Карл надеялся достичь взаимопонимания и в церковных установлениях. Он намеревался реставрировать национальную церковь Англии, сделав ее при этом приемлемой для большинства умеренных пуритан. В этих целях он предложил ряду таких умеренных епископский сан и издал временное установление («Декларация Вустер-Хаус») — указ, по которому власть и автономия епископов были сокращены, а спорные обряды и фразы из молитвенника стали не столь обязательными. Кроме того, Карл хотел предоставить свободу религиозных собраний (если не равные права) малочисленному меньшинству, состоявшему из пуритан и католиков, которые не признавали всеобщую национальную церковь. В течение полутора лет он пытался воплотить в жизнь это установление, но потерпел неудачу из-за противостояния радикально настроенного англиканского большинства в «кавалерском» Парламенте, отсутствия должной поддержки и компрометирующего поведения Ричарда Бакстера и других пуританских лидеров. Они отказались от высоких должностей, которые им предлагали, не признавали терпимости и продолжали выдвигать необоснованные требования на конференции, созванной для внесения изменений в молитвенник. Их шотландские коллеги, более гибкие и прагматичные, пришли к приемлемому для большинства своих собратьев соглашению.

В итоге Карл оставил попытки создать всеобщую церковь и подписал Акт о единообразии (Act of Uniformity), который возвращал, целиком и полностью, старую Церковь и обязывал духовенство соблюдать строгие правила. Как следствие, к концу 1662 г. каждый пятый представитель духовенства был изгнан из Церкви, и многие из них стали организовывать тайные религиозные собрания вне Церкви. Карл терпимо относился к тем, кто не исповедовал англиканскую веру. Хотя в январe 1663 г. его первая попытка не увенчалась успехом, он мог утешиться тем, что изменил традиционные роли. До войны пуритане искали поддержки Парламента против короля, новые же нонконформисты должны были искать поддержки короля против Парламента, что в течение пятнадцати лет укрепляло политическое положение Карла. Тем не менее это было единственным слабым местом в проведении Реставрации. Всеобъемлющее политическое соглашение оказалось противопоставлено нетолерантному религиозному соглашению, касавшемуся узких кругов. Лишь немногие представители местной власти являлись диссентерами, но многие им сочувствовали и не хотели содействовать исполнению обвинительных законов, которые издавал Парламент против их религиозных собраний.

В целом у Карла возникли проблемы не из-за упомянутого установления, а из-за его предпочтений в проведении политики. В каком-то смысле он был ленивым королем. Его юность и ранняя молодость прошли в ожидании возможности взойти на престол, и, когда он вернулся из ссылки, все его цели были достигнуты. Он единственный из Стюартов, кого нельзя назвать мечтателем, он не вынашивал долгосрочных планов. Он мог с легкостью отступать, когда встречал сильное противодействие своей политике. Ему недоставало проницательности, и он не был лишен предубеждений и предпочтений. Он отличался рационализмом, вел светскую жизнь; у него было много любовниц и семнадцать признанных незаконнорожденных детей; он был циником, считавшимся с человеческой природой, интеллектуалом, проявлявшим повышенный, порой даже слишком, интерес к делам Королевского общества, созданного при его вступлении на престол. Но к этому интеллектуальному эмпиризму прибавлялся эмоциональный и духовный мистицизм, унаследованный от родителей. Карл верил, что обладал почти божественными способностями и свойствами (ни один король не прикасался столь часто к больным «королевской болезнью», сопровождающейся отталкивающими опухолями желез и золотушными расстройствами, которые короли, как считалось, обладали способностью излечивать). Помимо этого он был сторонником Римско-католической церкви. Его мать, жена, брат и любимая сестра были католиками, и хотя его bonhomie (добродушие) помогало ему легко принимать многие вещи, по-настоящему он был предан только своей семье. Карл знал, что, пока будет в силе католицизм, будет сильна и монархия. Верность католиков своему покровителю не оставляла сомнений. Если король и принимал всерьез какие-либо религиозные установки, то это были законы католичества (что касается его любовниц, то Карл говорил, что он не верит, будто Бог проклянет человека только за то, что тот между делом позволит себе немного удовольствия). Он был сторонником католицизма и дважды проявил свое предпочтение (тайным договором с Францией в 1670 г. и принятием католичества перед смертью). Он был слишком благоразумным политиком, чтобы открыто заявлять о своих убеждениях, кроме как на смертном ложе. Однако его веротерпимые взгляды были очевидны. По этим причинам, а также из-за нескрываемого восхищения короля перед своим кузеном, Людовиком XIV Французским, в Англии росло беспокойство.

В 1660–1661 гг. доходы Карла составляли очень крупную сумму (1,2 млн фунтов стерлингов в год); их источником являлось главным образом косвенное налогообложение. В начале правления ему было недостаточно этих средств из-за неумелого распоряжения деньгами, и в результате он не чувствовал себя свободно в финансовом отношении. У него не было возможности вводить дополнительные налоги, не обращаясь к Парламенту, и он сократил свои расходы. Таким образом, хотя Карл обладал абсолютным правом проведения внешней политики, объявления войны и заключения мира, Парламент мог отказать ему в выделении необходимых средств без объяснения причины.

Эпохе был нужен талантливый администратор и реформатор наподобие Томаса Кромвеля при Генрихе VIII, но такого человека не было. Требовались новые формы принятия политических решений и проведения политики. Совет был слишком многочисленным и плохо организованным для эффективной работы; решения слишком часто принимались на собраниях, устроенных ad hoc в покоях короля, и на таких же собраниях отменялись. Это приводило к полной неопределенности, а подчас даже к панике по поводу того, кто будет держать ответ. Когда Совет был лишен власти, проведение политики предоставили отдельным министрам и ведомствам при отсутствии соответствующей координации между ними. Назначение на должности производилось хаотически. Работа Парламента в равной степени была неэффективной, его представители предъявляли все больше необоснованных требований. Карл, понимая, что парламентарии, избранные в 1661 г., были верными роялистами и оправдывали его доверие, оставлял «кавалерский» Парламент в том же составе в течение восемнадцати лет, созывая его почти ежегодно. Отчасти его неэффективность была обусловлена растущим соперничеством между двумя палатами, особенно из-за требования Палаты лордов взять на себя полномочия упраздненных судов примирительного производства; на ряде заседаний они занимались только этим вопросом. Отчасти причиной плохой работы Парламента было отсутствие программы. Этот орган власти, включавший в себя несколько сотен человек, среди которых не было признанного лидера, в основном проводил время, решая, какие же вопросы выносить на обсуждение. Шестидесятые и семидесятые годы XVII в. ознаменовались борьбой главных министров из числа Палаты лордов за главенство в суде и были отмечены застоем в деятельности обеих палат. Положению Карла ничто не угрожало, ни на родине, ни за границей. Эйфория первых лет правления сменилась своего рода политической депрессией, когда эпидемия чумы, унизительное голландское вторжение, проникшее вплоть до Медуэя во время второй голландской войны (1665–1667) и Большой пожар в Лондоне (1666) подорвали уверенность 1660–1661 гг. в том, что Бог благословит землю, которая взялась за ум.