Эксперты в основу своей оценки Сообщения Специальной комиссии Бурденко положили спорные выводы, так называемой «научно-исторической экспертизы» польских историков 1988 г. Заметим, что среди польских профессоров, подготовивших вышеупомянутую экспертизу, не было ни одного судмедэксперта. Отзыв польских судмедэкспертов Я.Ольбрыхта и С.Сенгелевича на результаты немецко-польской эксгумации 1943 г. эксперты ГВП предпочли проигнорировать.

Дальнейшие «натяжки», содержащиеся в Заключение экспертов ГВП 1993 г., нет нужды перечислять. Полагаем, что любознательный читатель, сумевший до конца одолеть многостраничный текст Заключения, без труда сделает вывод о том, что оно предвзято и тенденциозно .

Однако, по утверждению одного из авторов Заключения, российского историка и политолога проф. И.Яжборовской, в 1994 г. Заключение экспертов было поддержано Главной военной прокуратурой России. Но, как выяснилось, эта поддержка ограничилась руководителем следственной группы по уголовному делу № 159 старшим военным прокурором ГВП РФ Анатолием Яблоковым, который на основании этого Заключения 13 июля 1994 г. подготовил и вынес постановление о прекращении уголовного дела № 159.

В постановлении, подготовленном Яблоковым, Сталин, другие члены Политбюро (Молотов, Ворошилов, Микоян, Калинин, Каганович), Берия, другие руководители и сотрудники НКВД, исполнители расстрелов были признаны виновными в совершении преступлений, предусмотренных соответствующими пунктами устава Нюрнбергского трибунала, преступления против мира, военные преступления, преступления против человечности. Этим же постановлением расследование уголовного дела № 159 прекращалось на основании пункта 8 статьи 5 УПК РСФСР (за смертью виновных).

Руководство Главной военной прокуратуры РФ, а затем и Генеральной прокуратуры РФ не согласились с квалификацией катынского преступления , изложенной в постановление от 13 июля 1994 г. Оно было отменено и дальнейшее расследование было поручено полковнику юстиции Сергею Шаламаеву.

С назначением нового руководителя следственной бригады, подходы к уголовному делу № 159 несколько изменились, но основные политические установки остались прежними. Следствие исходило из безусловной вины сталинского руководства за гибель польских военнопленных в Катынском лесу. Другие версии не рассматривались. Расследование продолжилось и завершилось лишь через 10 лет, 21 сентября 2004 г.

Постановление и основная информация по Катынскому уголовному делу № 159 до сих пор засекречены. Однако некоторые результаты расследования дела № 159 стали известны российской общественности 11 марта 2005 г. во время пресс-конференции Главного военного прокурора Александра Савенкова. Он публично заявил о прекращении Катынского дела и объявил государственной тайной персональный состав виновных.

Савенков также сообщил, что постановление о прекращении уголовного дела и (некоторые) документы, встречающиеся в 36 томах уголовного дела, имеют гриф «секретно» и «совершенно секретно», а в 80 томах встречаются документы с грифами «для служебного пользования». На этом основании доступ к 116 томам закрыт. Утверждается, что 22 декабря 2004 г. Межведомственная комиссия по защите государственной тайны при Президенте РФ приняла решение о засекречивании материалов уголовного дела № 159. Соответственно было засекречено и постановление об его прекращении.

Несколько более подробная информация о результатах следствия по уголовному делу № 159 была изложена в ответе начальника Управления надзора за исполнением законов о федеральной безопасности ГВП РФ генерал-майора юстиции В.К.Кондратова Председателю Правления Международного историко-просветительского, благотворительного и правозащитного общества «Мемориал» А.Б.Рогинскому от 24.03.2005 г. за № 5у—6818—90.

Процитируем основные положения этого ответа: «…Сообщаю, что 21 сентября 2004 г. Главной военной прокуратурой прекращено уголовное дело, возбужденное 22 марта 1990 г. прокуратурой Харьковской области Украинской ССР по факту обнаружения в лесопарковой зоне г. Харькова захоронений останков польских граждан, которое впоследствии передано в ГВП, где принято к производству 30 сентября того же года.

Расследованием установлено, что в отношении польских граждан, содержавшихся в лагерях НКВД СССР органами НКВД СССР в установленном УПК РСФСР (1923 г.) порядке расследовались уголовные дела по обвинению в совершении государственных преступлений.

В начале марта 1940 г. по результатам расследования уголовные дела переданы на рассмотрение внесудебному органу – «тройке», которая рассмотрела уголовные дела в отношении 14542 польских граждан (на территории РСФСР – 10710 человек, на территории УССР – 3832 человека), признала их виновными в совершении государственных преступлений и приняла решение об их расстреле.

Следствием достоверно установлена гибель в результате исполнения решений «тройки» 1803 польских военнопленных, установлена личность 22 из них.

Действия ряда конкретных высокопоставленных должностных лиц СССР квалифицированы по п. «б» ст. 193—17 УК РСФСР (1926 г.), как превышение власти, имевшее тяжелые последствия при наличии особо отягчающих обстоятельств. 21.09.2004 г. уголовное дело в их отношении прекращено на основании п. 4 ч. 1 ст. 24 УПК РФ за смертью виновных.

В ходе расследования по делу по инициативе польской стороны тщательно исследовалась и не подтвердилась версия о геноциде польского народа в период рассматриваемых событий весны 1940 года.

Действия должностных лиц НКВД СССР в отношении польских граждан основывались на уголовно-правовом мотиве и не имели целью уничтожить какую-либо демографическую группу.

… Российская прокуратура уведомила Генеральную прокуратуру Республики Польша о завершении следствия по данному уголовному делу и о готовности предоставления возможности ознакомления с 67 томами уголовного дела, не содержащими сведений, составляющих государственную тайну.

В настоящее время решается вопрос о возможности применения к расстрелянным польским гражданам Закона РФ «О реабилитации жертв политических репрессий»».

В 2010 г. ситуация с засекречиванием материалов Катынского дела приобрела скандальный характер. В исках польских родственников катынских жертв в Европейский суд особо подчеркивалось, что в силу секретности материалов уголовного дела № 159 их лишили права знать правду о судьбе своих родных. Отвечая на эти претензии Минюст России в ответе в Страсбург от 19 марта 2010 г., сообщил, что «22 декабря 2004 г. решением Межведомственной комиссии по защите государственной тайны 36 томам… присвоен гриф «совершенно секретно» в связи с тем, что в них находятся документы, содержащие сведения, составляющие государственную тайну».

Ссылка на решение Межведомственной комиссии по защите государственной тайны (МВК) о засекречивании документов Катынского дела присутствует в решении Московского окружного военного суда от 14 октября 2008 г. и в кассационном определении Верховного суда РФ от 29 января 2009 г., которые также рассматривали иски польских родственников.