Конструктивно новый самолёт был во многом сходен с МиГ-23УБ, но, несмотря на это и даже внешнее подобие, начало выпуска нового истребителя-бомбардировщика на иркутском заводе принесло немало проблем. По планеру вопросов не было, но вот новый прицельно-навигационный комплекс доставил массу забот. Характеристики изделия не соответствовали заданным, оборудование страдало множеством дефектов, из-за его ненадёжности срывалась сдача машин, и сборочный цех был часто забит самолётами, не прошедшими военную приёмку. Потребовалось вызывать из Ленинграда представителей ПО «Электросила», которые в буквальном смысле надолго прописались в заводском общежитии. В цехе № 15 для доработчиков пришлось организовать специальный производственный участок, где они занимались ПрНК, снимавшимися со всех МиГ-27 первых серий. Ситуация сложилась катастрофическая: производство нельзя было остановить, у каждого цеха имелся свой план, но на выходе не оказывалось ни одной кондиционной машины.

Доработчики трудились круглые сутки, обеспечивали входной контроль поступавшего от смежников оборудования, регулировали и настраивали блоки, занимаясь тем, что должны были сделать ещё на заводе в Ленинграде. После приёмки военпредами очередного доработанного комплекса его вновь ставили на самолёт, проверяли на борту и только после этого машину выкатывали на аэродром. Со временем на заводе накопилось столько МиГ-23БМ, что нужно было сдавать по машине в день. С целью выхода из сложившегося кризиса директор завода В. А. Максимовский организовал штаб, координировавший действия подразделений предприятия.

Производственным планом предусматривалась сдача в первый же год 160 самолётов. Обосновав задержки нехваткой специалистов на сборке, он добился в МАП решения о присылке в Иркутск почти 200 человек, командированных с разных предприятий сроком на три месяца. Это были специалисты высокой квалификации с авиазаводов Комсомольска-на-Амуре, Смоленска и Новосибирска. Для поощрения рабочих была введена более щедрая система оплаты, не предусмотренная нормативами, но для выхода из прорыва приходилось нарушать КЗОТ и удлинять смены чуть ли не вдвое. Поскольку в Иркутске в то время был дефицит продуктов, из госфондов заводу выделялись продовольственные пайки. Кроме этого, организовали премирование рабочих. При выполнении цехом плана созывали собрание и вручали отличившимся дефицитные бытовые товары — телевизоры, холодильники и прочее.

Заводской штаб, в который входили главный инженер завода Ф. Р Кугель, начальник производства М. Г. Лукьянцев, главный диспетчер Л. А. Маневич, начальник конструкторского отдела завода Ю. П. Фаберовский и главный технолог А. А. Образцов, заседал ежедневно, выявляя «узкие места». В отстающие цеха направляли специалистов, где те принимали решения, которые тут же выполнялись.

В таком авральном режиме предприятие проработало четыре месяца — с сентября по декабрь 1974 г. В историю иркутского завода эта эпопея вошла под именем «БАМ». Так острословы, опираясь на сравнение с популярной в то время стройкой Байкало-Амурской магистрали, сократили фразу «Большой Аврал Максимовского». Но годовой план по сдаче самолётов завод выполнил.

Сборка МиГ-23БМ (он же изделие 23БМ или 25) продолжалась в Иркутске до 1977 г. Всего их изготовили 360. На вооружение МиГ-23БМ приняли в феврале 1975 г. под названием МиГ-27, хотя в эксплуатации и на производстве самолёт часто продолжали звать по-прежнему.

Серийные МиГ-27 оснащались двигателем Р-29Б-300; исключением стали лишь машины № 0501 и № 0601, собранные с АЛ-21Ф-3 и предназначенные для сравнительных испытаний.

В ходе производства в конструкцию самолёта вносились изменения, улучшавшие его характеристики и эксплуатационные качества. Вскоре после начала выпуска механизм разворота передних колёс МРК-30, заимствованный с истребителя и часто отказывавший на более сильно нагруженной стойке, заменили усиленным МРК-32-25 с несколько меньшими углами разворота (±30° вместо прежних ±40°). Аналогичные доработки провели и на уже выпущенных МиГ-27.

Пушечная установка, от огня которой часто страдали посадочные фары, с самолёта № 61912556185 получила ограждение стволов в виде двух стальных щитков по бокам. В строю ранее выпущенные машины подверглись такой доработке по бюллетеню № 23/25-137ДК. С самолёта № 61912522041 хвостовые держатели вооружения были оборудованы замками Д3У-1А (вместо Д3У-1), на которые разрешалась подвеска боеприпасов до 500 кг. С их использованием максимальное число «пятисоток» на МиГ-27 повысилось до восьми, а общая боевая нагрузка, с учётом того, что некоторые бомбы этого калибра имели большую действительную массу, а также включения в нагрузку самих держателей, составила 4400 кг.

Начиная с машины № 61912530017 ввели комплексный контроль ПрНК-23 с помощью переносной системы КСК-23, подключавшейся к самолёту через бортовые разъёмы. Вместо комплекса навигации КН-23 с машины № 61912525060 стали устанавливать усовершенствованный КН-23-1 с курсовертикалью ИКВ-1, в которой вместо дававших большую погрешность датчиков воздушных параметров была задействована связь с системой воздушных сигналов СВС-М-72-3, подключённой также к ПрНК, САУ и РСБН.

В ходе серийного выпуска МиГ-27 с № 61912545020 получили доработанные узлы поворота крыла, а с № 61912561300 — модифицированные закрылки. Вносились и другие, более мелкие изменения.

На МиГ-23БН датчик углов атаки ДУА-3М, смонтированный по левому борту, доставлял неудобство в эксплуатации, мешая доступу к оборудованию, а при снятии крышки отсека его флажок легко было повредить. На МиГ-27 он был перенесён под козырёк фонаря (сдвинут назад от своего первоначального положения), а затем продублирован парным датчиком по правому борту, чтобы система для уменьшения погрешности использовала осреднённое значение параметра.

От серии к серии блоки ПрНК постоянно совершенствовались, что позволяло постепенно расширять возможности комплекса. К примеру, самолёты, оборудованные блоками прицельно-навигационного комплекса 4-го этапа, помимо прочего, дополнительно обеспечивали вылет как со своего, так и с любого из запрограммированных аэродромов без повторного ввода координат.

Массовое поступление МиГ-27 в ВВС потребовало более серьёзно заняться изучением его штопорных характеристик и связанных с этим особенностей работы двигателя. Эти проблемы уже доставили немало хлопот при освоении истребителя МиГ-23. Стоило ему перейти в скольжение, чтобы начался срыв потока в затеняемом фюзеляжем воздухозаборнике, за которым следовал его помпаж, тут же перекидывавшийся на двигатель. Помпаж носил лавинообразный характер и развивался настолько стремительно, что температура газов скачком за секунду возрастала на 150° — 200°, грозя прогаром турбины. Чтобы не сжечь двигатель, его требовалось мгновенно выключить. Однако строевые лётчики не успевали справляться с ситуацией (случай сам по себе являлся нештатным). В ответ конструкторы, помимо автоматики отсечки топлива АОТ, оснастили двигатель противопомпажной системой СПП, для защиты от перегрева ограничивавшей подачу топлива в критической ситуации. Но на небольшой высоте выключение двигателя было рискованным — могло не хватить времени для повторного запуска.