В 1809 году между сыновьями Георга III вспыхнул жаркий спор, получивший название «войны братьев», касавшийся преданности приверженцев обоих суверенов. Принц Эдуард, герцог Кентский (отец королевы Виктории), принадлежал к обществу франкмасонов, а его брат, принц Август, герцог Сассекский, являлся членом братства тамплиеров. Проблема Эдуарда заключалась в том, что коллеги его брата, тамплиеры, были сторонниками Стюартов. Поскольку его энергичные попытки склонить их на сторону правящей Ганноверской династии закончились неудачей, принц довольствовался созданием внутри существовавшей масонской организации филиала, именовавшегося тамплиерским. Данное направление франкмасонства курировалось герцогом Кентским и придерживалось так называемого «йоркского ритуала». Тамплиеры духовно-рыцарского ордена соблюдали «шотландский ритуал» и находились под покровительством принца Якова Эдуарда Стюарта, второго графа Олбани.

Находясь в изгнании, Стюарты принимали самое деятельное участие в становлении и развитии масонского движения во Франции и Италии. Представители этого рода были неутомимыми пропагандистами и распространителями «шотландского ритуала», характеризовавшегося более высокими степенями масонства и более древними тайными обрядами по сравнению с другими направлениями этого религиозно-этического течения. Выдающееся положение среди деятелей этого движения занимал граф Сен-Жермен — кузен и духовный наставник Карла Эдуарда. Участие самих Стюартов в этих обществах, зиждившееся на строгом соблюдении установленных прав и привилегий, было продиктовано искренним желанием познакомить членов братства с подлинной культурой античности и происхождением древних искусств. В Британии масонские ложи стали удобным местом для организации тайных заговоров против правительства вигов и немецкой династии. Сплоченные по всей стране общностью интересов ложи тори и общества якобитов превратились в главную мишень секретной службы вигов, чьи высокопоставленные агенты умело проникали в эти духовные братства. В более позднее время английское франкмасонство обходилось уже без политических интриг, сосредоточиваясь больше на аллегорической символике, а также заповедях братской любви, веры и милосердия.

В 1817 году некий доктор по имени Роберт Уотсон приобрел в Риме документы, касавшиеся династии Стюартов. Заплатив за них 23 фунта стерлингов (около 610 фунтов по современному номиналу), он начал готовить материалы к публикации. Однако еще до того, как Уотсон попытался предпринять какие-то шаги в этом направлении, бумаги были конфискованы полицией Папского государства и, дабы их содержание не стало достоянием гласности, переадресованы в Лондон. Некоторое время спустя, в качестве возмещения за утраченную собственность доктор получил от Вестминстера денежную компенсацию. Не удовлетворившись этим, Уотсон попытался было оспорить свои права на бумаги в судебном порядке, однако в 1838 году был найден мертвым. По официальной версии, он якобы покончил жизнь самоубийством. А документы так до сих пор и не всплыли на поверхность.

Лишившись всех своих приобретений, аббат Уотерс, как и кардинал Генрих, стал пенсионером короля Георга. Аббат, являясь душеприказчиком Шарлотты Олбани, был также хранителем множества других семейных документов Стюартов. Его попечительская деятельность впоследствии обернулась фиксированным годовым доходом, выплачиваемым из казны Ганноверского дома. В 1805 году Уотерса обязали передать бумаги британскому правительству. Часть из них попала в архив Виндзорского замка, где они и хранятся до сих пор. Что касается остальных документов, то их местонахождение удобно считать неизвестным.

Посредством такого рода «ценных документальных приобретений» имя Эдуарда Якова было полностью стерто со страниц британских исторических анналов. Этого, однако, не случилось в континентальной Европе, где множество тщательно составленных бумаг, касающихся личности принца, хранится у поверенных в дела семейства Стюартов. В Старом Свете его имя фигурирует в трудах виконта Рене Шатобриана, аббата Плачидо, княгини Каролины Мюрат и других авторов. Несмотря на то, что британские власти игнорировали существование Стюартов, потомки принца Эдуарда Якова, графа Стюартона и второго графа Олбани на протяжении двух столетий принимали активное участие в социально-политической жизни континента. Стремясь воплотить в жизнь идеалы служения народу и веротерпимости, они часто выступали в качестве консультантов правительств по конституционным и дипломатическим делам, а также проявляли живой интерес к проблемам торговли, здравоохранения и образования.

В 1888 году внук принца Эдуарда Карл Бенедикт Яков Стюарт, четвертый граф Олбани, планировал посетить Великобританию, где он собирался присутствовать на крупной лондонской выставке, посвященной династии Стюартов. Устроителем выставки являлся Орден белой розы, а основные организационные функции взяли на себя граф Бертран Эшбернем и маркиз Мелвилл Рювеньи. Мероприятие, однако, было сорвано агентами Ганноверского дома, а сам Карл Бенедикт был найден мертвым (предположительно убитым) в Италии. В тот год экспозиция так и не была открыта вообще. Совершенно иного плана выставка состоялась в следующем году. Вместо того чтобы посвятить ее Стюартам, как планировалось ранее, она была устроена по случаю празднования двухсотлетней годовщины «Славной революции» вигов, которая лишила власти Якова VII и династию Стюартов! Устроительницей выставки являлась сама королева Виктория, и это событие было использовано как ширма для получения еще более ценных документов, касавшихся наследия Стюартов. Отстраненные от патронажа лорд Эшбернем и маркиз Рювеньи свою дальнейшую благотворительную деятельность связали с духовно-рыцарскими братствами: орденами Царства Сионского, защитников Гроба Господня и Сангреаля.

Несмотря на попытки королевы Виктории искоренить в народе добрую память о Стюартах, движение якобитов в конце XIX века испытало новый значительный подъем. Поэтому советники королевы, стремясь придать законный вид необоснованным претензиям своей государыни, начали выискивать возможности лишения рода Стюартов их исконно шотландских корней. В результате из пересоставленных викторианскими герольдмейстерами родословных реестров Стюартов исчезли тан Банко и вся шотландская ветвь короля Мак-Альпина. Лорд Лайен, один из пяти высших чиновников геральдической палаты, писал по этому поводу, что «укоренившееся мнение о том, что данное семейство ведет свой род от тана Банко, а через него и от древних королей скоттов, лишено каких-либо оснований». С этого времени на передний план была выдвинута бретонская линия Стюартов. Однако зачем кому-то потребовалось дискредитировать одну родственную ветвь ради возвеличивания другой — с точки зрения обычной логики совершенно необъяснимо. У каждого человека имеется по крайней мере две линии родства, и Стюарты в этом отношении не являлись исключением.

Члены королевского семейства Шотландии последующих поколений в ходе Второй мировой войны заняли видное место среди бойцов бельгийского движения Сопротивления. Большим другом Стюартов был премьер-министр Бельгии Юбер Перло, первым возвратившийся в 1892 году к изначальному написанию их фамилий. В том же году они перебрались в старинный замок Шато-дю-Мулен, расположенный в Арденнах, где и проживали вплоть до 1968 года. Замок был пожалован семейству еще в 1692 году французским королем Людовиком XIV, но в течение двухсот лет не использовался его владельцами. Еще совсем недавно, в 1982 году, город Брюссель чествовал Стюартов, оказав почетным гостям радушный прием. Спустя восемь лет, 14 декабря 1990 года, чиновниками государственного архива Бельгии был удостоверен подписями и скреплен печатью родословный реестр королевской династии Стюартов. В этом приведенном в соответствие с новейшими данными документе приводилась во всех подробностях полная родословная семейства от времен Роберта Брюса до наших дней.