Неразборчивость в средствах на пути к трону, жестокость и вероломство по отношению к своему юному соправителю навсегда запятнали репутацию Михаила Палеолога. И все же, получив верховную власть, он оказался справедливым и сильным монархом, требовательным к себе и великодушным к своим недругам, и прежде всего — преданным империи. Латиняне вскоре поняли, что в его лице столкнулись с непримиримым врагом, а Михаил Эпирский был сильно обеспокоен. Первым делом деспот Эпирский вторгся в Македонию, где был хорошо принят греческим населением, которое, казалось, предпочитало эпирское правление никейскому. Затем, боясь, что Михаил Палеолог нанесет ответный удар, он призвал на помощь своих зятьев. Михаил Палеолог не хотел ввязываться в столь трудную затею вскоре после своего сомнительного с моральной точки зрения восшествия на престол. Он знал, что не сможет достичь мира с Михаилом Эпирским, но попробовал лишить его союзников. В Ахейю был отправлен посол, уполномоченный в случае необходимости предложить князю небольшие территориальные уступки, но Гильом, рассчитывавший получить больше земель с помощью войны, ответил посольству оскорблениями. К Манфреду император отправил одного из своих самых доверенных посланников, Никифора Алиатта. Манфреду напомнили о давнем союзе его отца с Никеей и предложили вернуть ему его сестру, вдовствующую императрицу. Однако Манфред, который также надеялся извлечь большую выгоду из войны, просто заключил посла в тюрьму, где тот провел два года. Одновременно император Никеи написал Папе, намекая, что будет работать над объединением христианских церквей, если Рим остановит войну. Папа Александр, пребывавший в замешательстве, не ответил ему.50 Неудача, которую император Михаил потерпел в попытке расстроить союз своих врагов, не повергла его в чрезмерное отчаяние. Когда латинский император Балдуин, который не без причины был обеспокоен амбициями Гильома Ахейского и, возможно, считал Михаила опаснее, чем тот был на самом деле, написал в Никею с предложением мира в обмен на территориальные уступки, его посла встретили насмешками. Тем временем брат Михаила, севастократор Иоанн Палеолог, был отправлен на запад с такой большой армией, какую только ему могли выделить. Она состояла не только из греческого ополчения, но также из славянских и турецких верховых наемников и, возможно, нескольких наемных рыцарей с запада. Весной 1259 г. армия севастократора быстро пересекла Македонию. Она догнала военные силы деспота Эпирского возле Кастории и разбила их. Деспот Михаил, застигнутый врасплох, отступил в Эпир в ожидании своих союзников, а севастократор занял Охрид и близлежащие крепости.

Союзники поспешили на помощь деспоту. Из Италии Манфред прислал четыреста отлично вооруженных всадников, набранных из германских войск, вместе с каким-то количеством сицилийских пехотинцев. Они высадились в Авлоне и присоединились к эпирской армии в Арте. Гильом Ахейский собрал гораздо большую армию, объявив феодальный призыв во всем своем княжестве. Он лично возглавил армию, переправился через Коринфский залив, высадился в Навпактосе и присоединился к своим союзникам на пути в Арту. Объединенная армия двинулась в Талассин, район Фессалии, где жили валахи. Там к деспоту присоединился его внебрачный сын Иоанн, женатый на дочери вождя валахов, и привел с собой всех валахских воинов, кого смог собрать. К Гильому на помощь пришли отряды различных франкских сеньоров из Северной Греции и войска из Афинского герцогства, которое он подчинил за год до описываемых событий. Затем союзники повернули на север, уверенные в победе. Они уже начали понимать, что вскоре будут оспаривать друг у друга завоеванные земли, но в обстановке взаимной доброжелательности решили бросить жребий.

Враждующие армии встретились на равнине Пелагонии, у деревни Ворилла Лонгос, неподалеку от города Монастир. Через эту равнину проходила Виз Игнатия, большая дорога из Константинополя и Фессалоники в Дураццо; Иоанн Палеолог ждал там, чтобы иметь возможность связаться и со своим братом, императором, и с востоком. Он получил указания избежать прямого столкновения с вражеской армией, которая численностью превосходила его войско, и попытаться дипломатическими средствами расстроить союз. Ему это удалось. Что произошло на самом деле, остается неясным, разные хроники дают разные версии. По какой-то причине, когда битва была уже неизбежной, возникла ссора между эпирскими войсками и армией Гильома Ахейского. У Палеолога, несомненно, были шпионы в эпирском лагере, готовые воспользоваться любой ссорой в неприятельской армии. Если верить слухам, незаконный сын деспота Иоанн был недоволен ухаживаниями одного из ахейских сеньоров за его прекрасной валахской супругой и не получил никаких извинений от князя Гильома. Эпирцы и так уже нервничали из-за амбиций Гильома, и разъяренный незаконный сын деспота без труда убедил своего отца и брата порвать с латинцами. Похоже, что Иоанн Палеолог подкупил эпирских военачальников и, возможно, отправил послание с обещанием не преследовать эпирцев, если те отступят. Кроме того, в стычках, которые уже случались, франкская конница сильно проигрывала по сравнению с легковооруженными никейскими всадниками. За ночь деспот с семьей и теми войсками, которые мог собрать, выскользнул из союзного лагеря и бежал в сторону Эпира, а когда рассвело, остатки эпирской армии разбежались. Воины Гильома и Манфреда, проснувшись, обнаружили, что греческие союзники исчезли. Иоанн Палеолог напал прежде, чем ахейцы и сицилийцы успели подготовиться к бою. Не попытавшись оказать сопротивление, они стремительно бежали с поля битвы. Многие из них были убиты, но намного больше — попали в плен, в том числе — большинство франкских сеньоров. Сам Гильом был найден несколькими днями позже, когда прятался в стогу сена. Он был переодет, но его узнали по необычайно выступающим зубам.51

Битва в Пелагонии была решающим событием в истории Ближнего Востока. Она сделала неотвратимым отвоевание Константинополя византийцами и гибель Латинской империи, показав при этом, что победителем будет император Никеи, а не деспот Эпира. И она положила начало возвращению Греции византийцам. Латинский император Балдуин, хотя и относился к князю Гильому почти с таким же подозрением, как и к Палеологу, понимал, что теперь император Михаил представляет для него значительно большую опасность. Балдуин тут же сделал отчаянную попытку обратиться за помощью к Папе и вскоре решил, что наиболее вероятный его светский покровитель — король Манфред. Но Папа и Манфред были слишком заняты своими ссорами друг с другом. Ни один из них не ответил на его просьбу. Лучшее, что Балдуин мог сделать после того, как Михаилу едва не удалось убедить франкского предателя открыть городские ворота, было заключение годового перемирия с Никеей в августе 1260 г., перемирия, которое каждая из сторон готова была нарушить при первом удобном случае. В начале 1261 г. император Михаил заключил договор с генуэзцами в Нимфее, дающий им привилегии на всех землях его империи, если они помогут ему отвоевать Константинополь. Венеция была главной опорой Латинской империи, венецианцы и генуэзцы недавно славно повоевали друг с другом в сирийских водах, и победу одержали генуэзцы. А потому Генуя была готова прислушаться к уговорам византийского императора. В июле 1261 г. Михаил послал одного из своих военачальников, Алексея Стратегопула, с небольшой армией уладить спорные вопросы на болгарской границе и велел ему, проезжая Фракию, устроить демонстрацию сил у стен Константинополя. Когда Стратегопул приблизился к городу, его встретил глава живших в предместьях сельских жителей, известных как «добровольцы», поскольку они по собственному желанию служили то греческому, то латинскому императорам. Этот человек рассказал Стратегопулу, что большая часть латинского гарнизона отправилась вместе с большей частью венецианских кораблей на захват греческого острова в Черном море под названием Дафнузия, расположенного в сотне миль от города. Он предложил провести никейские войска в город через найденный им подземный ход. В ночь на 24 июля несколько отборных бойцов прокрались внутрь, сопровождаемые «добровольцами». Они одолели дозорных на стенах и открыли ворота перед армией, ждавшей снаружи. Ранним утром 25-го Алексей Стратегопул въехал в город по улицам, полным греков, славящих императора Михаила. Латинский император