В 1887–1888 гг. расследовалось дело прусских подданных Павла и Людовика Штейнке и Георгия и Эдуарда Вунж, заподозренных в разведывательной деятельности. В 1890 г. проводилось дознание по делу Ф.М. Зильберштейна. В 1893 г. по обвинению в шпионаже были арестованы австрийские подданные Р.-Э.А. Гельветер и О.И. Рычковский, под видом торговых агентов изучавшие коммуникации русских войск в бассейне Средней Вислы. В 1895 г. в Киевском военном округе проходил процесс над австрийским подданным Э. Красницким, рядовым 165-го пехотного Ковенского полка Ф. Харченко и запасным ветеринарным фельдшером И. Пелчинским. В том же году по подозрению в шпионаже в Киевском округе проходили дворяне С. Домарадзский и В. Квятковский, мещанин И. Бригер и связанные с ними 39 человек. В 1901–1902 гг. расследовалось дело А. и М. Граневичей, в 1903–1906 гг. — Р.К. Броневича, Г.Н. Щербакова, Г.Я. Сладковского и др., в 1904 г. — Г.И. Альтера.

Активности русской контрразведки противопоставлялось совершенствование работы иностранных спецслужб, 16 июня 1892 г, между Германией и Австро-Венгрией было подписано соглашение об обмене разведывательной информацией, добытой в России, 7 октября 1906 г, к нему присоединилась Япония.

В 1909 г. Германией была разработана целая программа шпионажа в России (русской контрразведке она стала известна на основе изъятых документов и показаний германских разведчиков Бертольда и Бруно Германов). Она предусматривала сбор подробных сведений об образцах формы, оружия, структуре управления войсками, революционной пропаганде в армии, особенностях фортификационных сооружений, порядке мобилизации и «как отразилось на духе войск сокращение срока службы в армии до трех лет».

Иностранные разведки предполагали создать весьма разветвленные «штаты» своей агентуры в городах России. В губернских городах полагалось иметь трех своих сотрудников, в населенных пунктах до 10 000 человек — двух, в округах с населением, меньшим 10 000, — одного.

У австрийской разведки в начале века сложились разные категории агентов, действующих на территории России. Первая русской контрразведывательной службой определялась как сеть «агентов-неинтеллигентов». Они вербовались среди крестьянства, горожан-ремесленников, лиц без определенных занятий. Нередко использовались представители национальных меньшинств, особенно из австрийских подданных, постоянно проживающих в России. Такие сотрудники получали 40–50 рублей в месяц, не имели четких заданий, а должны были сообщать обо всем, что видят и слышат.

Другую категорию составляли «агенты-интеллигенты». Они были разделены в свою очередь на две категории. К первой относились профессиональные австрийские разведчики из состава регулярной армии. Они засылались в Россию чаще всего под видом дезертиров или внедрялись под легендами коммерсантов, коммивояжеров и т. д. Вторая группа включала завербованных российских подданных свободных профессий (инженеры, врачи, юристы, журналисты и т. д.). Обычно они проходили краткосрочные шпионские курсы и своеобразную «производственную практику» в Италии. Им платили поштучно за добытые сведения, но довольно щедро: в среднем у расторопного агента в месяц «набегало» до 300–500 рублей.

С 1907 г. австрийская разведка в качестве проводников и агентов начинает активно использовать пограничных контрабандистов. Тогда же военное министерство Австро-Венгрии в массовом количестве засылает студентов-практикантов лесных школ Праги, Лемберка и Писека под видом практики в Подолье и на Волынь для сбора сведений военного характера.

Стиль работы агентов германской и японской разведок в России описывается следующим образом: «От поры до времени в различных городах появляются «отставные офицеры», «коммерсанты», «литераторы», отличающиеся простотой в обращении и хлебосольством, всегда готовые радушно принять военное общество. Обыкновенно в таких гостеприимных домах царит располагающая к оживленным беседам и спорам атмосфера. Молодые красивые женщины, вино и карты приятно щекочут нервы». На Дальнем Востоке Япония организовывала дома гейш, содержателями которых были офицеры японского Генерального штаба. Все это создавало благоприятные условия для вербовки сотрудников среди российского офицерства.

В начале XX в. в России действовали военные агенты: Японии (Акаши), Великобритании (Непир), Швеции (Лейон-Хювуд (1904), Клейн (1911)), Турции (Энвер-Бей) и др. стран. За 1901–1910 гг. только в Варшавском военном округе было выявлено 48 австрийских и 110 германских агентов.

С 1910 г. на протяжении нескольких лет шла агентурная разработка германского подданного, бывшего офицера германского Генерального штаба, числящегося в Санкт-Петербурге представителем континентальной телеграфной компании в Берлине Зигфридом Геем. В 1911 г. в Ломжинской губернии по подозрению в шпионаже были арестованы: Ф. Цищевский, И.К. Бартицкий, Л.К. Увесюк, Г.Л. Заборовский. В этом же году осуждены: по Варшавскому военному округу — германские подданные Б. Штейнер и В. Штюнцер, по Киевскому округу — Г. Гаазе, по Приамурскому округу — русский подданный Л. Медер.

В 1912 г. осуждены: по Варшавскому округу — немец Т. Дамм, по Виленскому округу — русские подданные И. Греблов, Г. Сагалович, С. Шейн, А. Офман, Г. Горбаренко, В. Фадеев, по Иркутскому округу — китайцы Дуань Мень Фу и Дань Юнь (он же Чжа), по Туркестанскому округу — персы Мирза-Мамед-Али и Мирза-Абдулла-Оглы, по Приамурскому округу — англичанин Э. Альден и австриец И. Геннерт. В том же году в Радомской губернии расследовалось дело австрийского агента В.Л. Масловского, в 1912–1913 гг. — М.Ф. Сагана, в 1913 г. — А.Л. Голдберта.

В 1913 г. велось несколько дел по подозрению в шпионаже в Варшавской губернии. Среди них можно назвать дела: А.А. Цюржицкого, И. Штейна и группы из восьми человек, Э. Бема, П.В., Н.В. и В.В. Антосевич. В 1913 г. были задержаны шведские шпионы фон Сегебаден и фон Эссен. В Санкт-Петербурге осуждены: русские подданные В. Ершов и В. Шнитков, немецкие шпионы, А. Яковлев, австрийский агент. В Ковно получил четыре месяца тюрьмы Л. Альтшуль, завербованный австрийской разведкой. В Виленском округе разоблачены А. Браунштейн, М. Смильг, Ш. Фрейдберг и В. Киселев. В Туркестанском округе осуждены афганцы Абдул-Гамид-Ходжа Ахметханов и Ходжа-Мамед-Абдул Керимов. В Иркутске задержан и выслан японский агент Ооми-Сутекицы.

В это же время иностранные разведки начинают распространять в России практику работы своих агентов под прикрытием легальных коммерческих и общественных организаций. В фондах контрразведки содержатся материалы по наблюдениям в 1911–1913 гг. за подозревавшимися в шпионской деятельности Кредит-Бюро «Клячкин и K°», справочной конторы Шиммельпфенга и др. организациями.

Действиям иностранных разведок порой помогала преступная халатность некоторых офицеров. Одним из нашумевших дел такого рода был в 1913 г. процесс над князем Кекуатовым, командиром 1-го Читинского полка Забайкальского казачьего войска. Он умудрился при переезде на другое место жительства просто выбросить во двор секретные штабные карты Южно-Уссурийского края. Их подобрал 6-летний дворовый мальчик Николай Куклин. Несмотря на столь юный возраст, он быстро сориентировался и продал карты китайцам Юй Цзай Ляну и Юй Цзай Взну по одной копейке за лист. С этими секретными бумагами их и задержали на Хабаровской таможне при переходе границы. Полиция нашла часть брошенных Кекуатовым штабных карт даже в… расположенной напротив его дома лавке, где их использовали в качестве обертки для товаров! Несмотря на грандиозный скандал, полковник отделался всего лишь дисциплинарным взысканием.