После Переяславской Рады царь удовлетворил практически все поступившие к нему просьбы. Казачество было сохранено, а его реестр расширился до шестидесяти тысяч человек; города сохраняли Магдебургское право; духовенству и шляхте были подтверждены права на все бывшие под их властью имения; налоги, собираемые в Малороссии, оставались в ведении гетмана.

Переход Малороссии в 1654 году под «высокую руку» царя имел решающее значение для хода освободительной войны. С таким мощным союзником малороссам уже не угрожала полная или частичная реставрация польской власти. Зато на место противоречиям между польской шляхтой и абсолютным большинством народа пришли другие — между низшими слоями общества и новой казачьей элитой. Эту новую элиту, которая пришла на место польско-шляхетской, составили сам гетман и верные ему казацкие старшины. Сначала старшина требовала «послушенства» (выполнения натуральных повинностей) по отношению к православным монастырям от их бывших посполитых (крепостных). Затем начали предъявляться требования «послушенства» по отношению к старшине, но не персонально, а «на ранг», то есть население должно было выполнять известные повинности по отношению к полковникам, сотникам, есаулам (пока они занимали эти должности, которые были выборными). Провести строгую грань между «послушенством на ранг» и «послушенством» чисто персональным было не легко, и на этой почве сразу же начались злоупотребления. Сохранилось немало жалоб на то, что отдельные старшины «послушенство на ранг» превращают в «послушенство» персональное.

Богдан предпринял немало усилий, чтобы сделать своих военачальников крупными землевладельцами. При этом Хмельницкий не забыл, естественно, и про себя. Присоединив к своему хутору Субботову владения польских магнатов Потоцких и Конецпольских, гетман стал одним из самых богатых людей своего времени. Быстро ощутив себя настоящими хозяевами положения, казацкая старшина начала терзать казацкие низы и крестьян различными поборами, что не могло не привести к очередному росту оппозиционных настроений, которые особенно усилились в конце 1656 — начале 1657 г. Центром антигетманской оппозиции стала тогда Запорожская Сечь. Мятежные запорожцы собирались организовать поход «на Чигирин, на гетмана, на писаря, на полковников и на всякую другую старшину…» Однако весной 1657 года войска Хмельницкого подавили и это восстание, казнив всех его руководителей. Это была последняя карательная акция гетмана Богдана Хмельницкого, так как через три месяца он скончался.

До 1648 года казачество было явлением посторонним для Малороссии. Казаки жили в «диком поле» на окраине, вся же остальная часть земель управлялась польской администрацией. После ее изгнания казаки воспользовались ситуацией, и их система управления была перенесена на огромные территории, занятые восставшими. Поскольку повстанческая армия создавалась по казачьим образцам и управлялась казаками, то казачьи полковники управляли и всеми людьми на территории, которую занимали их отряды. Пока существовала возможность того, что Малороссия останется под властью Польши, гетман и старшина рассматривали свою власть над ней как временное явление. Зборовский и Белоцерковский договоры не оставляли места ни для какой гетманской власти на Малороссии после ее замирения и возвращения под руку короля. Казачество, по этим договорам, увеличивалось в числе, получало больше прав и материальных средств, но по-прежнему считалось лишь особым видом войска польского. Гетман — его предводитель, но никак не правитель территорий. Это положение сохранялось и после перехода под власть Москвы. Считалось само собой разумеющимся, что московские воеводы должны были занять место польских. Но царь так и не послал достаточного числа своих чиновников в Малороссию, де-факто доверив создание местной администрации Хмельницкому. Казаки стали управлять и собирать налоги. В результате, когда в 1657 году московское правительство послало воевод в крупнейшие города Малороссии, Иван Выговский, сменивший Хмельницкого на посту гетмана, стал решительно противодействовать введению царской администрации. Зато мещане и крестьяне многократно просили заменить казачью администрацию царской. Если бы Московское правительство лучше разбиралось в ситуации, то оно бы могло вообще игнорировать гетмана и старшину, опираясь исключительно на народные массы. Но Москва не проявила решительности, и русская администрация, так и не укоренившись на новых землях, была форменным образом вытеснена оттуда. Русские войска получили указ стать гарнизонами для защиты края от поляков и татар, но никоим образом не вмешиваться в дела Малороссии.

Вскоре Выговский пошел на открытую измену. Причины были сугубо материальные. Как мы помним, все налоги, собранные в Малороссии, оставлялись гетману, чтобы он из этих сумм содержал казачество и возрождал край, разоренный войной. Однако это решение было утаено старшиной от казачества, и четыре года практически все деньги оседали в гетманской сокровищнице. Казакам же объявлялось, что Москва жалование не присылает. И вдруг воевода В. Б. Шереметев по всем городам велел объявить о том, куда идут деньги. Практически сразу Выговский начал подготовку к мятежу. Не доверяя казакам, он создал отряды наемных войск из немцев, а кроме того, вступил в тайные переговоры с татарами и Польшей.

Его приготовления не остались незамеченными сторонниками воссоединения с Россией. Полтавский полковник Мартын Пушкарь и запорожский кошевой атаман Барабаш неоднократно доносили в Москву о подозрительных действиях Выговского, но Москва не предприняла никаких мер и по-прежнему верила в лояльность Выговского. Летом 1568 года Выговский, имея уже твердое обещание помощи от Польши и татар, двинулся на Полтаву. При помощи наемников (немцев и татар) ему удалось разбить отряд Пушкаря и пришедших к нему на помощь запорожцев. В награду за помощь Выговский дал татарам разрешение увести в рабство население нескольких городов.

Расправа над Пушкарем была в то же время открытым разрывом с Россией и началом активных действий Выговского против Москвы. В Варшаву для переговоров о возвращении Малороссии под власть польского короля он послал Павла Тетерю, а своему брату с крупным отрядом поручил захватить Киев и изгнать оттуда московский гарнизон. Под Киевом ждал полный конфуз: русские ратники и верные казаки разгромили изменников. На помощь брату бросился сам Выговский, но был взят воеводой Шереметевым в плен. Гетман второй раз присягнул на верность России, обязуясь не воевать больше с царскими войсками, распустить свою армию и отправить татар в Крым. С сообщением о своей повинной Выговский отправил в Москву белоцерковского полковника Ивана Кравченко. Шереметев поверил лживым словам и отпустил Выговского с миром.

Если в открытом бою Выговскому не повезло, то переговоры с Польшей пошли гладко, и уже в сентябре 1658 г. был заключен так называемый «Гадячский договор», по которому Малороссия возвращалась в состав Польши под именем «Русское княжество», состоящее из воеводств: Брацлавского, Киевского и Черниговского. Численность войска «Русского княжества» определялась в 30 тысяч казаков и 10 тысяч наемного войска. Социальный порядок в основном восстанавливался такой же, как был до восстания 1648 года. Польские помещики получали обратно свои имения и крепостных; католики и униаты — свои права. Выговский и его окружение получили жалованные грамоты от короля на большие имения и крепостных.