С получением звания великого инквизитора в Торквемаде произошли значительные перемены: прежний аскет, не евший никогда мяса и не носивший иного платья, кроме простой рясы, стал жить в богатых хоромах, окруженный многочисленной челядью; в его распоряжении находились 250 вооруженных пехотинцев и 50 кавалеристов. Боясь своих многочисленных врагов, Торквемада старался не выезжать без свиты и всегда имел у себя на столе «рог единорога», защищавший его от отравления. Бывший бессребреник, отказавшийся от архиепископского звания, не брезговал теперь, несмотря на запрет доминиканского ордена обладать какой-либо собственностью, богатствами осужденных еретиков и копил огромные суммы, стекавшиеся к нему от людей, которые добровольно являлись в инквизиционные трибуналы, чтобы покаяться в прегрешениях. Правда, средства эти шли большей частью на богоугодные дела: так, Торквемада потратил много денег на постройку роскошного монастыря Св. Фомы Аквината в Авиле, на увеличение и украшение монастыря Св. Креста в Сеговии и на различные учреждения своего родного городка, — тем не менее все это мало напоминало сурового и скромного проповедника в Вальядолиде. Уже первые шаги Торквемады свидетельствовали о том, что его вмешательство в дела правосудия будет безгранично и что всякий оправдательный приговор встретит в нем непримиримого врага. Когда, например, трибунал в Медине при рассмотрении одного дела, в котором участвовало много лиц, вынес некоторым из обвиняемых оправдательный приговор и послал его на утверждение Торквемады, тот отдал приказ заключить в тюрьму оправданных и держать их там до нового суда, которым должен был руководить специально посланный для этой цели инквизитор. Обвиняемые снова были брошены в темницу, подверглись пытке, и в конце концов посланец Торквемады вынес двум из них обвинительный приговор, но остальных все-таки оправдал. Казалось, что на этот раз оправдание войдет в законную силу, однако постановление вторичного суда тоже не пришлось по вкусу великому инквизитору, желавшему, чтобы все преступники были сожжены. Он приказал в третий раз арестовать виновных, перенес трибунал из Медины в Вальядолид и достиг своей цели: несчастные взошли на костер.

Одной из важнейших своих задач Торквемада считал выработку общих правил, которыми должна руководствоваться инквизиция. Для этой цели в ноябре 1484 года королевским ордонансом в Севилье были собраны «инквизиторы, теологи, люди образованные и добросовестные». Собрание, проходившее под председательством Торквемады, приняло следующие правила.

«1) Вновь назначаемые инквизиторы, прибывая на место, созывают в главной церкви духовенство, архиепископа, коррехидора, рехидоров или муниципальных чинов, а также губернатора, чтобы принять от них клятву верности.

2) В главной местной церкви вывешивается объявление, где перечисляются все те меры наказания, которые угрожают лицам, совершившим преступление, входящее в категории ереси или вероотступничества, а также не явившимся добровольно перед инквизиторами, чтобы покаяться в течение срока милосердия, и также тем, которые будут сопротивляться проведению в жизнь определенных Святым Трибуналом мер.

3) Срок милосердия продолжается 30 или 40 дней, и в течение этого времени еретики должны явиться, чтобы примириться с церковью; этому примирению должны предшествовать наказания для спасения души. Этими наказаниями, однако, не могут быть ни смертная казнь, ни вечное заточение, ни полная конфискация имущества, потому что их величествам королю и королеве угодно милостиво поступать с теми, которые в надлежащее время и добровольно каются в своих грехах.

4) Добровольные покаяния в срок милосердия должны делаться письменно в присутствии инквизиторов и секретаря; виновные должны ответить на все вопросы, касающиеся характера их покаяния, времени их впадения в грех, числа их сообщников, а также привести имена тех, кого они считают еретиками или подозревают в ереси.

5) Добровольно покаявшийся не может получить тайного очищения от греха, оно всегда должно сопровождаться публичным наказанием, за исключением тех случаев, когда о преступлении никто ничего не знал и весть о нем может привести к нежелательным последствиям.

6) Еретики должны быть провозглашены нечестивцами, они не могут занимать никакой государственной и общественной должности, иметь какую-либо бенефицию, быть прокурорами, аптекарями, бакалейными торговцами, докторами, хирургами, брадобреями, торговыми маклерами, перевозить или продавать золото, серебро, кораллы, жемчуг, драгоценные камни, шелковые вещи; они не могут также ни одеваться, ни временно носить шелкового платья, обладать оружием, лошадьми; нарушение этого постановления равносильно вероотступничеству и влечет за собой смертную казнь. В таком же положении находятся и лица, примирившиеся с церковью, но не принявшие наложенных на них наказаний.

7) Чтобы показать, как велико преступление ереси и вероотступничества, до какой степени нераскаявшиеся в этом грешат против Нашего Господа Бога Иисуса Христа, следует присуждать их к сожжению или вечному заключению с конфискацией всего их имущества.

8) Те, которые добровольно сознаются в своих грехах, должны, помимо наложенных на них инквизиторами денежных или иных штрафов, часть своего имущества предоставить на богоугодное дело; оно будет употреблено на священную войну, которую король и королева ведут против мавров Гранады. Эти дары будут рассматриваться как благочестивое и заслуживающее похвалы дело.

9) Если добровольное покаяние будет сделано после истечения срока милосердия, то кающийся не может избежать конфискации имущества или вечного заточения — наказаний, которые были бы наложены на него за вероотступничество или ересь.

10) Если еретики, о которых стало известно Святому Трибуналу, покаются в своих грехах во время самого процесса, когда уже известны показания свидетелей, но еще приговор окончательно не вынесен, то они допускаются к примирению с церковью, но должны быть осуждены на вечное заточение. Однако в том случае, когда форма, в которой сделано покаяние, а также другие обстоятельства, суждение о которых всецело зависит от одних лишь инквизиторов, дают инквизиторам основание думать, что покаяние было принесено не чистосердечно, виновные должны рассматриваться как упорствующие еретики, и как таковых их следует выдать светской власти для исполнения над ними смертного приговора.

11) В акте присоединения к церкви инквизиторы должны точно указать время, когда кающийся впал в грех, для того, чтобы все приобретенное еретиком с момента его греховности было конфисковано в пользу фиска.

12) Дети обоего пола моложе двадцати лет, введенные в заблуждение отвратительными примерами ереси своих отцов или других людей, являясь перед Святым Трибуналом, чтобы покаяться в своих грехах, подвергаются легкому наказанию и в том случае, если признание было сделано после срока милосердия.

13) Если после добровольного признания в грехах окажется, что каявшийся хвастал тем, что он скрыл от инквизиторов некоторые или многие преступления, или если из дальнейших расследований будет установлено, что каявшийся в действительности совершил больше преступлений, чем сознался, то он должен быть арестован и судим как лживый еретик.