В Неаполе королевская чета праздновала победу. Торжествовало и семейство Нельсона-Гамильтонов. В проигрыше оказалась лишь Россия. Англичане присвоили себе Мальту Австрийцы захватили всю Северную Италию и предложили армии Суворова уйти в Швейцарию. Так блестящие тактические победы Ушакова и Суворова обернулись большим стратегическим поражением России. Павел был вне себя от гнева и приказал вывести из Европы все сухопутные и морские силы.

К этому времени на помощь эскадре Ушакова с Балтики пришла эскадра контр-адмирала П. К. Карцева в составе которой были 74-пушечный корабль «Исидор», 66-пушечные корабли «Азия» и «Победа» и 38-пушечный фрегат «Поспешный». 22 августа 1799 г. эскадра Карцева соединилась с кораблями Ушакова в Палермо.

Основная часть эскадры Ушакова покинула Корфу 6 июля 1800 г. В начале августа русские корабли прибыли в Константинополь, а оттуда проследовали в Севастополь и Феодосию. Интересно, что вместе с кораблями Черноморского флота Проливы прошли и корабли эскадры Карцева, которые формально числились в составе Балтийского флота. В Черноморский флот их перечислили лишь в 1801 г. Это был первый в истории случай, когда корабли Балтийского флота под андреевским флагом прошли Проливы. Турки, естественно, знали, что это за корабли, но пропустили их без вопросов.

На Корфу Ушаков оставил небольшой гарнизон. Кроме того, два батальона русских гренадеров под командованием генерал-майора Бороздина по указу Павла I были посланы в Неаполь для «составления гвардии при особе короля неаполитанского». Осталось на Средиземном море и несколько судов ушаковской эскадры.

Снабжение русских сухопутных и морских сил на Средиземном море в 1800—1806 гг. происходило в основном через Проливы. Причем там в обоих направлениях свободно проходили русские военные суда всех классов.

В декабре 1804 г. в Стамбуле начались переговоры между русским послом А. Я. Италийским и турецкими министрами о подписании нового союзного договора. На них вопрос о Проливах занимал центральное место.

Новый русско-турецкий союзный договор был подписан 23 сентября 1805 г. Он состоял из 15 явных и 10 секретных статей, которые полностью регулировали сложные отношения между Россией и Турцией. В целом соглашение было направлено против Франции. В статьях 1, 2 и 6 говорилось о взаимопомощи в случае войны с Наполеоном. Турция подтверждала свое обязательство пропускать русские военные корабли через Проливы. Также было подтверждено право России покровительствовать христианскому населению Османской империи. Ряд статей непосредственно касался положения балканских народов (секретная статья 8 «о греках»). Султан соглашался с предложением оккупации русскими войсками Ионических островов (секретная статья 4). Особое значение имела секретная статья 7: «Обе высокие договаривающиеся стороны соглашаются считать Черное море как бы закрытым и не допускать появление никакого военного или вооруженного судна какой бы то ни было державы... При этом разумеется, что свободный проход через Константинопольский канал не перестанет быть открытым для военных судов и транспортов Е. В. Императора Всероссийского, которым Блистательная Порта, насколько от нее будет зависеть, во всяком случае, окажет всякую помощь и предоставит всякое облегчение». В этом договоре вопрос о режиме Проливов решался непосредственно черноморскими державами. Черное море фактически провозглашалось внутренним русско-турецким бассейном. По соглашению Россия становилась одним из гарантов режима Проливов и подключалась к их обороне.

В конце 1803 г. Россия начала наращивать сухопутные силы на Ионических островах. Если в середине 1803 г. там было всего 1,2 тысячи человек сухопутных войск, то через полтора года их численность возросла до 8 тысяч. Большая часть войск перевозилась на боевых кораблях из Одессы через Проливы.

13 октября 1804 г. вышла из Кронштадта эскадра капитана-командора А. С. Грейга в составе 74-пушечного корабля «Св. Елена», 66-пушечного корабля «Ретвизан»[44]и двух фрегатов. По прибытии на Корфу (11 января 1805 г.) Грейг принял командование над находившимися на Адриатике русскими кораблями.

18 сентября 1805 г. из Кронштадта на Средиземное море была отправлена еще более мощная эскадра вице-адмирала Д. Н. Сенявина. В ее состав входили 80-пушечный корабль «Уриил», 74-пушечные корабли «Москва», «Св. Петр», «Ярослав» и «Селафаил», а также 22-пушечный фрегат «Кильдюйн». В Англии Сенявин закупил бриги «Феникс» и «Аргус». 18 января 1806 г. эскадра Сенявина прибыла на Корфу, где вице-адмирал принял командование русским флотом на Средиземном море у капитана-командора Грейга. Всего под началом Сенявина оказалось 9 кораблей (не считая корабля «Михаил», обращенного в 1805 г в транспорт), 5 фрегатов, 11 бригов и других малых судов и 12 канонерских лодок. Русские сухопутные войска на Ионических островах насчитывали 10,2 тысячи человек, не считая двух тысяч добровольцев из албанцев и греков. Основной базой русских стал остров Корфу, где было даже основано адмиралтейство. Однако строить большие суда на Корфу возможности не было. Адмиралтейство ограничивалось ремонтом кораблей и постройкой малых судов. В связи с этим в 1806 г. Сенявиным было закуплено несколько боевых и коммерческих судов. Причем последние также были обращены в боевые суда. Среди них были корветы «Дерзкий» (28 пушек), «Версона» (22 пушки), «Павел» (18 пушек) и «Альциное» (18 пушек); бриги «Богоявленск» (16 пушек), «Курьер», «Орел» (16 пушек) и др.

Отправляя эскадру Сенявина, Александр 1 строил грандиозные планы действий на Средиземном море. Увы, молодой царь и его не менее молодые советники князь П. П.Долгоруков, князь В. П. Кочубей, А. Е. Чарторыйский и другие смотрели на мир легко и просто. У них все было гладко на бумаге, а говорить же об оврагах считалось неприличным.

После убийства Павла перед новым императором Александром I возникла дилемма — союз с Наполеоном или участие в очередной антифранцузской коалиции. Заметим, что нейтралитет в 1800—1805 гг., по мнению англичан, означал союз с Францией. Только за то, что Дания объявила нейтралитет, Нельсон сжег ее флот и бомбардировал Копенгаген. Александр I предпочел вступить в коалицию с Англией и Австрией. Дореволюционные историки объясняли это приверженностью царя к священным правам легитимизма и т.п., советские историки — заинтересованностью дворянства в торговле с Англией. Хотя уж в чем дворяне, и особенно их жены и дочери, были заинтересованы, так это во французских товарах. На самом деле решающими оказались два субъективных фактора — влияние «немецкой» партии и честолюбие молодого царя. Матерью Александра была вюртембергская принцесса София Доротея, а женой — Луиза Баденская, при переходе в православие получившие имена Мария Федоровна и Елизавета Алексеевна. Вместе с ними в Россию наехала толпа родственников и придворных. Я уже не говорю о «гатчинских» немцах, которым Павел доверил самые ответственные посты в государстве. Вся это компания настойчиво требовала от Александра вмешательства в германские дела — у кого были там корыстные интересы, а у кого на родине от Наполеона пострадали родственники. Сам Александр был крайне честолюбив и жаждал воинской славы, надеясь, что она покроет позор отцеубийства. Александр решил лично предводительствовать войсками, двинувшимися в Германию.