С 4 по 8 мая произошел бой в Коралловом море. Флетчер потерял «Лексингтон» и 2 других корабля, потопив легкий авианосец «Сёхо» и повредив тяжелый авианосец «Сёкаку». Более важным было то, что десантное соединение японцев повернуло назад. Однако авианосец «Йорктаун» был поврежден, и оставалось неясным, как быстро его сумеют отремонтировать на верфях Пирл-Харбора. Это было первое авианосное сражение Второй Мировой войны. Хэлси и Спрюэнс были горько разочарованы, так как могли только наблюдать за этими событиями издалека, находясь на расстоянии 1000 миль от места боя. После боя американские и японские корабли покинули Коралловое море. 15 мая по приказу Нимица Хэлси намеренно дал японцам обнаружить свое соединение. Это вынудило противника отменить высадку на острова Науру и Оушн. На следующий день Хэлси получил приказ возвращаться в Пирл-Харбор. 26 мая завершилось это неудачное плавание Оперативного Соединения 16. Но надвигались более серьезные события.

Поставив свой флагманский корабль в док, Спрюэнс прибыл на борт «Энтерпрайза». Он полагал, что это обычное приглашение его старого друга Хэлси. Но тут он с изумлением узнал, что адмирала нет на борту авианосца. Хэлси заболел тяжелой формой дерматита, усугубленной сильнейшим нервным напряжением, и крайне неохотно подчинился требованиям доктора и лег в госпиталь. Зная о готовящейся операции в районе Мидуэя, он без колебаний рекомендовал Спрюэнса на пост командира Оперативного Соединения 16. В данном случае Спрюэнс был самой подходящей кандидатурой. Он прослужил вместе с Хэлси 8 месяцев, знал соединение и возможности командиров кораблей. Нимиц оставил на «Энтерпрайзе» приказ Спрюэнсу: прибыть в штаб флота.

Расстроенный неспособностью Хэлси командовать в ходе авианосной битвы, которая должна была решить исход войны, Нимиц пересмотрел свое мнение. Что он знает о Рэе Спрюэнсе? Хотя Нимиц никогда не служил вместе со Спрюэнсом, он знал характер адмирала и его репутацию. Нимиц был начальником отдела личного состава, когда Спрюэнс получил адмиральское звание. Он уже доказал свою веру в Спрюэнса, выбрав его своим следующим начальником штаба.

Офицеры считали Спрюэнса очень умным командиром. Он также показал себя хладнокровным и рассудительным человеком как на мостике корабля, так и в стенах военно-морского колледжа. Логичный, спокойный и осмотрительный, Спрюэнс мог действовать решительно, если уже четко сформулировал свое мнение, однако он никогда не позволял эмоциям захлестнуть рассудок. Он не падал духом при неудачах и никогда не повышал голос. Сдержанный и скромный, Спрюэнс не занимался самовосхвалением, предпочитая, чтобы за него говорили его дела. Он доказал свою способность работать вместе со штабными офицерами, выслушивать чужие советы и давать задания. Спрюэнс отличался крепким здоровьем, так как совершал долгие пешие прогулки в любую погоду. Несмотря на крайне серьезное выражение лица, он обладал своеобразным чувством юмора, хотя и немного суховатым.

Нет никаких доказательств того, что Нимиц всерьез рассматривал иные кандидатуры на пост командира Оперативного Соединения 16. Судя по всему, единственным возможным претендентом был контр-адмирал Лейф Нойес, бывший морской летчик. Он только что прибыл из Вашингтона, чтобы стать помощником Хэлси по административным вопросам, но ему не хватало боевого опыта. Спрюэнс принадлежал к «линкорным адмиралам» и служил на линкорах и крейсерах. Летчикам это не нравилось, но в подобном назначении не было ничего удивительного. Из 5 адмиралов, которые командовали авианосными соединениями Тихоокеанского флота после начала войны, трое не были летчиками. Действительно, следующим по старшинству за Хэлси шел Фрэнк Джек Флетчер, который командовал Оперативным Соединением 17 в бою в Коралловом море. Раньше он служил на крейсерах. Спрюэнсу разрешили взять с собой на «Энтерпрайз» лишь одного флаг-лейтенанта. Во всех авиационных делах ему предстояло полагаться на штабных офицеров Хэлси, которых возглавлял начальник авиационного отдела штаба темпераментный капитан 1 ранга Майлс Р. Браунинг.

Во второй половине дня Спрюэнс узнал о своем новом назначении и причинах этого решения командующего. После недолгого пребывания в порту 28 мая Оперативное Соединение 16 снова вышло в море, чтобы защитить Мидуэй от вторжения японцев. Высадку должно было прикрывать крупное соединение, в состав которого входили 4 больших авианосца. Нимиц ожидал нападения в начале июня. Если бы «Йорктаун» удалось отремонтировать к этому времени, Оперативное Соединение 17 Флетчера вышло бы следом за Спрюэнсом. В этом случае Флетчер должен был принять общее командование всеми 3 авианосцами, в противном случае Спрюэнс командовал соединением из 2 авианосцев. Авианосец «Саратога» находился в Сан-Диего на ремонте. Он должен был как можно быстрее прибыть в Пирл-Харбор, но принять участие в битве за Мидуэй никак не успевал. Тихоокеанский флот располагал 7 линкорами, сведенными в Оперативное Соединение 1 (ОС 1), однако Нимиц даже не планировал использовать их для защиты острова. Он был убежден, что старые линкоры слишком тихоходны и слишком уязвимы для атак авиации, и потому отправил их в более безопасные воды Западного Побережья.

Нимиц особо подчеркнул в разговоре со Спрюэнсом необходимость пойти на определенный риск, чтобы нанести противнику как можно более серьезные потери. В то же время не следовало без необходимости рисковать американскими авианосцами. Все это звучало немного странно. Спрюэнсу предлагали прыгнуть в воду, но при этом остаться сухим. Авианосцам должна была помогать базовая авиация Мидуэя. На нее возлагалась обязанность вести дальнюю разведку и атаковать флот противника. Нимиц подчеркнул, что в крайнем случае Мидуэй можно будет отбить обратно, но предпочтительнее удержать остров, не потеряв при этом авианосцы.

Утром 27 мая Спрюэнс участвовал в важном совещании с Нимицем и высшими армейскими командирами. Штаб обсудил данные разведки и пришел к выводу, что операция японцев против Мидуэя и Алеутских островов является неизбежной. Этот вывод был сделан на основе расшифрованных вражеских радиограмм. Нимиц сказал, что полностью доверяет радиоразведке и шифровальщикам. Перед высадкой на Мидуэй японцы планировали провести налет авианосной авиации на Алеутские острова. Шифровальщики сообщили, что «днем N» станет 5 или 6 июня. Именно тогда японское десантное соединение, вышедшее с острова Сайпан, высадит десант на Мидуэй. Имелись признаки того, что вражеское авианосное соединение, в состав которого входили «Акаги», «Кага», «Сорю» и «Хирю», будет действовать в качестве авангарда. Скорее всего, японские авианосцы в день N — 2 проведут несколько воздушных атак Мидуэя, чтобы ослабить оборону. Нимиц задал прямой вопрос начальнику разведки флота капитан-лейтенанту Эдвину Т. Лэйтону относительно намерений японцев. Лэйтон ответил, что, по его мнению, вражеские авианосцы будут обнаружены 4 июня около 7.00 в точке по пеленгу 325º на расстоянии 175 миль от Мидуэя.

Насколько можно было верить столь смелому заявлению, оставалось вопросом. Но попытка японских авианосцев предпринять на рассвете налет на Мидуэй давала американцам реальнейшую возможность нанести внезапный ответный удар. Поэтому Нимиц решил расположить авианосцы в 350 милях северо-восточнее Мидуэя и приказал ждать появления противника. Оставалось надеяться, что Лэйтон не ошибся.