Ярости и жестокости мучителя не было границ. По списку, поданному Мещериновым новому, назначенному из Москвы настоятелю, в живых значилось лишь 14 иноков. Всего же в обители было замучено около пятисот иноков и бельцов! Земля и камни острова обагрились кровью неповинных страдальцев соловецких. Морская губа, омывающая монастырь с запада, вся была завалена телами убитых, заживо замороженных и казнённых монахов и бельцов. Во множестве их тела были свалены около монастырских стен и болтались на виселицах и деревьях. После расправы тела убиенных и разрубленных на части мучеников ещё с полгода лежали непогребенными, пока не пришёл царский указ — предать их земле.

Но Мещеринов и на этом не остановился. Казни и убийства сопровождались кощунственным разграблением монастырских святынь (предвосхищение будущего «изъятия церковных ценностей»). Он «экспроприировал» не только собранные за много веков пожертвования и казну, но и бесценные монастырские святыни, в том числе церковную утварь и иконы. И лишь когда обитель была полностью разорена, Мещеринов посылает к царю гонца, возвещая о «победе».

Однако царю уже не суждено было об этом узнать: на следующий же день после взятия Соловецкого монастыря, 23 января 1676 года, он внезапно заболевает, а неделю спустя, 29 января, в канун дня воспоминания Страшного суда Божия, умирает. «И по смерти его той же час гной злосмрадный изыде из него всеми телесными чувствы, и затыкающе хлопчатою бумагою, и едва возмогоша погребсти его в землю»[29]. Ранняя смерть царя была воспринята на Руси как Божия кара за гонения и отступничество от древлего православия. Предание говорит о позднем раскаянии царя Алексея Михайловича: заболев, он воспринял свою болезнь как Божью кару и решил снять осаду с монастыря, послав гонца с вестью об этом. И как раз в день смерти царя у реки Вологды встретились оба гонца: один с радостной вестью о прощении обители, а другой — о её разорении.

Промыслительным образом были наказаны и святотатцы, разорившие Соловецкую обитель. Новый царь, Феодор Алексеевич, расследовав обстоятельства штурма и разграбление монастырских богатств, велел наказать Мещеринова за превышение полномочий и заточить его на тех же Соловках. Предатель же Феоктист, посланный после взятия монастыря приказным старцем в Вологду, повредился умом и ударился в блудную страсть, после чего заболел неизлечимой болезнью и сгнил заживо.

По окончании расследования уцелевших после «соловецкого сидения» иноков перевезли на материк. Святоотеческие уставы и предания были изменены на новые, а братию заменили сторонниками никонианских реформ, собранными из разных монастырей. О духовном уровне этих новых насельников свидетельствуют жалобы архимандрита Макария патриарху Иоакиму: житьё на Соловках, по сравнению с другими монастырями, «вельми нужно» (бедно), иноки «поскулили», не желают есть палтусины, трески и семги, а летом «из монастыря хотят вон брести», даже не спросясь у настоятеля[30].

Насилие и поругание святого места отрицательно сказалось на последующей судьбе Соловков. Святые церкви опустели, приток паломников сильно сократился, не стало и настоящих подвижников благочестия. Былая слава более не возвращалась к Соловецкому монастырю, надолго ставшему тюрьмой для заточения инакомыслящих.

Весть о сожжении 14 апреля 1682 года возглавлявших церковную оппозицию пустозерских узников протопопа Аввакума, священника Лазаря, диакона Феодора и инока Епифания и о последовавшей за этим внезапной смерти молодого царя Феодора Алексеевича быстро разнеслась по Руси. На Дону поднялось мощное народное движение за возвращение к древлеправославию — донские казаки в большинстве своём продолжали придерживаться старой веры. Начались выступления и в столице, где последняя попытка восстановления древлего благочестия была предпринята в том же 1682 году московскими стрельцами и горожанами, верными церковной старине.

Московские стрельцы крепко держались древлеправославия и весьма сочувственно относились к гонимым за веру христианам. Им были хорошо известны духовные послания и обличительные письма протопопа Аввакума. С Аввакумом был знаком и начальник Стрелецкого приказа, представитель древнего аристократического рода, боярин князь Иван Андреевич Хованский, потомок великого князя Литовского Гедимина и строгий последователь древлеправославия, за приверженность к которому ещё в начале 1670-х годов был бит батогами. «Я сам и чту и пою по старым книгам», — говорил он стрельцам. С другой стороны, стрельцы были весьма недовольны начавшейся ещё при Алексее Михайловиче и продолженной его преемниками реформой армии и организацией полков иноземного строя. Эта реформа угрожала самому существованию стрелецкого войска.

Волнения начались в Москве ещё в конце апреля, незадолго до смерти царя Феодора, а к середине мая вылились в открытое восстание. Одним из главных руководителей восстания становится князь Иван Хованский, почему это восстание и вошло в русскую историю под названием «Хованщина». У власти в Москве в это время находилась клика Нарышкиных — родственников царицы Наталии Кирилловны, которые в обход старшего царевича, слабоумного и худосочного Иоанна Алексеевича, возвели на престол его младшего брата царевича Петра.

Утром 15 мая 1682 года вооружённые стрельцы начали собираться у съезжих изб. Когда полки подтянулись, одновременно со всех сторон под звон набата стрельцы вступили в Кремль, где в это время как раз закончилось заседание Боярской думы. Окружив царский дворец, восставшие начали расправу над неугодными боярами.

В то же время проходили переговоры с царскими особами. Выступления продолжались 16 и 17 мая. За это время все государственные учреждения были взяты под контроль стрельцов, после чего в столице снова был восстановлен порядок. Было образовано новое правительство, во главе которого встали царевна Софья Алексеевна и князь Иван Андреевич Хованский.

23 мая выборные от восставших стрельцов явились в Кремль и через князя Хованского потребовали, чтобы в Русском государстве было два царя: старший брат Иоанн — первым, а младший Пётр — вторым. На 25 июня было назначено венчание царей. Князь Хованский даже обещал устроить венчание по старому обряду, однако этот замысел не удался, поскольку церемонией венчания руководил известный западник, фаворит царевны Софьи князь Василий Голицын.

Вместе с тем готовилась челобитная о восстановлении старой веры на Руси. Идея подачи этой челобитной созрела давно, однако благоприятная возможность для её осуществления появилась лишь теперь. Одним из главных вдохновителей подачи челобитной был знаменитый игумен Досифей, ловко уходивший от арестов и тайно путешествовавший между Поморьем, Москвой и Доном. 20 мая 1682 года стрельцы при помощи присланных Досифеем иноков составили челобитную, в которой требовали «старую православную веру восстановити, в коей Российские чудотворцы Богу угодили». Челобитная была зачитана перед созванными представителями стрелецких полков.