Вся броня общим весом 3000 т (24% нормального водоизмещения) изготавливалась на заводе Кеммеля и К° (Cammel amp; С°) по способу Гарвея (обработка касалась только толстых плит пояса и траверзов, а тонкая броня, например, палуб и крыш барбетов, была стальная). Угольные ямы уже традиционно разместили вдоль бортов так, чтобы они дополняли собой броневую защиту.

Артиллерийское вооружение, заказанное на заводе Армстронга и К°, состояло из четырех 305-мм сорокакалиберных пушек весом 49,6 т каждая (по конструкции аналогичных орудиям кораблей класса "Маджестик"), размещенных попарно в двух грушевидных барбетах (оснащённых гидравлическими приводами для поворота); десяти 152-мм сорокакалиберных скорострельных; двадцати 47-мм 40-калиберных (3 фн) и четырех 47-мм 33-калиберных (2,5 фн) скорострельных Готчкисса (по другим данным, четыре 37-мм).

Лишь четыре 152-мм орудия получили казематы шестиугольной формы с броней толщиной 152 мм в лобовых и 51 мм в остальных частях, включая их крыши, расположенные над главным поясом в батарейной (главной) палубе симметрично от миделя (углы обстрела по 120°). Другие шесть установили выше, на верхней палубе открыто, и они имели стальные щиты, укрепленные на орудийных станках. Два из этих орудий располагались на миделе и имели углы обстрела по 120°, а четыре – симметрично относительно носового и кормового мостиков с углами обстрела по 150°. Все 152-мм орудия размещались на спонсонах для получения возможно больших углов обстрела.

В батарейной же палубе вне цитадели, по четыре в каждой оконечности, размещались 8 47-мм орудий. 4 малокалиберных орудия располагались на мостиках, 4 – на надстройке, 4 – на верхней палубе в центре корабля и 4 – на боевых марсах. По другим данным, первоначально батарея малокалиберных орудий размещалась следующим образом: 4 — на главной палубе в оконечностях (что не подтверждается примером последующих кораблей), 12 – на верхней палубе и мостиках, 4 – на шельтердеке (навесной палубе) и 4 – на марсах.

Один из прототипов ("Роял Соверен") имел два барбета грушевидной формы, в каждый из которых устанавливалось два 67-тонных орудия, которые каждый раз для заряжания приводились в диаметральную плоскость в определенное фиксированное положение, а крыши барбетов были покрыты тонкой плоской стальной защитой. "Фудзи" и "Яшима" также сохранили барбеты грушевидной формы с подъёмниками, выступающими в задней части каждого, отчего барбеты имели такую форму, но пушки уже защищались выступавшими вверх куполами.

Форма их барбетов означала, что орудия также заряжались только в фиксированном (вдоль диаметральной плоскости) положении. Но полное круговое заряжание все-таки стало возможным на "Фудзи" (правда, лишь в ограниченный период времени), что удалось благодаря размещению в задних нишах его куполов малого числа снарядов и зарядов вместе с установкой там же вторых гидравлических прибойников. Эти прибойники уже могли заряжать орудия при любом их положении в горизонтальной плоскости до тех пор, пока боекомплект ниш не иссякал, и орудийные платформы приходилось вновь разворачивать в исходное положение вдоль диаметральной плоскости для его пополнения. Такую систему заряжания можно назвать условно круговой, но она, оставаясь все-таки пока еще несовершенной, давала серьезную экономию времени по сравнению с применявшейся тогда на "Роял Соверен".

Оба снарядных погреба 305-мм орудий размещались непосредственно под барбетами, а зарядные – под ними (т.е., наоборот, если сравнить с "Роял Соверен"). Расположение башен с орудиями главного калибра в оконечностях позволяло им иметь секторы обстрела 270° (по 135° на борт), что было выгоднее, чем у носовой башни "Чин Иен", имевшей всего 255°.

В 1901 г., ранее запланированного срока, "Яшима" и "Фудзи" частично перевооружили: 20 47-мм пушек заменили без особого труда на 16 76-мм сорокакалиберных, оставив лишь четыре скорострельных на марсах. По другим данным,заменили только 16 47-мм орудий на равное число 76-мм, а батареи на боевых марсах и шельтердеке оставили прежние. Пять торпедных аппаратов, как и орудия главного калибра, оставили без изменений. "Фудзи" оказался первым в японском флоте броненосцем с расположенной в шахматном порядке артиллерией среднего калибра на максимально возможном друг от друга расстоянии для снижения уязвимости от снарядов.

Торпедное вооружение переместили ниже ватерлинии, и оно в итоге состояло из четырех подводных бортовых аппаратов, расположенных попарно в носу и в корме, и одного носового, надводного (первоначально планировалось шесть аппаратов и 2 миноноски 2-го класса). Полный запас торпед Уайтхеда калибром 457 мм равнялся 15 (по 3 на каждый аппарат). Кроме того, на броненосце находились две миноноски второго класса (длиной 17,1 м), имевшие аппараты для метательных мин и паровой катер (длиной 12,8 м), имевший приспособления для постановки мин.

Главные механизмы для обоих кораблей изготавливались на заводе Хемфрейса Тенанта и К (Humphrey Tennant and С°) в Депфорде и состояли из двух вертикальных трехцилиндровых машин тройного расширения, работавших каждая на свой винт. Они развивали при умеренно форсированной тяге 13500 инд. л.с. Диаметры цилиндров высокого, среднего и низкого давления составляли соответственно 1016, 1498,6 и 2235,2 мм при ходе поршня 1143 мм.

Броненосец "Фудзи" после модернизации. 1912 г.

Пар к машинам поступал от десяти цилиндрических котлов обыкновенной трубчатой системы (огнетрубных с обратны^ ходом дыма), с рабочим давлением 10,9 кгс/см . Каждый котел имел четыре топки. Котлы размещались в четырёх водонепроницаемых отсеках вдоль корпуса (в носовых по три, а в кормовых по два). Освещение на броненосце было электрическое, и он, как и однотипный "Яшима", оснащался пятью прожекторами. Две дымовые трубы, расположенные вдоль диаметральной плоскости, были: носовая, имевшая выход от шести котлов, круглой формы, а кормовая от четырех котлов овальной.

В марте 1897 г. провели предварительные испытания машин броненосца "Фудзи". На первом пробеге прошли 40 миль и зарегистрировали мощность 10200 инд. л.с. (при числе оборотов: у левой машины – 108, у правой — 109,3 в минуту), развив средний ход – 16,8 уз. Давление п2 ара в котлах при испытаниях было 10,6 кгс/см . На другой день производилась проба машин при форсированной тяге: всего сделано шесть 10-мильных пробегов, во время которых машины развили мощность 14100 инд. л. с. при числе оборотов у левой машины 120, у правой 120,3 2об/мин. (давление пара в котлах 10,7 кгс/см , а давление в котельных отсеках 1,5 атм). Средняя скорость на этих пробегах составила 18,5 уз.

Приводились данные и о достижении кораблем скорости 19,25 уз. Во время пробегов производились также испытания рулевых машинок, на которых выяснили, что на самом полном ходу руль перекладывался с борта на борт за 15 сек.

В начале девяностых годов прошлого века кораблестроители начали разработку маскировочной окраски для военных кораблей. Так в русской первой эскадре и владивостокском отряде приняли темный зеленовато-серый цвет, в германском флоте – светло-серый и после ряда колебаний в английском, а за ними и в японском – в темно-серый, которым они красились и во время войны с Россией. Такую первоначальную окраску получил и "Фудзи". Экипаж "Фудзи" первоначально состоял из 35 офицеров и 637 матросов (достигая временами 688 человек). В 1901 г. он состоял из 741 человека. Броненосец проходил ремонт и перевооружение в 1901 г.