Поначалу советская сторона отказалась рассматривать контрпретензии Румынии по военному имуществу, оставленному в Бессарабии, на основании заявления румынской делегации, что имущество расхитили дезертиры. Затем 20 июля было решено задержать все оставленное в Бессарабии военное имущество румынской армии до решения вопроса о возврате Румынией подвижного состава железных дорог.[406] Кроме того, 3 августа советская сторона потребовала возвращения уведенных из речных портов Бессарабии 11 пассажирских судов, 4 буксиров, 2 самоходных и 13 несамоходных барж, 4 портовых моторных катеров и железного двухпонтонного дебаркадера. Однако уступки румынской стороны в вопросах о подвижном составе железных дорог и плавучих средствах бессарабских портов позволили найти компромисс.

17 октября румынская делегация согласилась вернуть СССР 2 грузопассажирских парохода, 1 буксирный пароход, 3 грузовые баржи, 2 портовых катера, 4 металлические плавучие пристани и все инвентарное оборудование портов (столы, стулья, шкафы, весы и т. п.). В 16 часов 27 октября было подписано соглашение о возврате судов в СССР, а военного имущества в Румынию. Соответственно 29 октября — 15 ноября 1940 г. большая часть военных трофеев Красной армии была возвращена Румынии, которая получила 51 644 винтовки, 1 080 ручных и 130 станковых пулеметов, 4 648 пистолетов, 36 минометов, 157 орудий, 16 270 453 патрона, 20 878 гранат, 115 138 снарядов и мин, а 13–17 ноября Советскому Союзу было переданы суда и прочее имущество портов.[407]

Тем временем 2 сентября начала работу советско-румынская техническая комиссия по определению убытков и разрушений, нанесенных румынской армией при отходе из Бессарабии и Северной Буковины (с советской стороны председатель полковник В. В. Болознев, с румынской — генерал Д. Карлаонц), которая занималась проверкой предъявленных документов через свидетелей или с выездом на место. Члены комиссии побывали в Кишиневе, Рени, Бельцах, Черновицах и Липканах. В ходе переговоров советская сторона требовала от Румынии, чтобы та оплатила реквизиционные боны, расписки, квитанции и счета, выданные армией за имущество и скот населению; займовые облигации, сберегательные и пенсионные книжки населения; квитанции государственных займов; ведомости по зарплате за май-июнь 1940 г.; не полученные в Бессарабии денежные переводы; акты советских государственных учреждений, подтвержденные свидетельскими показаниями, об убытках в период эвакуации. Общая сумма советских претензий составляла 2 683 млн леев. Проверки на местах показали, что претензии советской стороны были, как правило, завышены и во многих случаях не подтверждались.

Румынская сторона указывала на завышенность или необоснованность советских претензий и выдвинула собственные контрпретензии на общую сумму в 2 130 млн леев. В частности, от Советского Союза требовалось оплатить стоимость государственного и военного имущества и вооружения, оставшегося на переданных ему территориях, и движимого имущества офицеров из гарнизонов Северной Буковины и Бессарабии, а также вернуть средства, изъятые у репатриантов в Румынию. Взаимная неуступчивость сторон и изменение международной ситуации на Балканах осенью 1940 г. привели к тому, что 22 ноября техническая комиссия прекратила свою работу. 30 октября румынская делегация из Одессы уехала в Бухарест, но обратно уже не вернулась, поэтому, когда 23 ноября стало известно о присоединении Румынии к Тройственному пакту, советская делегация в Смешанной советско-румынской комиссии была распущена. 24 ноября об этом было сообщено Румынии, которая с удовлетворением восприняла отказ СССР от рассмотрения целого ряда вопросов.[408]

Имущество, вывезенное из Бессарабии, было продано в Румынии на торгах, а доход от его реализации пошел в государственный бюджет.[409]

Вечером 27 июня Бессарабская областная организация Румынской коммунистической партии (РКП) и все находившиеся под ее руководством и влиянием нелегальные политические и общественные организации вышли из подполья. В ночь на 28 июня состоялось чрезвычайное совместное заседание Бессарабского областного и Кишиневского городского комитетов РКП, на котором был образован Бессарабский Временный Революционный Комитет (ВРК). Его председателем был избран все еще находившийся в кишиневской тюрьме С. Д. Бурлаченко, а членами — Ю. Коротков, Г. Добындэ, М. Брашан, П. Петров (Гузун), А. Рубинштейн, Д. Островский и др. Бессарабский ВРК возложил на себя всю полноту власти в крае до подхода частей Красной армии и восстановления органов советской власти. Для реализации этой задачи были созданы местные ВРК в уездах, городах, волостях и селах, а также вооруженные народные дружины и отряды народной милиции, комитеты содействия Красной армии, временные рабочие комитеты на промышленных предприятиях и на транспорте. На заседании также был утвержден текст воззвания к населению Бессарабии, который той же ночью был отпечатан в одной из кишиневских типографий: «Граждане освобожденной Бессарабии! 22 года население Бессарабии, кровью своей завоевавшее наряду с другими народами бывшей царской России свободу, стонало под игом белорумынских захватчиков. Разоренное, обездоленное население с завистью глядело на тот берег, где в дружной борьбе за мир и счастье работали наши братья. 22 года люди жили светлой надеждой на будущее и боролись за него в застенках и тюрьмах. Сегодня будущее, о котором мечтали, становится настоящим… В день долгожданного праздника окажем достойный прием героям-освободителям — армии трудящихся всего мира».[410]

В соответствии с достигнутым советско-румынским соглашением о мирном разрешении бессарабского вопроса в 14 часов 28 июня войска Южного фронта вступили на территорию Бессарабии и Северной Буковины. «Братья молдаване, русские и украинцы! — говорилось в обращении командования фронта к местному населению. — Пришел великий час вашего освобождения из-под ига румынских бояр, помещиков, капиталистов и сигуранцы. Украденная советская земля — Бессарабия — возвращается к своей матери-Отчизне. В великом Союзе Советских Социалистических Республик, в братском сотрудничестве с русским, украинским, молдавским и другими народами, вы возвращаете себе действительную Родину…».