Основной закон православной церкви был выработан, если не обстоятельно, то в основных вопросах, в IV и V веках, но небольшие изменения вносились на протяжении всей византийской истории. Решение использовать юлианский календарь, придуманный на закате Римской империи, начинать религиозный год одновременно с мирским 1 сентября и считать годы от предположительной даты сотворения мира, которое произошло за 5 тысяч лет до того, принималось церковью, а не императором. Также церковь отвечала за разделение территории на провинции, власть в которых передавалась митрополитам. Назначалось пять патриархов. Трое находились в древнейших городах империи: Риме, Антиохии и Александрии. Двое — в новых городах — Константинополе и Иерусалиме. Рим, как старейшая столица, имел превосходство над остальными. Константинополь, как новая столица, считался вторым, но в своем положении «нового Рима» часто выполнял обязанности, ранее возлагавшиеся на «старый» Рим, и к нему перешли привилегии и почести последнего.

Когда в VII веке Александрия и Антиохия были захвачены арабами и включены в состав мусульманской империи, эта потеря весьма содействовала возвеличиванию патриарха Константинопольского.

Его положение также было немало усилено в 732 году решением Льва III передать Южную Италию, Грецию и Иллирию из-под контроля Рима под контроль Константинополя. Эта перемена вызвала возмущение папы. Неприязнь между лидерами двух церквей росла в результате иконоборческих противоречий. Вражда достигла апогея в конце VIII столетия, когда Карл Великий воспользовался размолвкой и заставил папу короновать его императором Запада. Этот шаг очень разозлил императора Византии, поскольку не только наносил оскорбление его достоинству, но и бросал вызов претензиям православной церкви на то, чтобы ее признали верховной властью. Отношения между ними все ухудшались и были окончательно испорчены в 1054 году, когда взбешенный папский легат, кардинал Гумберт, бросил буллу об анафеме на серебряный алтарь собора Святой Софии и в гневе удалился. Мануил I (1143–1180) пытался, правда безуспешно, провести примирение, что привело к последней размолвке между православием на Востоке и католичеством. Эта рана по-прежнему остается неизлеченной.

В 1204 году, накануне латинской оккупации Константинополя, император захотел улучшить отношения с западным христианским миром попыткой объединения с Римской церковью. Этот шаг был встречен крайне враждебно патриархом Константинопольским, который пользовался поддержкой византийского духовенства и народа. Латинское завоевание столицы только разожгло злость православной церкви. Тем не менее император постарался все уладить на соборе, созванном во Флоренции в 1439 году, когда он пытался добиться военной помощи от западного мира для отражения, как никогда, серьезной угрозы нападения турок-османов. Хотя совет размышлял до 1443 года, помощи не последовало. Православная церковь до сих пор вменяет в вину Европе, что та не пожелала сразиться с исламом. В те времена это вызвало такое негодование по всей Византии, что, когда победивший султан посоветовал Геннадию (которого назначил патриархом завоеванного Константинополя) объединиться с Римской церковью, греческий прелат решительно отказался даже рассматривать такую возможность.

В византийские времена патриарх Константинопольский жил в роскоши. Он располагал жильем в соборе Святой Софии и в примыкающих зданиях, обладал личным дворцом. В его привычках было завтракать в одном из этих жилищ после утренней службы в соборе. Он часто принимал там императора. Кроме того, патриарх владел несколькими кабинетами и залами для заседаний, в которых вместе с собранием священников, известным как Священный синод, занимался делами церкви. Только епископы константинопольские имели право служить на нем, но когда церковные владения были поделены на провинции, названные митрополиями и управляемые митрополитами, а те — на епархии, порученные заботам епископов, и митрополиты, и автокефальные (то есть автономные) епископы призывались на такие собрания.

Митрополитов назначал патриарх, который выбирал их из трех кандидатов, предложенных Священным синодом. Митрополиты назначали своих епископов аналогичным образом, выбирая их из списка из трех имен, составленного местным синодом. Однако некоторых епископов назначал сам император, и они, соответственно, не подчинялись своему митрополиту. Такие автокефальные епископы имели большое влияние в Священном синоде.

Чтобы получить право быть избранным епископом, священнику должно было исполниться 35 лет, ему надлежало знать Псалтырь наизусть. Кроме того, требовалось хорошее образование. Сначала женатый мужчина мог претендовать на высокий пост при условии, что его жена покинула его, удалилась в монастырь и стала монахиней, но вскоре только монахи стали считаться подходящими на должность епископа, митрополита или — превыше всех — патриарха. Разделение на черное духовенство (то есть тех, кто принес обет) и белое, или приходское, духовенство (представителям которого позволяется жениться) до сих пор сохранилось в православных общинах по всему миру.

Если сердце империи находилось в Большом дворце, в стенах которого жили император, его семейство и находились некоторые из самых священных религиозных реликвий государства (как, например, посох Моисея), то собор Святой Софии можно назвать ее артериями и кровью. Немногие бедняки могли хотя бы изредка молиться Богу в соборе, а проникнуть в дворцовый комплекс и вовсе никому было нельзя. Император и патриарх старались сделать веру, на которой, собственно, строилось само существование Византии, более осязаемой и живой, и собор им в этом очень помогал. И дело было не только в невиданном великолепии интерьера здания, хотя его огромный купол походил на небеса, а убранство и росписи воспроизводили почти божественное величие, и не в красоте литургии, которую служили священники в роскошных ризах. Большее значение имели реликвии, собранные там за долгие годы, даже невзирая на то, что самые священные из них — риза и пояс Богородицы — по приказу Юстиниана были перенесены из церкви Святых Петра и Павла в церковь Святой Марии Влахернской. Латиняне, захватив Константинополь, без колебаний присвоили большинство сокровищ собора Святой Софии, в том числе платье и пояс Девы Марии, хотя пояс считался «палладием», то есть залогом безопасности, который защищал город, подобно тому как деревянная статуя Афины Паллады стояла на страже древней Трои. Когда Константинополю угрожала опасность, обе реликвии проносили вокруг его стен. Византийцы не простили латинянам этой кражи, так же как и кражи некоторых рак. Самые ценные из них были изготовлены в виде миниатюрных церквей. Еще одним сокровищем собора были несколько чудотворных икон. Вероятно, самой чтимой из них была икона Спас Нерукотворный, «Иисус, изображенный не рукой человеческой» из легенды Авгари, которую захватил император Роман Лакапин в Эдессе в 944 году и с победой вернул в столицу. Огромная толпа горожан выстроилась вдоль Месы, чтобы наблюдать за ее ритуальным входом в Константинополь. Многие молящиеся изливали душу перед этой иконой, когда ее поместили на почетном месте в соборе Святой Софии. Как мать всех православных церквей, собор также открывал объятия святым более молодых православных государств. Так, например, для паломников из Руси здесь была икона святых братьев Бориса и Глеба.