В 1611 г. новым центром освободительного движения стал Нижний Новгород. Посадский человек Кузьма Минин, избранный земским старостой, возглавил организацию Второго земского ополчения. Гонец нижегородцев ездил в Москву к патриарху Гермогену. Глава церкви был низложен поляками и семибоярщиной. Тем не менее гонец смог повидаться с ним и привез грамоту от него. Гермоген благословил земских людей на борьбу за освобождение Московского царства, а также предостерег против признания самозванцев.

Добровольных пожертвований оказалось недостаточно, и Минин провел через Земскую избу постановление о сборе пятой деньги со всех доходов и имуществ горожан. Нижегородцы предложили возглавить войско князю Дмитрию Пожарскому, отличившемуся в дни восстания в Москве в марте 1611 г.

Военное положение в Подмосковье резко ухудшилось. Но Пожарский не мог идти к столице, так как это неизбежно привело бы к вооруженному столкновению между двумя ополчениями. В марте 1612 г. на круге казаки признали царем Лжедмитрия III. Земское ополчение начало распадаться. Опасаясь за свою жизнь, дворяне стали покидать таборы.

С весны в России образовалось два земских правительства. Одно оставалось в Подмосковье, другое сделало своей столицей Ярославль. В течение четырех месяцев «выборный всею землею человек» Кузьма Минин заново организовал управление обширной территорией, отказавшейся признать власть Лжедмитрия III. Отряды Заруцкого были изгнаны с этих земель. Многие дворяне и казаки перешли под знамена Пожарского.

Очень скоро Заруцкий убедился в непопулярности Лжедмитрия III. Будучи любовником Марины Мнишек, он стал готовить почву для передачи трона ее сыну — «воренку» Ивану. Бывшие тушинцы вскоре убедились, что города не поддержат новой самозванческой интриги. В Псков выехало казачье посольство с приказом арестовать Лжедмитрия III.

Самозванец пытался бежать, но был пойман и в оковах увезен в таборы.

Тщетно вожди казаков пытались заключить союз с Пожарским. «Совет земли» в Ярославле категорически отказался вести какие бы то ни было переговоры с Заруцким. Атаман подослал людей, чтобы убить Пожарского. Покушение не удалось, а Заруцкому пришлось бежать из таборов.

Сигизмунд III направил к Москве гетмана Ходкевича с войском. Однако его наступление запоздало. Упредив поляков, Второе ополчение успело занять оборонительные позиции в западных кварталах столицы.

Древняя царская сокровищница была разграблена семибоярщиной и поляками. Не только деньги, но и драгоценности, царские регалии были отданы наемникам в счет их содержания. Александр Гонсевский бежал из сожженного и разграбленного им города. Польский гарнизон Кремля понес огромные потери в боях. В осажденной крепости кончились припасы. Много солдат умерло от голода.

22 августа 1612 г. Ходкевич всеми силами атаковал позиции Пожарского на Арбате. Атака была поддержана вылазкой гарнизона из Кремля. Ополченцам удалось отразить неприятеля. В бою приняли участие несколько казачьих сотен, вступивших без приказа Трубецкого. 24 августа поляки пытались прорваться в Кремль со стороны Замоскворечья. Они отбросили конницу Пожарского и казаков Трубецкого, заняли казачий острожек на Ордынке. Считая сражение выигранным, Ходкевич начал переправлять продовольственный обоз в Кремль. Однако казаки вернули острожек. Одновременно Кузьма Минин получил от Пожарского несколько дворянских сотен и атаковал неприятеля с фланга. Армия Ходкевича понесла большие потери и принуждена была отступить, бросив обозы.

Голод в Кремле усилился. Семибоярщина вынуждена была начать мирные переговоры с Пожарским. Бояре тянули время, надеясь на подход королевской армии. 22 октября казаки без приказа воевод бросились на штурм и заняли Китай-город. Лишь после этого гарнизон 26 октября открыл ворота и сдал Кремль.

Одержав победу в гражданской войне, земское ополчение получило возможность распорядиться троном. Но избрание царя не имело законной силы без участия высшего органа государства — Боярской думы. Между тем правительство и дума были связаны присягой царю Владиславу и до последнего дня находились в осаде в Кремле вместе с поляками.

Земское ополчение ничего не предприняло для того, чтобы взять под стражу «царицу» Марину и ее сына «царевича» Ивана. Казаки препроводили Марину вместе с ее двором из Калуги в Коломну. Государыня пользовалась покровительством Заруцкого, два года руководившего осадой польского гарнизона в Кремле.

Приближение Второго земского ополчения побудило Заруцкого поднять мятеж и покинуть осадный лагерь. Вместе с ним в Коломну бежали от двух до трех тысяч казаков.

«Боярина» обуревали честолюбивые замыслы. По словам летописца, Заруцкий постриг в монахини свою жену-простолюдинку, а сына своего заблаговременно отправил в Коломну «к ней, Марине, в стольники, а хотел на ней женитца и сести на Московское государство».

Атаман жаждал власти, но о короне он не мог и помыслить. Царствующий град, да и весь народ, никогда бы не принял на трон украинского казака. Истинные замыслы Заруцкого были иные. Он намеревался отвоевать у семибоярщины и земских людей Рязань и несколько других городов и объявить царем сына Марины Мнишек Ивана, рожденного от «законного» монарха — Лжедмитрия II.

Планы атамана имели под собой почву. Заруцкий сопровождал Лжедмитрия I в его походе на Москву, а затем Лжедмитрия II в Тушине. Он видел, как осуществлялись самые фантастические проекты. «Боярин» покинул Подмосковье накануне решающего столкновения с королевской ратью. Заруцкий мог рассчитывать на то, что противники обескровят друг друга, и тогда он с помощью московской черни посадит на трон «воренка».

Покидая Коломну, атаман разграбил город и направился в рязанские пределы. Зная, сколь важную роль играла Рязань на протяжении всей гражданской войны, он задумал овладеть этим городом, чтобы при благоприятных обстоятельствах возобновить наступление на столицу.

Под знаменами Заруцкого вскоре собралось до пяти — семи тысяч ратников. Однако добиться успеха атаману не удалось. На помощь Рязани выступили отряды татар из Казанского царства.

Тем временем в Москве Земский собор приступил к избранию государя. Сын боярский Иван Философов, попавший в плен к полякам, сообщил, что бояре, служившие прежде королю, желают видеть на троне Владислава, но, опасаясь казаков, не смеют открыто заявить об этом. Казаки же настаивают на избрании кого-нибудь из русских бояр — Михаила Романова или «сына калужского вора».

Казаки вспомнили о «царевиче Иване» в минуту крайней опасности. Сигизмунд III стоял на пороге Москвы. Мстиславский и другие члены семибоярщины могли в любой момент переметнуться в королевский лагерь. За спиной коломенского «царевича» стояло войско Заруцкого. Казаки надеялись, что в критический момент давние соратники придут им на помощь. Но расчеты на возвращение Заруцкого не оправдались. Атаман предпочел возобновить братоубийственную войну.

Казаки вынесли на себе всю тяжесть осады Москвы, длившейся полтора года. Бывшие тушинцы составляли главную силу гарнизона столицы. Как самый знатный из руководителей земского движения, Трубецкой готовился занять трон. Но соперничество между вождями ополчения расстроило его планы. В работе Земского собора участвовали представители дворянства, городов и некоторых крестьянских волостей. Кроме земских вождей, Дмитрия Трубецкого и Дмитрия Пожарского, короны домогались Голицыны, Черкасские и многие другие знатные лица.