Во время студенчества Пирогова материальное положение семьи пришло окончательно в упадок. В конце первого года обучения (1 мая 1825 года) отец Пирогова внезапно умер. Уже через месяц после смерти отца семья, состоявшая к этому времени из матери, двух сестер и студента Николая, должна была предоставить дом и все, что в нем находилось, казне и частным кредиторам. Выброшенная буквально на улицу, семья неожиданно обрела поддержку в лице троюродного брата отца Андрея Филимоновича Назарьева. Он был заседателем какого-то московского суда и жил с многочисленным семейством своим в маленьком собственном домике, в котором Пироговым уступили мезонин с тремя комнатами и чердаком.

Получается, что юного Фауста спасло российское православие, обычная сердобольность, столь распространенная среди простых людей. Не будь этого троюродного дяди, живущего по христианским законам, и, наверняка, человека воцерковленного, и не было бы у нашей медицины одного из славных представителей ее. Пирогов писал о своем троюродном дяде: «Это была добрейшая душа. Он поил иногда меня чаем в ближайшем трактире, когда я заходил в суд у Иверских ворот, отвозил меня иногда на извозчике из университета домой и однажды – этого я никогда не забывал, – заметив у меня отставшую подошву, купил мне сапоги».

В доме дяди Пироговы прожили год, а потом наняли квартиру и держали жильцов. Мать и сестры, кроме того, занимались мелкими работами, одна из сестер поступила в надзирательницы в какое-то благотворительное детское заведение. Уроки давать Пирогов не мог, потому что одна ходьба в университет и обратно занимала четыре часа времени (вспомним и об отставшей подметке, и о новых сапогах – по тем временам подарок немалый и очень важный для Пирогова). К тому же и мать была против того, чтобы он работал на себя, и слышать не хотела, чтобы ее сын сделался стипендиатом, или казеннокоштным, считая это чем-то унизительным. «Ты будешь, – говорила она, – чужой хлеб заедать; пока хоть какая-нибудь есть возможность, живи на нашем». Вот оно коллективное христианское сознание! Это чувство коллективизма, как одно из составляющих в научном сознании русских ученых, видно, также закладывалось в душе Пирогова с ранних лет. Ему надо было получить профессию, потому что ради этого три женщины готовы были жертвовать собой. Пирогов изучал, может быть, самое далекое от православной этики ремесло, хирургию, чтобы оправдать надежды трех верующих простых русских женщин.

Впрочем, расходы на университет были тогда невелики: платы за слушание лекций не полагалось, мундиров не существовало. Когда позднее ввели мундиры, сестры сшили Пирогову из старого фрака какую-то мундирную куртку с красным воротником, и Пирогов, чтобы не обнаружить несоблюдения формы, сидел на лекциях в шинели, выставляя на вид только светлые пуговицы и красный воротник. Помогал обедневшей семье и крестный отец Пирогова, московский именитый гражданин Семен Андреевич Лукутин.

Так перебивалась семья с хлеба на воду, и благодаря самоотверженности матери и обеих сестер будущему светилу русской медицины удалось пройти университетский курс до конца. «Как я или лучше мы, – писал Пирогов впоследствии, – пронищенствовали в Москве, во время моего студенчества, это для меня осталось загадкой».

Сложившаяся на медицинском факультете Московского университета комическая ситуация уже никого не могла удовлетворить, и у академика Паррота возникла идея так называемого профессорского института. Необходимо было во что бы то ни стало и как можно скорее обновить состав профессоров университета. Эпоха учебы на платках и профессоров-комиков приближалась к закату. Из всех университетов России один только Дерптский по части медицины стоял в то время на подобающей научной высоте. Поэтому Паррот, бывший раньше профессором физики в Дерптском университете, и выработал проект, чтобы окончивших курс из разных университетов отправляли именно в Дерпт на два года. После двух лет стажировки молодые люди посылались за границу и по возвращении оттуда назначались профессорами. Всех кандидатов отправили за казенный счет в Петербург, где они подверглись контрольному испытанию в Академии наук. Если же экзамен проваливался, то с совета соответствующего университета взыскивали деньги, издержанные на отправление кандидатов в Петербург.

В конце 1822 года последовало высочайшее повеление об учреждении при Дерптском университете института «из двадцати природных россиян», предназначенных для замещения со временем профессорских кафедр в четырех русских университетах.

Как только Московский университет получил предписание министра о выборе кандидатов в профессорский институт, Е.О. Мухин вновь вспомнил о Пирогове и предложил ему ехать в Дерпт. Пирогов тотчас согласился и выбрал своею специальностью хирургию. Столь быстрое решение обусловливалось тем, что его тяготило семейное положение. Ему совсем не хотелось по-прежнему оставаться на иждивении своих близких. Окончание же курса не сулило никакого обеспеченного положения из-за отсутствия связей и средств. Относительно же выбора специальности, то здесь особых альтернатив не представлялось: либо анатомия, либо хирургия. Пирогов писал: «А почему не самую анатомию? А вот, поди, узнай у самого себя – почему? Наверняка не знаю, но мне сдается, что где-то издалека, какой-то внутренний голос подсказал тут хирургию. Кроме анатомии есть еще и жизнь, и, выбрав хирургию, будешь иметь дело не с одним трупом».

И вновь мы сталкиваемся все с той же дилеммой всей жизни великого хирурга: жизнь и смерть. В России с ее колоссальной смертностью иного для врача и быть не могло. Но, как мы увидим в дальнейшем, жизни Пирогов будет служить через смерть. На его счету окажется несколько десятков тысяч вскрытий. Для составления лишь одного анатомического атласа хирург заморозит, а затем специальной пилой распилит, как дерево, 12 000 трупов. И это далеко не полный перечень подвигов великого естествоиспытателя. Даже такие столицы мира, как Берлин и Париж, будут для Пирогова интересны, прежде всего, своими бойнями и мертвецкими. Ученый родился в определенную эпоху, когда очень модной была доктрина так называемого социального дарвинизма, когда научный позитивизм лишь укреплял свои позиции. Суть же позитивизма заключается в отборе и систематизации научных знаний. Ученым XIX века казалось, что истина вполне достижима, достаточно лишь приложить немного усилий, и полная картина мира, или полная картина человеческих болезней предстанет перед всеми как на ладони. Скорее всего, смерть Пирогов рассматривал как своеобразный вызов, брошенный самой природой лично ему. Понять строение человеческого тела, понять на принципиальном уровне устройство человеческого организма – это все равно, что найти ответ на самый главный вопрос: что такое смерть и что такое жизнь? Ученый явно стремился к власти, но к власти не политической, а власти знания. Известно, что Пирогов в быту был необычайно деспотичным человеком. Он не терпел никаких возражений, запрещал своей первой жене Екатерине Дмитриевне Березиной читать романы, выезжать на балы и в театр, общаться с подругами. После ее смерти, он несколько раз пытался вновь жениться, причем сразу же предупреждал невест, что женится исключительно по расчету. Когда же знаменитому вдовцу было уже за сорок, то знакомые порекомендовали ему обратить внимание на страстно влюбленную в него двадцатидвухлетнюю баронессу Александру Антоновну Бистром. Пирогов сделал предложение. Решили сыграть незаметную свадьбу в имении родителей невесты. Жених неожиданно попросил невесту подобрать к его приезду увечных бедняков: ему надо было кого-то непрерывно резать. Практическая хирургия, наверное, облегчала ему роль влюбленного. Пироговым еще в раннюю пору жизни явно завладела страсть, которая была намного сильнее любви – так называемая «воля к истине».