уволится из НИИ-3 и с 10-го перейдет туда на работу в должности заместителя начальника винтомоторного отдела. Исполняющим обязанности директора института назначили Леонида Эмильевича Шварца, а Георгий Эрихович Лангемак стал отвечать за выполнение плана научно-исследовательских работ.

14 октября временно исполняющим обязанности директора НИИ-3 назначили вернувшегося из Испании военинженера 1-го ранга, химика по образованию Бориса Михайловича Слонимера, который был мягким по характеру человеком, но, увы, ничего не понимал в ракетной технике. Чувствуя шаткость своего положения, Слонимер мало говорил, ни с кем не ссорился, чтобы случайно не нажить себе врагов, и старался принимать как можно меньше самостоятельных решений.

Все же «заявлений», внезапных проверок и давления было явно недостаточно – решающим фактором в судьбе руководства НИИ-3 стали материалы о «троцкистской шпионско-вредительской организации», которая якобы действовала в системе Наркомата внешней торговли, где некогда работал Иван Клеймёнов. В ночь со 2 на 3 ноября 1937 года его арестовали. Ближе к утру чекисты «забрали» и его заместителя Лангемака.

Через две недели после арестов были получены показания ранее арестованного Мордуха Рубинчика, сослуживца Клеймёнова по Берлинскому торгпредству, и Георгия Лангемака о том, что «Клеймёнов является участником контрреволюционной организации». На первом допросе, проведенном через сорок три дня после ареста (!!!), Иван Клеймёнов признал себя виновным, подтвердив участие в антисоветской организации и показав, что, работая в РНИИ, установил «преступную связь» со своим заместителем Лангемаком, от которого ему стало известно о «вредительской деятельности» специалистов по ракетной технике Валентина Глушко, Сергея Королёва, Юрия Победоносцева и Леонида Шварца.

Много позже, в 1955 году, когда деятельность следователя Соломона Эммануиловича Луховицкого, который вел дело ракетчиков, была подвергнута проверке, прокуратура установила, что он «грубо нарушил законность: избивал арестованных, лишал их отдыха и пищи и применял другие запрещенные законом методы ведения следствия, добиваясь таким путем вымышленных показаний о проводившейся якобы ими контрреволюционной деятельности, фальсифицировал протоколы допросов и другие материалы, на основании которых судебные инстанции выносили судебные приговоры, подвергая ни в чем не повинных советских граждан наказанию».

15 ноября 1937 года Андрей Костиков, весьма чуткий к политической конъюнктуре и давно мечтавший о власти, был назначен врио замдиректора НИИ-3, став формально вторым лицом в институте, «серым кардиналом» при Слонимере. У многих сотрудников института это назначение вызывало недоумение, ведь в штате были другие и более достойные научные работники. Поскольку Костиков был далек от пороховой тематики, то в помощники ему назначили Юрия Победоносцева. Таким образом, в институте было установлено «троевластие»: отчеты сначала утверждал Победоносцев, затем на титульном листе расписывался Костиков, а Слонимер только подписывал сопроводительные письма.