Во второй половине 1539 года Ретик написал краткое изложение модели Коперника в форме письма другому своему наставнику, Иоганну Шёнеру (1477–1547). Он назвал его «Первое сообщение» (Narratio Prima) и опубликовал у Петреуса в следующем году.

Вскоре после этого на сцене появляется Андреас Осиандер. Как упоминалось ранее, Осиандер был одним из первых последователей Лютера, а также теологом и математиком-любителем. Кроме того, он дружил с Петреусом, который, возможно, попросил у него совета о том, как лучше опубликовать книгу Коперника. Осиандер написал Копернику, предложив ему добавить предисловие с пояснением, что математические гипотезы — это «не догматы, а основания для вычислений; так что, даже если они неверны, это неважно, коль скоро они точно воспроизводят явления движений». Ретику он дал похожий совет, написав, что «перипатетики и теологи охотно успокоятся, если услышат, что […] настоящие гипотезы выдвигаются не потому, что они в самом деле верны».

В сентябре 1541 года Ретик покинул Фромборк с рукописью в руках. В октябре он вернулся в университет Виттенберга, где стал деканом факультета искусств. Отнюдь не все принимали его с распростертыми объятиями. По слухам, Лютер однажды за обедом сделал следующее замечание: «Что поделаешь, теперь всякий, кто хочет считаться умным, не должен соглашаться с чем-либо, что считают верным другие. Он должен все делать на свой манер. [Включая Лютера?] Именно так поступает тот парень, что решил перевернуть всю астрономию. Даже в этих вещах, что сейчас ставятся с ног на голову, я верю в Священное Писание, ибо Иисус Навин приказал остановиться Солнцу, а не Земле».

Ретик и Гизе предпринимали героические попытки примирить модель Коперника с Книгой Иисуса Навина (ИсНав 10:12–13). Таким же образом они пытались справиться с псалмом 93, в котором говорится о том, что основание Земли всегда неподвижно, и другими библейскими противоречиями. Ретик написал трактат, в котором пытался примирить идеи Коперника со Священным Писанием, однако он так и не был опубликован.

Б мае 1542 года Ретик наконец приехал в Нюрнберг и привез с собой большую часть рукописи. Он передал ее Петреусу, который незамедлительно запустил ее в печать. Ретик занимался вычиткой печатных страниц сразу после их выхода из-под станка. Однако в октябре, когда работа была закончена только наполовину, он покинул Нюрнберг, чтобы занять место профессора высшей математики в университете Лейпцига.

С этого момента и до конца корректурой занимался Осиандер. В ноябре 1542 года у 69-летнего Коперника случился инсульт, и он больше не мог следить за тем, как идет подготовка книги. Через полгода, 24 мая 1543 года, его друг Ежи Доннер вложил в руки парализованному последние страницы книги, только что привезенные из Нюрнберга, а в следующее мгновение увидел, что жизнь покинула его. Работа Николая Коперника была завершена.

Католическая церковь в те времена не считала трактат «О вращении небесных сфер» еретическим. Коперник посвятил его папе Павлу III. Во-первых, работа была узкоспециализированной, так что только человек с глубокими познаниями в математике мог разобраться в ней. Во-вторых, ее не требовалось понимать буквально. Осиандер включил в книгу анонимное предисловие, в котором модель Коперника представлялась просто инструментом для астрономических вычислений, не имеющим никакой философской или богословской подоплеки:

Модель Коперника изображена на рис. 2.1.

Рис. 2.1. Модель Солнечной системы, предложенная Коперником. Система, которую позже защищал Галилео Галилей (1564–1652), в целом выглядит так же, однако он добавил орбиты четырех спутников Юпитера, которые ему удалось разглядеть в свой новый телескоп. Изображение предоставлено Обсерваторией Земли НАСА (NASA's Earth Observatory), это упрощенная версия иллюстрации к книге Николая Коперника «О вращении небесных сфер»

На самом деле книга «О вращении небесных сфер» состоит из шести томов. В ней изложена единая система, в которой планеты расположены в правильном порядке расстояний от Солнца, а их периоды обращения вокруг него, как оказалось, были рассчитаны с поразительной точностью. Однако в модели Коперника орбиты все еще круговые, поэтому ему не удалось обойтись без эпициклов. Как следствие, оригинальная модель была сложнее представленной на рис. 2.1, но тем не менее проще Птолемеевой.

Хотя церковь тотчас не отвергла модель Коперника, как раз в этот период стали набирать силу течения, которые в конечном счете привели к осуждению этой модели в религиозных кругах. В эпоху Реформации между протестантами и католической церковью возник глубокий раскол по вопросам источника религиозного авторитета. Несмотря на то что церковь почитала Библию, последняя не обладала высшим авторитетом в богословских вопросах. Таким авторитетом обладал исключительно папа, так как считалось, что непрерывная цепочка пап восходит к святому Петру, которому Иисус Христос поручил власть над всеми земными делами. Реформатская церковь искала замену авторитету пап, и единственной достойной альтернативой была Библия. Причем это означало, что ее нужно воспринимать буквально, как слово, исходящее от Бога.

Даже в наши дни непогрешимость Библии остается основной догмой многих протестантских сект. Это приводит их последователей к отрицанию таких научных открытий, как эволюция или возраст Земли, в то время как у католиков проблем с этим практически не возникает. Папы считают большинство научных открытий приемлемыми, до тех пор пока те не отрицают Божественное творение и нематериальную природу души. (Остается спорным вопрос о том, верят ли католическая церковь и умеренные христиане в биологическую эволюцию в научном понимании, то есть как проходившую без контроля со стороны Бога.)

Мартин Лютер и другие реформаторы, проповедовавшие, что в Библии заложена буквальная истина, не принимали картину мира Коперника, так как она противоречила Священному Писанию. Однако следует заметить, что Лютер умер всего через три года после публикации трактата «О вращении небесных сфер», задолго до серьезного научного обоснования изложенной там модели. Тем не менее в следующем столетии под натиском реформации римская католическая церковь, движимая иезуитами, признала необходимость занять более консервативную позицию по многим вопросам. Это означало в том числе и отторжение идей Коперника и математического метода вычисления бесконечно малых величин, который в конечном счете привел к появлению математического анализа.