Хотя Сан-Мартин и закрепился в Лиме, испанский флот на Тихом океане все еще представлял значительную угрозу, и 14 июля 1821 года Кокрейн организовал еще один лихой рейд. Он приказал Кросби, капитану своего флагмана «О’Хиггинс», на восьми шлюпках прорвать боновое заграждение, закрывавшее бухту Кальяо. Под огнем береговых батарей Кросби и его люди взяли на абордаж три вражеских судна — «Ресолюсьон», «Сан-Фернандо» и «Минго» — вместе с имевшимися на борту тридцатью четырьмя пушками, сделав ценное пополнение чилийской эскадре. Однако этот триумф был омрачен новостью, огорчившей Кокрейна: 5 мая 1821 года Наполеон, которого он собирался посадить на «престол» Южной Америки, скончался на острове Святой Елены.

18 июля Сан-Мартин объявил о независимости Перу. Холл вспоминает, что «во время встречи, устроенной ему толпой, у него на лице появилось мимолетное выражение нетерпения или недовольства тем, что он оказался героем этого маскарада. Впрочем, он быстро вновь обрел свою привычную обходительность и доброжелательность по отношению к окружающим». Сан-Мартин так определил Холлу пределы своих амбиций: «Единственное мое желание — чтобы эта страна управляла сама, и только сама. А вот какую форму управления она изберет в конечном счете, меня не касается. Я намерен только предоставить народу возможность объявить себя независимым, установив подходящую ему форму правления. И когда это будет сделано, я сочту мою миссию выполненной и удалюсь».

Ему был присвоен титул Защитника Перу; многие издевались по этому поводу, считая, что он тем самым маскирует свои амбиции; в действительности этот титул скрывал отсутствие таковых. Он прошел через мучительные — для него — празднества и балы, даже сам дал один во дворце вице-королей с исполнением tapadas — знаменитых чувственных национальных перуанских танцев. Он присутствовал на бое быков, где был немало смущен стихами, которые в его честь декламировала толпа:

Кокрейн вошел в Лиму 17 июля и тоже был встречен как герой. Его людям было обещано жалованье и щедрое вознаграждение, когда будет достигнута окончательная победа; он поставил себе задачу, чтобы они получили его и чтобы ему самому досталась его доля призовых денег. Сан-Мартин под влиянием своего зловредного помощника Бернардо Монтеагудо, который ненавидел Кокрейна и рассчитывал, что чилийская эскадра отойдет Перу, колебался и уходил от ответа. Все больше одурманенный опиумом и напитками, Сан-Мартин соглашался с ним, к вящей ярости Кокрейна. 4 августа оба лидера крупно повздорили в президентском дворце. Сан-Мартин не верил в Кокрейна, считая его слишком горячим и способным на необдуманные поступки. В свою очередь, Кокрейн считал Сан-Мартина трусом, пристрастившимся к пьянству, и деспотом. Сан-Мартин не был ни тем ни другим, однако у него не имелось денег, к тому же он сознавал, что его политическая власть зависит от войск, одолженных у Чили. Когда он предложил «купить чилийскую эскадру» для Перу в обмен на долги по зарплате морякам, Кокрейн среагировал с таким ехидством, что Сан-Мартин встал и потребовал от него не забывать, что тот разговаривает с Защитником Перу. В ответ Кокрейн заявил: «Теперь настала моя очередь как чилийскому командующему и соответственно представителю страны потребовать выполнения всех обещаний, данных Чили и ее эскадре, но в первую очередь эскадре». Сан-Мартин вне себя от гнева парировал: «Чили! Чили! Я никогда ни реала не заплачу Чили! А что касается вашей эскадры, можете забирать ее и катиться куда угодно. А мне вполне достаточно и пары шхун». Он тут же опомнился, взял себя в руки и попросил Кокрейна: «Мой лорд, забудьте обо всем этом». «Постараюсь, если смогу», — ответил Кокрейн и, резко развернувшись, ушел. Сан-Мартин последовал за ним и предложил ему командование перуанским флотом. Кокрейн назвал это «бесчестным предложением». Взбешенный Сан-Мартин снова отказался заплатить морякам.

У Кокрейна, однако, были свои методы. Корабль с казной Сан-Мартина — «Сакраменто» — только что отплыл из Кальяо в Анкон, следуя вдоль побережья. Убедившись, что экипаж его поддерживает, Кокрейн бросился в погоню за «Сакраменто», взял его на абордаж и забрал приличный груз серебра и семь мешков золота. Реально его добыча составила — в пересчете — около 285 000 долларов. Он расплатился со своими людьми, а 40 000 отдал армии — к чести Кокрейна, следует отметить, что себе он не взял ни гроша. Разъяренный Сан-Мартин приказал ему вернуться в Лиму, но вместо этого он бросился в погоню за испанскими фрегатами «Венганса» и «Пруэба», которые до сих пор постоянно ускользали от него. К январю 1822 года он добрался до Акапулько в Мексике, но так и не нашел их. Ему стало известно, что они укрылись в Гуаякиле, но, прежде чем он смог настичь их, они сдались представителям Сан-Мартина. Обозленный этим и опасаясь ареста и расстрела, Кокрейн предусмотрительно миновал Лиму и на всех парусах направился на юг — в Вальпараисо, где его ожидал восторженный прием. Он всюду твердил о вероломстве Сан-Мартина и его попытке обмануть Чили, захватив ее эскадру. Позднее, когда Сан-Мартин оказался в изгнании, Кокрейн сделал все, чтобы арестовать и посадить его. Сам же О’Хиггинс поддерживал обе стороны. Он писал Кокрейну:

Кокрейн видел, что О’Хиггинс все больше попадает под влияние коррумпированного, склонного к интригам советника Родригеса Альдеа. Кокрейн восхищался О’Хиггинсом, однако так написал о нем:

Он попытался открыто предостеречь О’Хиггинса: «Я хочу представить вашему превосходительству еще одно свидетельство моей привязанности, умоляя вас открыть глаза на всеобщее недовольство как явными, так и тайными действиями министра Родригеса».

Кокрейн оставался в Вальпараисо, пытаясь добиться выплаты всех призовых денег, которые, как он полагал, ему причитались. Затем образовались перспективы новой авантюры: к нему обратились с просьбой оказать помощь в утверждении независимости Бразилии. 18 января 1823 года, вскоре после прибытия в Чили парохода «Восходящая звезда», который Кокрейн заказал еще до отъезда в Южную Америку, он вновь отправился в полное опасностей плавание вокруг мыса Горн, сделав краткое заявление: «Вы знаете, что независимость добывается острием клинка, а также и то, что свобода зиждется на доброй вере и законах чести. И те, кто преступают через них, являются вашими единственными врагами, среди этих имен вы никогда не найдете имени лорда Кокрейна». Это было редкое, несвойственное ему, мудрое и трогательное заявление человека, которого всегда считали лишенным политического чутья.