В 1920-е годы профсоюзы играли активную, хотя и ограниченную роль в защите интересов рабочих. Они обсуждали условия трудовых и производственных договоров, успешно защищали интересы рабочих во время многочисленных споров по поводу оплаты труда, компенсационных выплат, найма и увольнения рабочих, а также техники безопасности на производстве. Забастовочная активность в 1920-е годы была различной. Количество забастовок уменьшилось после 1922 года, и снова возросло во второй половине двадцатых годов. В большинстве своем они были кратковременными и ограниченными, в них участвовали рабочие одного завода или цеха. Профсоюзы призывали рабочих — вместо забастовок, — добиваться рассмотрения своих жалоб через официальные каналы, в арбитраже. Профсоюзы обладали значительным влиянием, являясь частью управляющего «треугольника» на предприятиях, в который также входили представители руководства и партии. Они сохраняли свою ограниченную, но явную независимость от государства. Например, в 1926-1927 годах они отстаивали интересы рабочих в горячих дебатах по вопросам зарплаты и производительности перед Высшим Советом народного хозяйства.

При всем этом в 1920-е годы профсоюзы не являлись полностью независимыми представителями рабочих. Их роль в «треугольнике» давала им большее влияние, но также компрометировала их взаимоотношения с руководством. Председатель ВЦСПС М. П. Томский признавал, что объединение интересов руководителей и представителей профсоюзов причиняет вред рабочим. С принятием первого пятилетнего плана, плановики из центрального аппарата установили производственные задания и зарплаты, узурпировав роль профсоюзов в обсуждении условий коллективных договоров. Профсоюзы, лишенные своих функций, были переориентированы на улучшение трудовой дисциплины и повышение производительности труда. На 8-м Съезде профсоюзов в декабре 1928 года И. В. Сталин и его сторонники выступили с нападками на профсоюзных лидеров, защищавших «так называемую “сугубо рабочую точку зрения”» в ущерб индустриализации. Л. М. Каганович — верный союзник Сталина сидел в президиуме ВЦСПС и был противовесом М. П. Томскому, который отказался от должности председателя ВЦСПС. Борьба обострилась весной, когда Центральный Комитет партии подверг критике деятельность М. П. Томского, Н. И. Бухарина и А. И. Рыкова за «настраивание профсоюзов против партии» и умалчивание о «тред-юнионистских» тенденциях. В июне 1929 года Томский был отстранен от работы в ВЦСПС. Смещение его с должности и принятие первого пятилетнего плана, ознаменовали конец ограниченной независимости профсоюзов, которую они имели в 1920-е годы. Впоследствии Сталин и Каганович контролировали чистки в рядах ВЦСПС и профсоюзов. По словам Томского «все руководство» было уволено, включая более чем две трети членов Центрального комитета профсоюзов, а также членов заводских комитетов. Чистка в рядах профсоюзов продолжалась в течение всего 1931 года. Старые профсоюзные чиновники и активисты были заменены молодыми ударниками. Сталин и его сторонники клеймили бывших лидеров профсоюзов словами «недемократичные, безнравственные личности, бюрократы», а рядовые члены профсоюзов никак не возражали против этих нападок.

Бурное развитие экономики в 1930-е годы еще больше ослабило профсоюзы, которые часто делились по территориальному и профессиональному принципу. В 1931 году ВЦСПС разделил профсоюз горняков на четыре отдельных профсоюза, а когда-то могущественный профсоюз металлургов — на шесть профсоюзов, включая отдельные профсоюзы в металлургической промышленности и машиностроении. В 1934 году профсоюз металлургов снова разделился на три региональных профсоюза, а профсоюз рабочих машиностроительной промышленности был раздроблен на шесть новых союзов — в зависимости от вида машиностроения. В период с 1934 по 1935 годы общее количество профсоюзов увеличилось с 47 до 159 и насчитывало 19 млн. 41 тыс. членов, что составляло 81% занятых в промышленности, строительстве, на транспорте, в общественном питании, в области образования, в совхозах и прочих сферах экономики. Было создано семьдесят семь отдельных промышленных профсоюзов, в которые входила самая многочисленная группа рабочих (42%). Каждый союз имел центральные, региональные и местные комитеты (фаб-, зав- или месткомы — аббревиатуры для комитетов профсоюза предприятия, цеха или местного комитета). Увеличение количества профсоюзов порождало рост бюрократии. В каждом из центральных комитетов работало около двадцати оплачиваемых штатных работников, на местном уровне работали инструкторы по культуре, физической культуре и политике. В 1936 году в аппарате профсоюзов было занято 71 тыс. 500 оплачиваемых работников. 79% членских взносов расходовалось на административные нужды, что составляло 402 млн. рублей. В 1937 году штат профсоюзных работников был сокращен вдвое и насчитывал 35 тыс. человек. Административные расходы были сокращены на 42% и составили 221 млн. рублей. Однако штаты снова быстро раздувались, в 1939 году в профсоюзных структурах работало 213 тыс. 568 человек. В 1940 году численность работников профсоюзов была сокращена до 79 тыс. 341 человека (вдвое больше, чем в 1937 году). На нужды профсоюзов было выделено 1 трлн. 363 млн. рублей. Оказалось, что почти невозможно сдержать рост числа профсоюзных работников и расходы на содержание аппарата.

ВЦСПС был главным органом профсоюзных организаций, который определял стратегию, реагировал на жалобы, выделял средства и контролировал условия труда. В июне 1933 года Народный Комиссариат Труда был упразднен. Весь персонал и осуществляемые им функции предоставления социальных услуг, включая управление компенсационными фондами для рабочих, были переданы ВЦСПС. В 1936 году штат ВЦСПС насчитывал более 340 человек. Возглавлял ВЦСПС Н. М. Шверник. Управление осуществлялось секретариатом — выборным профсоюзным органом, куда входили Н. М. Шверник, А. К. Аболин, Г. Д. Вейнберг, В. И. Полонский, Н. Н. Евреинов. Президиум ВЦСПС состоял из пяти секретарей и еще десяти членов. В структуру аппарата ВЦСПС входили: инспекция труда и культурно-клубная инспекция; отделы трудовой статистики, иностранных рабочих, планирования и регулирования заработной платы, финансов. Имелся свой журнал «Вопросы профдвижения»; научная библиотека; бюро соцстраха и физической культуры, а также научно-исследовательский институт профдвижения; особый отдел, занимавшийся внутренней политикой и секретной информацией о забастовках, нарушениях порядка, несчастных случаях и условиях труда рабочих.

После устранения Томского и чистки среди «правых» партия определила место профсоюзов в ходе индустриализации — им была отведена вспомогательная роль. В январе 1933 года совместный пленум Центрального Комитета и Центральной контрольной комиссии ВКП(б) определил задачи профорганизаций: укреплять трудовую дисциплину, предотвращать перерасход фонда заработной платы, поддерживать высокие производственные нормы и поощрять рабочих к улучшению своих профессиональных навыков и овладению новыми технологиями. Не было ощутимых различий между выполняемыми ими функциями и функциями капиталистического управления. Заводские комитеты, завладевшие заводами в 1917 году, получили указание контролировать зарплаты рабочих, чтобы они не увеличивались из-за нелегальных переработок или сдельной работы. По существу профсоюзы представляли собой группу поддержки производства и являлись «сторожевыми псами» фонда заработной платы.