По прошествии трех дней Барклай-де-Толли, уже несколько времени чувствовавший сильное расстройство в здоровье, от телесных и душевных недугов, просил Князя Кутузова об увольнении в отпуск. «С прискорбием, – говорит он в своем рапорте, – удаляюсь я от храбрых войск, служивших под моим начальством, ибо мое желание было умереть с ними на поле чести, но болезнь моя сделала меня совсем неспособным к исправлению моей должности». Получив отпуск, он отправился в Калугу, прожил несколько времени во Владимире и, минуя Петербург, поздней осенью прибыл в свою деревню в Лифляндии. Дорогой несколько раз доходил до него голос народа, неблагоприятно смотревшего на его военные действия, ибо тогда не постигали, в каком чрезвычайно затруднительном положении находился Барклай-де-Толли и сколь важную, незабвенную услугу оказал он сохранением армии, во время отступления до Царева Займища, преследуемый главными силами Наполеона и не дав ему нигде ни малейшей над собой поверхности. Получа донесение о прибытии его в деревню, Император писал ему: «Я был уверен, что вы весьма охотно останетесь в армии, чтобы вашими подвигами принудить к уважению вас даже ваших недоброжелателей, так, как вы это сделали в Бородине. Я вполне уверен, что вы неминуемо достигли бы этой цели, если бы остались в армии. По дружбе, которую не престану к вам сохранять, Я с беспредельным сожалением узнал о вашем отъезде. Вопреки всех неудовольствий, которые вы встречали, вам должно было оставаться, потому что есть случаи, когда надобно поставить себя выше всего в мире. Я никогда не забуду важных услуг, которые вы оказали Отечеству и Мне, и надеюсь, что вы окажете важнейшие. Хотя нынешние обстоятельства не могут быть благоприятнее для нас, судя по положению, в котором находится неприятель, однако борьба еще не кончена; она представит вам возможность ознаменовать ваши великие дарования, которым вообще начинают отдавать справедливость». Барклай-де-Толли отвечал: «Государь! Вы возвратили спокойствие человеку, самому преданному Вашей священной Особе, человеку, которого сердце было раздираемо при одной мысли, что он лишился благосклонности наилучшего из Царей, Государя любимого и обожаемого. Не могу лучше ответствовать на все милости, которыми Ваше Величество меня осыпаете, как поспешив пасть к стопам Вашим. Надеюсь всей России доказать, что Вы доверенностью Своей почтили не недостойного». Вслед за сим письмом Барклай-де-Толли поехал в Петербург, но уже не застал там Государя. Это было в Декабре. Император отправился тогда в Вильну. В ночь, предшествовавшую отъезду, Его Величество три раза посылал осведомляться, не прибыл ли Барклай-де-Толли. В самый день отъезда его из армии получено известие о смерти Князя Багратиона. Так оба полководца, при открытии похода предводительствовавшие армиями, сошли с поприща. Рана Князя Багратиона сначала не казалась опасной, но стечение неблагоприятных обстоятельств час от часу усиливало болезнь. Беспрестанные переезды с одного места на другое, осенняя погода, тряская дорога, невозможность строго соблюдать советы врачей, застарелые болезни, душевные страдания о России, особенно при известии о падении Москвы, – все вместе истощило жизненные силы Багратиона. Через две недели после Бородинского сражения, 12 Сентября, он скончался в деревне Симах, во Владимирской губернии, унося в могилу соболезнование о нем всей России и неведение о возмездии врагам Отечества.

По отбытии Барклая-де-Толли Князь Кутузов объявил приказом, 21 Сентября, что все его обязанности по армии принимает на себя, пока Государю угодно будет определить Главнокомандующего первой армией. Обширный круг действий Князя Кутузова, которому надлежало распоряжать не одними войсками, находившимися непосредственно под его начальством, но и отдельными армиями и корпусами, ополчениями и губерниями, объявленными в военном положении, побудило его к избранию лично при себе Дежурного Генерала, в руках которого должны были сосредоточиться все военные дела и сношение со всеми войсками, действовавшими в разных концах России. Дежурным Генералом назначен был Коновницын. С кротостью нрава он соединял строгость в службе, с геройской храбростью совершенное знание фронта и хозяйственных частей армейского управления.

Также до прибытия армии в Тарутино, когда она только что вышла на Калужскую дорогу у Красной Пахры, приехал туда Флигель-Адъютант Чернышев, отправленный Государем к Князю Кутузову 30 Августа, с общим планом военных действий для всех армий. То были предположения одного из самых обширных военных предприятий, долженствовавшие привестись в исполнение на пространстве от Волыни до Двины, от Немана до Тарутина.

Начертывая сей план, Государь горел целью воспользоваться вторжением Наполеона в Москву, то есть отдалением его с главной армией от Днепра, чтобы 1) в тылу его сосредоточить большие силы; 2) боковые его корпуса выгнать из России, а именно: Князя Шварценберга и Ренье в Галицию и Варшавское Герцогство, а Макдональда, Сен-Сира и Удино в Пруссию, и 3) Наполеона с главными его силами искоренить до последнего. Князь Кутузов должен был удерживать Наполеона и поражать его с фронта, между тем как войскам, находившимся в губерниях: Витебской, Лифляндской, Волынской и Минской, назначалось стать на операционном пути неприятеля. Для действий их предписывалось два пути: 1) от Севера, через Двину, в губернии Виленскую и Минскую, корпусами Графов Витгенштейна и Штейнгеля; 2) от Юга, в губернии Гродненскую и Минскую, армиями Чичагова и Тормасова. Соединенные войска сих четырех Генералов должны были разбить боковые корпуса, оставленные Наполеоном в своем тылу, двинуться на его сообщения и преградить ему обратный путь из России. Наступление на тыл Наполеона Государь приказывал произвесть следующим образом: Граф Штейнгель, сделав высадку из Финляндии в Ревеле, с 15 000 человек, должен был идти к Риге, соединиться с тамошним гарнизоном и открыть наступательные действия против левого крыла корпуса Макдональда, в направлении на Видзы и Свенцяны. Предполагали, что там встретит он остатки корпуса Сен-Сира, вытесненного из Полоцка Графом Витгенштейном. Сменив Графа Витгенштейна, Граф Штейнгель долженствовал быстро преследовать неприятеля за Вилию и Неман, потом расположиться при Вильне и служить резервом для армий, соединенных на Березине. Граф Витгенштейн, усиленный подкреплениями, высланными к нему из Петербурга и Новгорода, получил повеление перевести большую часть сил на левый берег Двины, выше Полоцка, и с тыла взять сей город, в котором укрепился неприятель.

Вытеснив оттуда Сен-Сира и прогнав его к корпусу Графа Штейнгеля, должен был Граф Витгенштейн обратиться к Докшицам и войти в связь с Чичаговым, которому предписывалось обойти левый фланг Князя Шварценберга, а потом, оставя против него 3-ю Западную армию, следовать с Дунайской через Несвиж к Минску, куда должен был прийти корпус Эртеля из Мозыря. Соединившись с Эртелем, Чичагов имел бы под начальством своим 50-тысячную армию, назначенную к наблюдению вдоль Березины и охранению Борисова и дефилей между сим городом и местечком Бобром, в тылу главной армии Наполеона, где Чичагов должен был подать руку Графу Витгенштейну. 3-й Западной армии надлежало сперва оттеснить Князя Шварценберга и Ренье за Буг, а потом, расположась при Несвиже, быть в готовности поддерживать Чичагова и составить правое крыло соединенных армий.

Главное достоинство операционного плана состояло в том, что армии Чичагова и Тормасова и корпуса Графов Витгенштейна и Штейнгеля переставали действовать отдельно и получали одно общее, совокупное, сосредоточенное направление. Каждое из сих четырех отделений войск должно было поспевать к назначенным местам в урочное время, определенное в плане. Но как движения зависели от препятствий, какие могли встретить войска со стороны неприятеля, чего заранее никак нельзя было предусмотреть и отвратить, то в плане произошли изменения; однако они не совсем воспрепятствовали сближению отдельных войск в тылу неприятеля на Уле и Березине, для постановления ему преграды, когда он отступал из России. Если предначертания Государя не могли быть выполнены во всей точности, то, по крайней мере, приведена в действие основная мысль Императора, то есть: на Березине встретили Наполеона значительные силы наши, которые хотя и не заградили ему совершенно отступление, однако способствовали к нанесению жестоких ударов. Император предвидел, что будут препятствия в исполнении плана, а потому писал Чичагову: «Не требую, чтобы все делалось буквально; это только очерк; ваша прозорливость укажет вам, как поступить». Желая не раздроблять начальства над войсками и тем сохранить более единства в мысли, воле и действиях, Государю угодно было подчинить армии Дунайскую и 3-ю Западную одному главнокомандующему, для чего назначен Адмирал Чичагов, «по решимости его характера». Тормасова приказал Государь Князю Кутузову отозвать к себе и поручить ему начальство над 2-й армией, вместо Князя Багратиона, ибо в то время, когда Император отправлял к Фельдмаршалу Свое повеление, Его Величеству еще не было известно, что Князь Кутузов соединил уже обе 1-е армии в один состав.