Труды Р. Г. Скрынникова и А. А. Зимина об эпохе Бориса Годунова продолжили прерванную академическую традицию; их книги, как некогда работы Соловьева и Костомарова в XIX веке, тоже стали вехами историографии своего времени. Подобных попыток всестороннего изучения политики Русского государства в конце XVI — начале XVII века больше не предпринималось. Хотя достижения последних десятилетий существования советской историографии этим не исчерпываются. Благодаря исследованию Виктора Ивановича Буганова, опубликовавшего разрядные книги, стало возможным подробно восстановить служилую и придворную биографию Бориса Годунова[72]. Специальное исследование о Земском соборе 1598 года было создано Светланой Петровной Мордовиной, подробно раскрывшей состав представительства выборных при избрании царя Бориса на трон[73]. Александр Лазаревич Станиславский разыскал и опубликовал новые источники по истории Государева двора: боярские списки и Роспись русского войска 1604 года, позволившие наглядно представить персональный состав не только Боярской думы, но и всего столичного дворянства времен Бориса Годунова[74]. Большой интерес представляют труды Бориса Николаевича Флори о русско-польских отношениях конца XVI — начала XVII века[75]. Не были забыты и традиционный сюжет закрепощения крестьян (В. И. Корецкий), а также история царевича Дмитрия, разные версии которой были подробно освещены Владимиром Борисовичем Кобриным[76].

В новейшей историографии наиболее важен труд Андрея Павловича Павлова, посвященный тщательному исследованию изменений в составе Государева двора 1584–1605 годов в связи с политикой Бориса Годунова. Историк начинал изучение эпохи с историографического анализа трудов о Борисе Годунове, всестороннего анализа Утвержденной грамоты 1598 года[77]. А. П. Павлову удалось окончательно устранить старый миф о том, что Годунов опирался в своих расчетах на дворянство, в ущерб боярству. Напротив, оказалось, что Борис Годунов проводил политику в интересах «служилой аристократии», составлявшей большинство Боярской думы. Их функции во власти были не «парадными», а вполне реальными. «Суть политики Бориса Годунова, — пишет А. П. Павлов, — заключалась не в ограничении традиционных прерогатив Думы, а в привлечении на свою сторону бояр, в консолидации знати вокруг трона»[78]. В недавнее время историком опубликована работа о правящей элите времен Бориса Годунова[79] и написан раздел об эпохе царя Федора и Бориса Годунова в многотомной Кембриджской «Истории России», изданной под редакцией английской исследовательницы Морин Перри[80]. А. П. Павлов сформулировал концепцию политической борьбы после смерти Ивана Грозного, когда бояре боролись не просто за обладание властью, а за выбор дальнейшего политического развития. Борис Годунов отстаивал сформировавшуюся в годы опричнины «самодержавную» модель, а его противники думали о возвращении к «аристократическому» правлению, с симпатией глядя на порядки соседней Речи Посполитой. Борис Годунов, по справедливой оценке исследователя, был «мудрее» своих оппонентов, он стремился выстроить новую иерархию не на опричных началах, а возвращаясь к идеям «тысячной реформы» 1550 года (об этом говорит законодательство о землевладении московского дворянства конца 1580-х годов)[81]. Одновременно были предприняты меры к усилению приказного порядка и воеводского управления на местах. Главной целью внешней политики Бориса Годунова, как пишет Павлов, стало преодоление последствий неудачной Ливонской войны и возвращение престижа Московского государства. Завершая обзор событий правления царя Федора Ивановича и царя Бориса Федоровича, историк призывает помнить, что именно благодаря усилиям Годунова жители Московского государства имели почти двадцатилетний период политической стабильности, частично сопровождавшийся экономическим подъемом. Все это было ярким контрастом с «вакханалией» времен опричнины[82].

В последнее время появляются попытки новой интерпретации образа Бориса Годунова с помощью реконструкции христианского миропонимания средневековых книжников. Написанная в этом ключе работа Д. И. Антонова, как представляется, не учитывает индивидуального восприятия действительности тем или иным автором повестей и сказаний о Смуте. В итоге получается, что любой писатель начала XVII века заведомо «смиренен» и может судить Бориса Годунова, потому что знает, что соответствует христианским нормам, а клянущийся и кающийся правитель эти нормы нарушает и поэтому «горд». Вряд ли можно судить одного Годунова и не предъявлять тот же счет к авторам летописей и сказаний[83]. Возникают и идеи «реабилитации» православного царя Федора Ивановича, перенесения части заслуг Бориса Годунова на его сестру царицу Ирину Годунову[84]. Но и здесь все дело в чувстве меры. Историки вдохновляются житийным образом царя-молитвенника, а историческая действительность не подчиняется литературному канону.