«Бахирев, — пишет контр-адмирал В.К. Пилкин, — был среднего роста, коренаст, несколько по-медвежьи неуклюж и косолап, что называется "неладно скроен, но крепко сшит"»{~1~}.

27 мая 1889 г. определен в Сибирский флотский экипаж и приказом командира Владивостокского порта № 70 назначен вахтенным начальником канонерской лодки «Бобр»{~2~}. Со 2 октября 1890 г. исполнял должность старшего штурмана на канонерской лодке «Манджур» и находился в заграничном плавании (в Японии) по 1 сентября 1892 г.

Приказом по морскому ведомству от 6 октября 1894 г. произведен в лейтенанты и 20 января 1896 г. зачислен в штурманские офицеры 1 разряда. В январе 1898 г. переведен из Сибирского флотского экипажа в Балтийский флот.

В соответствии с приказом Главного командира Кронштадтского порта № 407 от 11 июля 1898 г. принял должность старшего штурманского офицера на учебном корабле «Воин». А в марте 1899 г. назначен штурманским офицером на мореходную канонерскую лодку «Гиляк», на которой был отправлен в заграничное плавание.

Этот корабль принял участие в военных действиях против Китая (во время так называемого боксерского восстания). Участвовал в десантных операциях. Приказом по морскому ведомству № 175 награжден орденом Св. Георгия 4-й степени «в воздание отличных подвигов храбрости и самоотверженности, оказанных при занятии фортов Таку 4 июня 1900 г.»

С января 1901 г. и по декабрь 1903 плавал на крейсере 1-го ранга «Россия», на эскадренном броненосце «Наварин» и на крейсере 2-го ранга «Джигит». Еще с 1895 г. имея орден Св. Станислава 3-й степени, старший лейтенант М.К. Бахирев был награжден за заграничное плавание орденом Св. Анны 3-й степени б декабря 1901 г. и орденом Св. Владимира 4-й степени с мечами и бантом 10 декабря 1902 г. за «бытность в сражениях».

Во время Русско-японской войны М.К. Бахирев с начала и до самого конца участвовал в обороне Порт-Артура. Приказом командующего флотом в Тихом океане № 57 от 18 марта 1904 г. назначен командиром эскадренного миноносца «Смелый», с которым нес сторожевую службу, охрану прохода в Порт-Артур и участвовал в обстреле неприятельских позиций. За оборону Порт-Артура награжден орденом Св. Станислава 2-й степени с мечами, орденом Св. Анны 2-й степени с мечами и золотой саблей с надписью «За храбрость» («В воздаяние отличных подвигов храбрости и самоотверженности, оказанных в сражениях против неприятеля под Порт-Артуром — 12 декабря 1905 г.») Приказом заведующего морской обороной Порт-Артура № 144 от 18 декабря 1905 г. временно назначен начальником отряда эсминцев (с оставлением в должности командира эсминца «Смелый»), предназначенного для прорыва из Порт-Артура. Произведен в капитаны 2-го ранга 6 декабря 1905 г. «согласно с баллотировкой».

11 апреля 1906 г. назначен командующим флотилией рек Амурского бассейна. Приказом по морскому ведомству №. 134 переведен в Балтийский флот в марте 1904 г., где последовательно был назначен командиром минного крейсера «Абрек», миноносца «Ретивый» и эсминца «Амурец».

26 ноября 1910 г. за отличие по службе Высочайшим приказом по морскому ведомству был произведен в капитаны 1-го ранга и принял командование 5-м дивизионом миноносцев. А 22 ноября 1911 г. был назначен командиром флагманского корабля Балтийского флота — новейшим броненосным крейсером «Рюрик». В декабре 1913 г. награжден орденом Св. Владимира 3-й степени.

«Бахирев был добродушен... умный, простой и добрый человек», — вспоминает контр-адмирал Пилкин{~3~}.

Говоря о его отношениях с командой, адмирал Пилкин пишет: «Михаилу Коронатовичу случалось давать тумака. Но это были не жестокие тумаки, и команда зла Бахиреву не помнила. Во время революции был на "Рюрике", которым прежде командовал Бахирев, митинг. Обсуждался вопрос — послать ли бывшему командиру приветствие по случаю годовщины боя, который имел адмирал Бахирев с немецкими крейсерами (бой бригады русских крейсеров 18-19 июня 1915 г. на высоте острова Готланда с немецким отрядом в составе крейсеров «Роон», «Бремен», «Аугсбург» и заградителя «Альбатрос», которого огонь русских крейсеров заставил выброситься на берег, а остальных скрыться в тумане. — Н.Р.). Команда собралась на шканцах, а маш[инный] унт[ер]-оф[и-цер] Пастухов, лидер команды, левый соц[иал]-революционер ...стоя в кругу команды держал горячую речь: "Кулаки товарища Бахирева, говорил Пастухов, не раз по моей спине гуляли, но я вотирую послать приветствие". Приветствие, при общем одобрении, было послано»{~4~}.

Высочайшим приказом № 1340 от 24 декабря 1914 г. М.К. Бахирев был произведен в контр-адмиралы «За отличия против неприятеля» и тогда же назначен командующим 1-й бригадой крейсеров Балтийского флота. Бригада успешно ставила мины в южной части Балтийского моря, на которых подорвалось немало германских кораблей.

Во время одного из таких походов флагманский крейсер «Рюрик» перескочил через гряду подводных камней у острова Готланд и оказался в опасном положении, набрав много воды. Команда, мало знавшая недавно назначенного командира, как пишет адмирал Пилкин, «...в опасную минуту кинулась к своему бывшему командиру Бахиреву и на руках вынесла его на мостик»{~5~}. Благодаря знаниям и хладнокровию адмирала крейсер был спасен.

За время командования 1-й бригадой крейсеров М.К. Бахирев был награжден мечами к ордену Св. Владимира 3-й степени (за отличия в делах против неприятеля 24 декабря 1914 г.), орденом Св. Станислава 1-й степени с мечами (10 августа 1915 г.) и орденом Св. Анны 1-й степени с мечами (11 января 1916 г.) «За отличия в делах против неприятеля».

Высочайшим приказом от 19 декабря 1915 г. контр-адмирал Бахирев был назначен начальником 1-й бригады линейных кораблей Балтийского флота, в которую вошли новейшие дредноуты — «Петропавловск», «Гангут», «Севастополь» и «Полтава». Он держал свой флаг на «Петропавловске», которым командовал капитан 1-го ранга В.К. Пилкин. Высочайшим приказом по морскому ведомству № 1660 от 6 декабря 1916 г. М.К. Бахирев был произведен в вице-адмиралы.

Как вспоминает контр-адмирал С.Н. Тимирев, «Бахирев, один из лучших боевых начальников старшего поколения, всегда был образцом личной храбрости, служебной честности и исполнительности... О нем вспомнили лишь, когда нужно было спасти почти безнадежное положение, как это случилось в Моозунде в сентябре 1917 г.»{~6~}

Вскоре после Февральской революции Бахирев сдал бригаду линейных кораблей контр-адмиралу Д.Н. Вердеревско-му (23.5.1917) и перешел на «спокойную» должность начальника минной обороны. Только после прорыва германского флота в Рижский залив он был назначен в сентябре 1917 г. Начальником Морских сил Рижского залива (приказ отдан был с опозданием 17 октября 1917 г.).

Несмотря на разложение на флоте, адмирал Бахирев организовал оборону Моозунда. 4 октября 1917 г. он лично прибыл на крейсер «Баян» и вместе с линейными кораблями 2-й бригады «Слава» и «Гражданин» (б. «Цесаревич») принял бой в Рижском заливе с превосходящими силами немецкой эскадры. Во время отступления русских кораблей к Моозун-ду их прикрывал флагманский крейсер «Баян». Его командир, тогда капитан 1-го ранга С.Н. Тимирев, находясь под огнем тридцати немецких 12-дюймовых орудий, спасал корабль непрерывным маневрированием. «Меня поддерживала, — пишет он, — лишь непоколебимая выдержка героя М.К. Бахире-ва: с полным наружным спокойствием он расхаживал по мостику, совершенно не вмешиваясь в мои распоряжения»{~7~}. Закрыв Моозундский фарватер подорванным броненосцем «Слава» и одним транспортом, адмирал Бахирев отвел корабли своего отряда в Ревель.