Система обороны Окского и передового рубежей, по Яковлеву, «имела довольно сложный характер в зависимости от тех наличных средств, которыми располагало московское правительство». Подступы к ней прикрывали сторожевые казачьи посты и поселения служилого люда, укрепленные форты Засечная черта и крепости по Оке.

Подробно разобрав организацию службы на границе, автор пришел к выводу, что основой обороны служила засечная линия, по сути, являвшаяся главным рубежом страны. Засеки были хорошо известны в Древней Руси, но Большая засечная черта Московского государства представляла собой качественно новую систему обороны, включавшую не только лесные завалы, но и рвы, земляные валы, ряды скрепленных между собой надолбов, протянувшиеся на многие версты, что, при правильной организации службы на Черте могло остановить или задержать движение неприятельских войск.

Отдельные участки Засечной черты сомкнулись в 60-х гг. XVI в., когда они были приведены в «связную и сплошную систему, охрана и поддержание которой были сделаны повинностью всего населения государства вообще и близлежащих уездов в особенности». В XVII в. протяжение засек Большой черты равнялось 1000 верстам, их укреплением ведал Пушкарский приказ, и только в чрезвычайных случаях руководство обороной засечного рубежа переходило к Разряду.

Сооружения Большой черты сильно пострадали в Смутное время, эпизодические починки не могли восстановить прежнего значения укреплений. В конце 1630-х гг. участившиеся татарские набеги вынудили московское правительство возобновить старые и построить новые засечные «крепости». В делах Разрядного приказа сохранились подробные сведения о производимых на рубеже работах. Использовав их, Яковлев подробно описал начатое строительство, трудности, с которыми встретились его организаторы и участники. Всего, по его подсчетам летом 1638 г. были восстановлены лесные завалы и другие укрепления на протяжении 297 верст 929 саженей. Таким образом, удалось надежно прикрыть наиболее опасные участки южной границы.

В ХХ в. подходы к изучению военной организации Русского государства претерпели разительные изменения. Их определила политическая конъюнктура, оказавшая решающее влияние на исследователей, занимавшихся обозначенной проблематикой. В 1930–1970-е гг. изучением военных аспектов политической истории Московского государства XV–XVII вв. занимались С. К. Богоявленский, А. А. Свечин, Е. А. Разин, Л. Г. Бескровный, А. А. Строков, А. В. Чернов, П. П. Епифанов. Сильной стороной их научной деятельности стала разработка малоизученного вопроса об участии в военных действиях мобилизованных воинов — так называемых «посошных» и «даточных» людей. Однако оно сопровождалось жесткой критикой поместного конного ополчения, искажающей реальное состояние русского военного дела.

Менее других исследователей этот недостаток был свойственен С. К Богоявленскому, во многом продолжившему традиции дореволюционной военно-исторической науки. Именно этот автор, вопреки расхожему мнению о случайном подборе вооружения воинов поместной конницы, отметил, что чувство самосохранения заставляло дворян выбирать оружие в соответствии с приемами войны и вооружением противника. По этой причине «русские ратные люди проявляли мало инициативы в совершенствовании своего оружия», перенимая вооружение и тактику неприятеля. Главным противником Московской Руси в XVI в. историк считал татар, вооруженных почти исключительно холодным оружием. С этим обстоятельством Богоявленский связывал значительную разницу в средствах борьбы на юге и западе страны. Использованные им документы свидетельствовали, что в XVII в. в южных уездах с «огненным боем» на службу выходили 39 % дворян, а у 62 % преобладающим вооружением были саадак и сабля. В юго-западных уездах, соприкасавшихся с крымской и польской границами, с огнестрельным оружием выходили 87 % дворян, а с саадаками — 10 %. На Западе почти все служилые люди вооружались «огненным боем».

Исследователь не ограничился изучением вооружения дворян, приведя сведения об оружии, использовавшемся их военными слугами. Сделанный им вывод достаточно интересен — оказалось, что боевые холопы, сопровождавшие своих господ на войну, вооружались лучше самих дворян. В то время как многие помещики еще пользовались саадаками, их слуги уже имели пищали.

Автор привел подробные сведения о вооружении крестьян и посадских людей, однако не объяснил и не оценил факта распространения боевого оружия в среде мирного населения.

Говоря о вооружении стрелецкого войска, Богоявленский отмечал, что «ружья у стрельцов были гладкоствольные, крупнокалиберные, длинные и тяжелые, называвшиеся мушкетами» и писал, что «внешним признаком мушкета был приклад, похожий на современный, с выемкой для большого пальца». Вряд ли следует считать основной характеристикой мушкета наличие характерного приклада, однако утверждение автора о вооружении стрельцов одними мушкетами неверно. Даже в XVII в. в стрелецких и в солдатских полках сохранялось известное число военнослужащих, вооруженных «легким оружием» (пищалями). Впрочем, и сам Богоявленский, приводя сведения о вооружении городовых стрельцов, отмечал их большое разнообразие.

Пристальное внимание исследователь уделил организации и вооружению полков «иноземного строя», которые к середине XVII в. по численности, уже отодвинули «дворянское ополчение на второй план». Автор привел подробные характеристики различных образцов оружия, использовавшегося солдатами, драгунами и рейтарами, служившими в армии Московского государства.

Особенности организации вооруженных сил Московского государства XV–XVII вв. попытался выявить известный советский военный историк А. А. Свечин. Причиной преобразования древнерусских вооруженных сил Свечин считал жестокие «татарские уроки». По его мнению, именно на Востоке русские «усвоили глубокое уважение к метательному бою, ведение боя из глубины, расчленение армий на Большой полк, полки Правой и Левой руки, авангард и резерв (Передовой и Засадный полки), организацию легкой конницы, дравшейся как в конном, так и в пешем строю — своего рода иррегулярных драгун, большое внимание к разведывательной и сторожевой службе, своеобразную восточную дисциплину и методы управления, далеко превосходившие феодальный масштаб средневековья». Даже Куликовскую победу Свечин связал с использованием русскими полководцами приемов ведения боя, заимствованных из монгольской школы. Отрицать влияния монголов на развитие русского военного искусства нельзя, однако сводить все достижения русского военного дела к простому заимствованию восточной тактики и боевой техники не стоит из-за принципиального различия задач, стоявших перед вооруженными силами Орды и русских княжеств. Татарским войскам был свойственен ярко выраженный наступательный характер действий. Они предпочитали вести войну на вражеской территории, тогда как основу русской стратегии составляла оборона своей земли, и лишь в случае удачного стечения обстоятельств наносился превентивный удар. Подобный способ борьбы подразумевал повышенное внимание к фортификационному обеспечению не только главных городов страны, но и небольших острогов и засечных «крепостей», где в случае вражеского нападения укрывалось местное население. Такое положение дел сохранялось до второй половины XVI в. По свидетельству Р. Гейденштейна, «ни на одно средство [великий] князь не полагается так много, как на укрепления, и потому большая часть последних расположена на самых удобных местах между извилинами рек и озер; и гарнизоном, военными снарядами, провизией они снабжаются тщательнее, чем у какого бы то ни было другого народа». Понимая невозможность полного тождества русской и татарской военной организаций, Свечин отметил появление в Московском государстве поместной системы. Исследователь полагал, что главной задачей дворянской конницы была защита тех местностей, где они были испомещены, считая, что с ней служилые люди справлялись успешно, но для дальних походов дворянская милиция не годилась, так как являлась «нестройным» войском, способным на равных сражаться лишь с такими же нестройными неприятельскими ополчениями. В XVI в. организованные таким образом русские рати стали терпеть поражения в столкновениях с европейскими профессиональными армиями. Стрелецкая «упорядоченная пехота» не смогла исправить положения, так как в бою не была способна к сомкнутому удару. Поражения эпохи Смутного времени и неизбежность возобновления борьбы за Смоленск с Речью Посполитой вынудили московское правительство приступить к формированию первых солдатских полков из принятых в русскую службу иноземцев. Ненадежность наемников и скудость казенных средств вынудили московские власти пойти по другому пути — приступить к обучению иноземному строю русских людей. Сформированные полки представляли собой, по мнению Свечина, территориальные части. Единственным отличием от поместного ополчения являлось обучение их воинскому строю по западноевропейскому образцу, которое производилось один раз в год по месяцу. К концу XVII в. в России, по подсчетам автора, имелось 48 солдатских и 26 копейных и рейтарских полков.