Несмотря на свой исключительно долгий срок службы – почти 40 лет, единственной настоящей войной, в которой приняли участие советские Ту-16, была война в Афганистане. Там Ту-16А, а также ракетоносцы Ту-16КСР-2-5 и Ту-16КСР-2-5-11, разведчики Ту-16Р и постановщики помех Ту-16П, оснащенные бомбовым вооружением, применялись для ударов по базам и скоплениям моджахедов.

Что бы избегнуть вооруженных инцидентов, Ту-16 устанавливали пушки кормовой стрелковой установки в крайнее верхнее положение на весь период, в течение которого их сопровождали чужие истребители. Боекомплект задней стрелковой установки составлял 500 снарядов на ствол.

В дополнение к подкрыльевым контейнерам, Badger F имел так же две пассивные антенны на брюхе фюзеляжа, прикрытые радиопрозрачными обтекателями.

Под крыльями этого Ту- 16P (Badger F), на пилонах, подвешены контейнеры с аппаратурой радиотехнической разведки, принимающей и записывающей излучение радаров и другие различные электронные сигналы. Возможно, аппаратура контейнеров этого Badger F специально настроена на частоту передатчиков кораблей противника.

Первый раз Ту-16 были переброшены к границам Афганистана в декабре 1979 г. еще перед вводом туда советских войск. На аэродром Ханабад посадили Ту-16 из Орши, а в Семипалатинск – из Прилук. «Дальникам» была поставлена задача, обеспечить продвижение войск, при необходимости используя свои ударные возможности и сокрушая сопротивление противника обычными боеприпасами. Однако ввод войск прошел практически без помех и к боевым вылетам Ту-16 не привлекались.

Вновь Ту-16 появились над Афганистаном во время масштабной Панджшерской операции 1984 г. В начале апреля в Ханабад перебазировали эскадрилью Ту-16 Бобруйского 200-го Гв.ТБАП, которые были способны доставлять к цели сразу 9 т бомб, включая трех-, пяти- и девятитонные.

В 4.00 19 апреля Ту-16-е первыми пошли на цели сбросив на них бомбы с высоты 9000-10000м. 22 апреля 1984 г. состоялся один из самых массовых налетов Ту-16 на базы моджахедов. В нем принимали участие 24 ракетоносца Ту-16КСР-2-5, вооруженные ФАБ-250. Самолеты, оснащенные балочными держателями БДЗ-16К, несли по 40 бомб, а недоработанные под увеличенную бомбовую нагрузку – по 24. Были задействованы две эскадрильи 200-го Гв.ТБАП из Бобруйска и одна – 251-го Гв.ТБАП из Белой Церкви. Эскадрильи шли боевым порядком «пеленг» одна за другой. Первую восьмерку вел командир 200-го полка п-к Пачин. Первоначально бомбометание планировалось вести с высоты 6000 м, но летевшие плотным боевым порядком самолеты попали в облачность, и ввиду опасности столкновений эшелон был увеличен до 8700-9500 м. В связи с отсутствием видимости целей бомбометание производилось при помощи системы РСДН. Первая восьмерка подверглась зенитному обстрелу, но снаряды до самолетов не достали. Зенитные установки сразу были уничтожены, и следующие две эскадрильи противодействия не встретили. Через 4 часа после возвращения в Карши экипажи произвели повторный вылет. Теперь каждая группа имела отдельные цели – отряды душманов, уходившие в разных направлениях. Бомбы сбрасывались с высоты 1500-2000 м на хорошо заметного на фоне снега противника. Объективный контроль производился при помощи Ту-16Р. На фотографиях было отчетливо видно, что бомбардировщики с поставленной задачей справились отлично.

Летчики морской авиации готовят свое снаряжение к вылету перед Ту-16Р Badger F. Этот самолет переделан из бомбардировщика Ту-16А и потому сохранил носовое 23 мм орудие.

Экипаж возвратился после долгого разведывательного полета на Ту-16Р.

Летом 1986г. Ту-16 Дальней авиации вновь были привлечены к боевой работе в Афганистане. Их целью стали базы и целые базовые районы, на которые опирались разросшиеся формирования крупных полевых командиров. Как правило, их склады, оружейные мастерские, учебные центры и т.д. располагались в дальних труднодоступных ущельях и удары по ним авиации 40-й Армии не давали ощутимых результатов, а Ту-16 даже с половинной заправкой и полным грузом бомб без проблем могли накрыть всю территорию Афганистана. В налетах приняли участие Ту-16 215-го ТБАП переброшенные в Мары из Белой Церкви, их прикрывали МиГ-21 бис 115-го ИАП из Кокайты. При этом, для уничтожения горных укрытий особо эффективными оказались специальные толстостенные ФАБ-1500-2600ТС. Благодаря прочному литому корпусу они проникали вглубь скалы, и мощь их взрыва не расходовалась впустую.

Активно использовались Ту-16 и перед выводом советских войск в последние месяцы войны. К осени 1988 г. почти половина ВВС 40-й Армии уже покинула Афганистан. Поэтому для компенсации в конце октября была сформирована отдельная группа ДА, прикомандированная к САВО. В качестве основной задачи этой группы ставилось прикрытие выводимых частей путем нанесения упреждающих ударов по огневым средствам оппозиции и контролируемым ею районам. В группу входила эскадрилья Ту-16 из 251-го ТБАП из Белой Церкви. 11-Ту-16 – три отряда и две машины группы управления посадили на аэродроме Мары-1. На бомбардировку постоянно направлялся один отряд, состоящий из трех Ту-16. Вылеты обычно назначались с утра и занимали по 3,5-4 часа, шли к цели обычно на высоте 10-11000 м. Иногда Ту-16 привлекали к ночным ударам, при этом местность подсвечивали САБ сбрасываемыми с Су-17. Основным грузом были ФАБ-9000, к тому времени Ту-16 оставались единственными самолетами способными нести этих монстров. Иногда использовалась и «россыпь» ФАБ-250, которых загружали по 24 штуки. Всего за три месяца работы Ту-16 успели сбросить 289 «девятитонок».

Ту-16Р Badger F проходит на малой высоте недалеко от группы кораблей НАТО. Самолет песет под крыльями два контейнера, в которых размещена аппаратура для слежения за электронными сигналами радаров и другого электронного оборудования на борту кораблей.

Ту-16Р Badger F в сопровождении истребителя F-14A «Томкет» ВМС США, Ту-16 имеет модифицированную хвостовую часть с обтекателем, установленным на месте кормовой стрелковой установки. Подобные хвостовые обтекатели устанавливались и на Ту-142 Bear F.